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Bases de données mito pb conceptuels et pb ergonomiques

Bases de données mito pb conceptuels et pb ergonomiques. BDD: pourquoi ?. °  incontournable : imposée par le financeur pour la tutelle politico-technocratique, BDD = - preuve que le demandeur a le matériel d’étude. - pré-structuration logique du travail

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  1. Bases de données mitopb conceptuels et pb ergonomiques

  2. BDD: pourquoi ? ° incontournable : imposée par le financeur pour la tutelle politico-technocratique,BDD = - preuve que le demandeur a le matériel d’étude. - pré-structuration logique du travail - Saisie chiffrée de l’activité et des besoins ° BDD déjà présentes à l’état +/- sauvageAdministration, DSI … personnelles: tableaux word, excel … ° puisque BDD incontournable:  autant la rendre fonctionnelle pour objectifs médico-scientifiques?

  3. Objectifs médico-scientifiquesd’une BDD mito pour CRMR • retrouver facilement des dossiers, des résultats, à partir de critères divers. • partager l’information en réseau local (+/- multicentrique) • Recherche clinique: requêtes basiques, analyse croisée, extraction d’ensembles syndromiques, corrélations gen/phen… • (+ si affinité: substitution totale au dossier)

  4. Contraintes • Logiques • techniques • Financières • Humaines

  5. Contraintes humaines persuader l’utilisateur que - pas un « travail de secrétariat » - pas compliquer sa vie: * substitution à base perso pour travail # * insertion naturelle dans son emploi du temps * gains de temps divers * facilitation relations inter-disciplines - ratio investissement/rentabilité: favorable à court terme  période d’adaptation accompagnée

  6. Adapter BDD aux impératifs humains: quelle durée raisonnable par dossier? • Limiter nombre d’onglets/ items à renseigner • Structuration logique • Ne renseigner que les items informatifs pour ce dossier • «un onglet= une page (surface plein écran)» • Cliquer plutôt que dactylographier • Ouverture automatique de menus optionnels  Objectif pour primo-consultant: 5 mn ?

  7. « Temps Utile par Dossier »: dépend du site Sites de référence (ex NEM) quatre onglets = quatre informateurs : ° onglet « infos générales »: secrétariat (?) ° onglet Clinique: clinicien (couplage à consult) ° onglet Imagerie:   radiologue (couplage à CR radio) ° onglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste (couplage à rendu de résultat) Site où un seul PH renseigne la BDD: possibilité de ne renseigner que les entités génériques

  8. Contraintes logiques Mitochondrie = • pathologie polymorphe, multisystémique, intensité variable • Multiplicité des fonctions biologiques • Limites imprécises: • Maladies OXPHOS • Diabète(s) • Parkinson • Sclérose latérale amyotrophique, CMT • Cancers • Inflammations génétiques… • atteinte primitive/ atteinte secondaire ?  nombre élevé d’items cliniques de dossiers

  9. Peut on délimiter la pathologie mitochodriale? Apoptosis and mitochondria

  10. BDD mitoConcepts ergonomiegènes nucléaires • Option 1: • dactylographier le gène, mémorisé dans un thésaurus international entré dans la base . Non disponible! • -Option 2 • listing alphabétique des gènes N à destinée mito •  menu déroulant avec 2000 entités?.. • Option 3 • Catégories génériques de gènes •  combien de catégories, lesquelles ?

  11. Gènes nucléaires:comment catégoriser les fonctions mitochondriales? • Catégorie princeps: CR s-u enzym assemblage, régulation.. • Machinerie mtDNA et transcrits replication/reparation/transcription mtDNA Translation : Processing tRNA, ribosomal proteins… - Fonctionnement mitochondrial canaux ioniques/potentiel membranaire targeting/ translocation de petites molécules de protéines fusion, fission, déplacement - Fonctions cellulaires à maillons mitochondriaux Apoptose homéostasie calcium homéostasie ROS (reactive oxygen species)

  12. BDD existantes: gdes caractéristiquesfusion ou interopérabilité? • BDD « C Béroud/P Reynier »biochimie corrélations gen/phen dossiers résolus simplicité ergonomique, plasticité • BDD microsoft (Access) unicentre: Bicêtre, Nice.. • BDD Grenoble : ? • BDD Cemara option DHOS pour saisie activité CRMR recherche génétique à p de phénotypes

  13. Diverses bases existantes • Bases 4D en langage SQL:  interopérabilité théorique Condition n°1: entités sémantiques identiques +/- facile: bioch, enzymo, gènes.. Difficultés: clinique

  14. Base Cemara Mito • quatre onglets ° onglet « infos générales »: secrétariat (?) ° onglet Clinique: clinicien(couplage à consult) ° onglet Imagerie:   radiologue (couplage à CR radio) ° onglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste (couplage à rendu de résultat)

  15. Base Cemara Mito • Clinique: quelles sont les entrées pertinentes?

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