1 / 50

5th SpHPP Meeting La Cristalera , 5th and 6th November 2013

5th SpHPP Meeting La Cristalera , 5th and 6th November 2013. Juan Pablo Albar, ProteoRed -ISCIII, CNB-CSIC. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013. Management structure of the SpHPP. 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES

raine
Download Presentation

5th SpHPP Meeting La Cristalera , 5th and 6th November 2013

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 5th SpHPP Meeting La Cristalera, 5th and 6th November 2013 Juan Pablo Albar, ProteoRed-ISCIII, CNB-CSIC SpHPPMeeting, La Cristalera, Nov 2013

  2. Management structure of the SpHPP 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  3. Management structure of the SpHPP 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  4. PROJECT MANAGEMENT PROJECT MANAGEMENT SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  5. Proteo-Red/ISCIII ProteoRed CIBER/RETICS/CAIBER B/D-SpHPP Platform C-SpHPP Platform PROJECT MANAGEMENT PROJECT MANAGEMENT SpHPP-16 BIOBANKS /ISCIII Chr. 16 697 KnownProteins 143 UnknownProteins Disease Biology Pathogenesis Cells Diagnosis Tissues Prognosis Biofluids Treatment SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  6. PROJECT MANAGEMENT Board of Directors: Principal investigators (PIs) Council Project Director ExecutiveCommittee 1st Deputy Director 2ndDeputy Director WG 1 WG n . . . . . . . . . . . . . . . . . WorkingGroups ResearchUnits RU 1a RU 1x RU na RU nx . . . . . . . . SpHPP Council, La Cristalera, Dec 2012

