Taller básico de Bibmaster

1. Taller básico de Bibmaster Real Jardín Botánico - CSIC Aula de informática GBIF.ES-RJB Madrid, 14 y 15 de marzo de 2005

2. Introducción • Contexto del curso (GBIF) • Planteamiento del curso • Bibmaster • ¿Para qué sirve? • Un poco de historia • Aspectos técnicos • Teoría de base de datos en 8 diapositivas Integridad referencial y sus consecuencias

3. ¿Que esGBIF? • Iniciativa internacional para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial • A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum) • Los miembros ordinarios de GBIF son estados • Los estados miembros se comprometen a establecer un nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas – será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa Contexto del curso

4. Programas temáticos de GBIF • Informatización de las colecciones de Historia Natural • Tecnología e interoperabilidad de bases de datos • Catálogo electrónico de nombres científicos • Formación y cooperación • “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …) • Biblioteca Virtual de la Biodiversidad Contexto del curso

5. GBIF en España Resolución del MCYT Real Jardín Botánico Consejo Superior de InvestigacionesCientíficas Nodo Nacional de GBIF Unidad de Coordinación Museo Nacional de Ciencias Naturales Contexto del curso

6. El aula de informática Contexto del curso

7. Planteamiento del curso Objetivos • Proporcionar una visión de las funciones de Bibmaster • Dar una base de partida para trabajar de manera autónoma con Bibmaster • Establecer el contacto útil entre los desarrolladores de Bibmaster y sus usuarios para beneficio mutuo • Probar el aula

8. Lunes 14 9:30h Introducción Francisco Pando 10:15h Instalación y puesta en Marcha David Rodríguez Descanso 11:00 – 11:30 11:30h Manejo de bibliografía Alberto Glez. Talaván 13:00h Nomenclatura y listados nomenclaturales Alberto Herrero Martes 15 9:30h Corología y especímenes Alberto Glez. Talaván Introducción de datos, creación de “bases corológicas”, etiquetas de ejemplares y cuadernos de campo Descanso 11:00 – 11:30 11:30h Manejo de táxones Alberto Glez. Talaván 12:15h Configuraciones avanzadas David Rodríguez 12:40h Sistema de soporte al usuario BUGZILLA David Rodríguez 13:00h Discusión y futura evolución del programa Francisco Pando Programa Planteamiento del curso

9. El equipo docente Planteamiento del curso

10. ¿Para qué sirve Bibmaster? • Información sobre biodiversidad • Puntos de vista • Un poco de historia

11. Información sobre biodiversidad • Especimenes • Colecciones • Observaciones • Citas • Nombres • Correctos y sinónimos • Información del tipo • Esquema taxonómico • Literatura • Referencias • TL2 & BPH • palabras clave • Táxones • Descripciones,claves, conservación, usos, distribución, habitat, etc. Adaptado de: Leenhouts, Regnum Veg. 58. 1968.

12. Herbar (gestión de herbarios) -captura de datos -transacciones préstamos intercambios -énfasis en colecciones Bibmaster (proyectos - investigadores) recopilación, gestión, publicación -énfasis en flexibilidad de implementación Nombres Especímenes Literatura Puntos de vista Descripciones

13. Un poco de historia “de dBase III y varias aplicaciones a una aplicación en MS-Access”

14. Aspectos técnicos • Ms-Access (+ MySQL) • Acceso directo a datos • 3 “MDBs”

15. Qué es una base de datos • “conjunto de datos almacenados con una estructura lógica. Es decir, tan importante como los datos, es la estructura conceptual con la que se relacionan entre ellos. En la práctica, podemos pensar esto como el conjunto de datos más los programas (o software) que hacen de ellos un conjunto consistente”

16. Tablas y relaciones • relaciones 1 a N • relaciones N a M Integridad referencial (no nulos, no duplicados, c. primaria, c. candidatas) modelos extendidos (orientados a objetos): objetos, supertipos, subtipos, procedimientos, atributos

17. Códigos abreviaciones y estándares • nombres entendibles para campos y tablas; fáciles de recordar y usar; abreviar lo mínimo y de manera consistente. • códigos arbitrarios => problemas de compatibilidad y fuente de errores • el coste: • Razones para códigos en las claves primarias: cuando la clave primaria es muy larga o compleja (¿para salvar espacio en disco? quien se lo cree) • estándares => compatibilidad => acceso unificado, interoperabilidad, soluciones comunes

18. Coste

19. Normalización y modelo lógico de los datos Al modelar una base de datos, desearemos evitar puntos que crean confusión, duplicación de la información y por ende, un mal funcionamiento y exploración de la información. Entre las propiedades indeseables en un diseño de bases de datos tenemos: • Redundancia en la información. • Incapacidad de representar cierta información. • Registrar información que no sea identificable.

20. Primera forma normal • Una relación está en primera forma normal (1FN) si y sólo si todos los dominios son atómicos. Un dominio es atómico si los elementos del dominio son indivisibles. • Es decir, no tenemos grupos de repetición o un conjunto de valores asociados repetidos asociados a un misma registro. • Datos separados en tablas, cada tabla con su clave primaria, no hay grupos repetitivos • Ej.: nombres vernáculos en un registro o en una tabla...

21. Segunda forma normal • Una relación está en segunda forma normal (2FN) si y sólo si está en 1FN y todos los atributos que no sean llaves dependen por completo de llave primaria. • Quita todos los campos que no dependen de la clave principal o que dependen solo de parte de la clave principal • Ej.: Tener una tabla para países y otra para provincias en vez de tener países y provincias en una sola tabla

22. Tercera forma normal • Una relación están en tercera forma normal (3FN) si y sólo si están en 2FN y todos los atributos no llave dependen de manera no transitiva de la llave primaria. Se dice que existe una dependencia transitiva cuando tenemos el par de dependencias funcionales: 78#78 y 79#79, porque de ellas se sigue que 80#80. • Elimina todo aquello en las tablas que que no dependa únicamente de la clave principal • Ej. En una base de datos de citas donde para todos ellos disponemos de las coordenadas, los datos del sitio de recolección (pais, provincia, localidad, municipio, ...) en la tabla de especímenes

23. “Practicalities”: usuarios y palabras de paso recursos compartidos preguntas antes de empezar http://www.gbif.es/bibmaster/bibmaster.php