  7. PLATAFORMA DE RECURSOS BIOMOLECULARES Y BIOINFORMÁTICOS, PRB2 Programa de trabajo Plataforma en Red de Proteómica, ProteoRed Programa de trabajo Centro Nacional de Genotipado, CeGen Programa de trabajo Instituto Nacional de Bioinformática, INB Programa de trabajo Banco Nacional de ADN, BNADN Programa de trabajo Banco Nacional de Líneas Celulares, BNLC Programa de trabajo Formación y Coordinación SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  8. Programa de trabajo Plataforma en Red de Proteómica, ProteoRed SERVICIOS INVESTIGACIÓN COORDINACIÓN -COORDINACIÓN GENERAL -CONTROL ECONÓMICO -INTERACCIONES CON EL ISCIII -INFORMES CIENTÍFICOS Y DE GESTIÓN -ACTUALIZACIÓN MÉTODOS Y APLICACIONES -ESTANDARIZACIÓN Y CONTROL DE CALIDAD -ACTUALIZACIÓN TARIFAS Y CARTERA SERVICIOS -SOPORTE INFORMÁTICO A LA PLATAFORMA -PRESENTACIÓN DE SERVICIOS AL SNS -EXPRESIÓN DE PROT Y ESTAND PEPTÍDICA -SECUENCIACIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE PROTEÍNAS -PROTEÓMICA DIRIGIDA (S/MRM) -BIOINFORMÁTICA Y PROT COMPUTACIONAL -APLICACIONES CLÍNICAS Y BIOBANCOS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  9. ESTRUCTURA FUNCIONAL DEL PROGRAMA Documento del Coordinador del Programa de la Plataforma La estructura de gestión científico-técnica del Programa de Trabajo estará constituida por el COORDINADOR DEL PROGRAMA DE TRABAJO, asistido por un gestor administrativo y asesorado por el COMITÉ CIENTÍFICO-TÉCNICO del Programa de Trabajo. Dicho comité estará formado por los subcoordinadores responsables de los paquetes de trabajo de Servicio (IP del grupo 6, C. Gil) e Investigación (IP del grupo 8, FJ. Corrales) y por el responsable de la tarea de Aplicaciones Clínicas y Biobancos (IP del grupo 15, FJ.Blanco). El Coordinador General estará asistido asimismo por el CONSEJO GENERAL DEL PROGRAMA DE TRABAJO constituido por los IP de todos los grupos de trabajo. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  10. PROJECT MANAGEMENT Board of Directors: Principal investigators (PIs) Council Project Director ExecCommittee 1st Deputy Director 2nd Deputy Director 3rdDeputy Director WG 1 WG n . . . . . . . . . . . . . . . . . WorkingGroups ResearchUnits RU 1a RU 1x RU na RU nx . . . . . . . . SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  11. SpHPP CONSORTIUM BOARD OF DIRECTORS COORDINATOR EXECUTIVE COMITTEE ASSOCIATED COORDINATOR 2 ASSOCIATED COORDINATOR 1 ASSOCIATED COORDINATOR 3 EXTENDED EXECUTIVE COMITTEE WG 1 WG 2 WG 3 WG 5 WG 4 BOARD OF DIRECTORS IPs RU1a-1d IPs RU 2a-2h IPs RU 3a-3g IPs RU 4a-4f IPs RU 5a-5g SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  12. SpHPP CONSORTIUM BOARD OF DIRECTORS COORDINATOR: Juan P. Albar EXECUTIVE COMMITTEE ASS. COORDINATOR-1: Fernando J. Corrales • ASS. COORDINATOR-2: • Concha Gil • ASS. COORDINATOR-3: • Francisco J. Blanco EXTENDED EXECUTIVE COMITTEE WG 1: Concha Gil WG 2: F. Corrales WG 3: Ignacio Casal WG 4: Alberto Pascual WG 5: Francisco Blanco BOARD OF DIRECTORS IPs RU1a-1d IPs RU 2a-2h IPs RU 3a-3g IPs RU 4a-4f IPs RU 5a-5g SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  13. Groups participating in the Spanish SpHPP. Chr-16 Consortium 1. CNB-CSIC: Functional Proteomics Group & Proteomics Facility Group Leader: Dr. Juan Pablo Albar. 2. CBMSO-CSIC: Proteomics Facility Group Leader: Dra. Anabel Marina 3. CIB-CSIC: Functional Proteomics Lab & Proteomics Facility Group Leader: Dr. Ignacio Casal 4. CNB2-CSIC.:BioinformaticsGroup Group Leader: Dr. Alberto Pascual 5. CNIC: Proteomics Unit & Proteomics Facility Group Leader: Dr. Jesús Vázquez 6. PCM-UCM: UCM-Microbiology II & Proteomics Facility Group Leader: Dra. Concha Gil 7. CIC bioGUNE. Proteomics Platform Group Leader: Dr. Felix Elortza 8. CIMA-NAVARRABIOMED: Proteomics Laboratories Group Leader: Dr. Fernando J. Corrales. 9. UPV/EHU: Proteomics Unit Group Leader: Dr. Jesus M. Arizmendi 10. CRG: ProteomicsUnit Group Leader: Dr. Eduard Sabidó. 11. IIBB-CSIC: Proteomics Unit & Facility Group Leader: Dr. JoaquínAbián. 12. PCB: ProteomicsPlatform Group Leader: Dr. Eliandre de Oliveira. 13. VHIO: ProteomicsLaboratory Group Leader: Dr. Francesc Canals. 14. CIC-USAL FunctionalProteomicsLaboratory. Group Leader: Dr. Manuel Fuentes. 15. INIBIC : ReumathologyGroup & ProteomicsPlatform Group Leader: Dr. Francisco J. Blanco. 16. UV: ProteomicsFacility. Group Leader: Dr. Manuel Sánchez del Pino SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  14. Groups participating in the Spanish SpHPP: Chromosome-16 Consortium 17. CNIO: ProteomicsUnit Group Leader: Dr. Javier Muñoz 18. FJD-HNPT:Cardiovascular ProteomicsLaboratory. Group Leader: Dr. Fernando Vivanco. 19. IDIBELL-IAS Group Leader: Dra Silvia Barceló 20. IRB Group Leader: Dra Marta Vilaseca 21. UB Group Leader: Dr. Oriol Bach 22. IPBLN-CSIC ProteomicsFacility Group Leader: Dr. Jaime Sancho 23. IMIBIC GroupLeader: Dr. J. Antonio Bárcena 24. Spanish National Biobank Network / Spanish National Cancer Centre (CNIO) Group leader: Dr. Manuel M Morente. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  15. WG 1.-Protein Expression & Peptide Standard Team Chair: Concha Gil Co-chair: Manuel Fuentes RU1a (ProteinMicroArray) M. Fuentes CIC/IBMCC, (USAL/CSIC), Salamanca RU1b (ProteinExpression) C. Gil UCM-PCM, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU1c (Peptide Standard) JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU1d (ProteinCharacterization) F. Elortza CIC bioGUNE, ProteoRed-ISCIII, Bilbao ScientificResearchers: Dasilva N. Díez P. González M. Perez de Andrés  M. ScientificResearchers: Marín E. Monteoliva L. Pitarch A. ScientificResearchers: Lombardía M. ScientificResearchers: Azkargorta M. Iloro I. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  16. WG 2.- S/MRM-ProteinPlatformTeam Chair: Fernando Corrales Co-chair: Francesc Canals RU2a JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU2b FJ. Corrales CIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona RU2c F. Canals V.H.I.O. ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU2d C. Gil PCM-UCM ProteoRed-ISCIII, Madrid RU2e M. Sánchez del Pino UV ProteoRed-ISCIII,Valencia RU2f F. Vivanco MG. Barderas FJD,Madrid HNP, Toledo RU2g FJ. Blanco INIBIC, ProteoRed-ISCIII, La Coruña RU2h I. Orera S.Barceló IACS, ProteoRed-ISCIII,Zaragoza /IDIBELL Barcelona RU2i JM. Arizmendi UPV/EHU ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU2j J. Fernández Navarrabiomed, Navarra RU2k E. Sabidó CRG/UPF Barcelona ScientificResearchers: Alpízar A. Gharbi S. González C. Marcilla M. ScientificResearchers: Martínez R. Miqueo C. Mora MI. Odriozola L. ScientificResearchers: Bech-Serra JJ. Colomé N. Martín L. Monge M. ScientificResearchers: Cáceres D. Clemente F. Hernáez ML. ScientificResearchers: Antúnez O. Cantero L. Valero L. ScientificResearchers: Alvarez-Llamas G. Baldan M. Darde VM. De la Cuesta F. Gonzalez L. Martin M. Mouriño L. Padial LR. Posada-Ayala M. ScientificResearchers: Calamia V. Fernandez P. Fernandez C. Ruiz C. ScientificResearchers: De la Torre C. Lattanzio G. ScientificResearchers Aloria K. Beaskoetxea J. ScientificResearchers Fernández J. Santamaría E. ScientificResearchers: C. Chiva E. Borràs Ivonne Peña SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  17. WG 3.-Protein Sequencing Team Chair: Ignacio Casal Co-chair: Manuel Sánchez del Pino RU3a JM. Mato / F. Elortza CIC-BioGUNE, ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU3b J. Abian IIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU3c M. Sánchez del Pino UV, ProteoRed-ISCIII, Valencia RU3d E. de Oliveira PCB, ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU3e I. Casal CIB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU3f JM. Arizmendi UPV/EHU ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU3g JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU3h M.Esteller/S.Barceló (PTMs) IDIBELL, Barcelona RU3i J. Muñoz CNIO ScientificResearchers: Azkargorta M. Escobes I. Iloro I. Rodríguez E. ScientificResearchers: Carrascal M. Gallardo O. Jaraquemada D. Villanueva J. ScientificResearchers: Antúnez O. Cantero L. Valero L. ScientificResearchers: Díaz R. Odena A. ScientificResearchers: Fernandez M. Mendes M. ScientificResearchers: Aloria K. Beaskoetxea J. Omaetxebarria M J. ScientificResearchers: Navajas R. Paradela A. ScientificResearchers: De la Torre C. Gómez A. ScientificResearchers: XXXXXX SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  18. WG 4.-Bioinformatics Team Chair: Alberto Pascual Co-chair: Alberto Medina RU4a JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4b FJ. Corrales CIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona RU4c J. Abian IIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU4d C. Gil PCM-UCM ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4e JM. Arizmendi UPV/EHU ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU4g A. Pascual CNB-CSIC, Madrid RU2h E. Sabidó CRG/UPF Barcelona RU2i J. Vázquez CNIC ScientificResearchers: M-Bartolomé S. Medina A. ScientificResearchers: Braga M. Guruceaga E. Segura V. ScientificResearchers: Gallardo O. ScientificResearchers: Vialás V. ScientificResearchers: Fullaondo A. Prieto G. ScientificResearchers: Cruceiro J. Martínez D. Nogales R. Tabas D. ScientificResearchers: Mancuso F. ScientificResearchers: XXXXXX SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  19. WG 5.-Clinical Health Care & Biobanking Team (B/D-SpHPP) Chair: Francisco J. Blanco Co-chair: Juan Pablo Albar RU5a FJ. Blanco INIBIC, ProteoRed-ISCIII, La Coruña RU5b F. Bonilla/ I. Casal /JP. Al bar Hospital Puerta de Hierro, CIB Madrid RU5c L. Rodríguez Padial/ F. Vivanco /M.E Barderas FJD, Madrid/HNP, Toledo RU5d A. López de Munain Inst. Biodonostia S. Sebastian RU5e F. Corrales CIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona RU5f C. Gil PCM-UCM ProteoRed-ISCIII, Madrid RU5g M. Morente SNBN, CNIO, Madrid (considered for inclusion in the consortium) RU5h M.Esteller (Epigenetics) IDIBELL, Barcelona ScientificResearchers: Lourido L. Mateo J. Rocha B. ScientificResearchers: Mendes M. Peña C. Torres S. Gharbi S. González C. ScientificResearchers: Alvarez G. Barroso G. De la Cuesta F. González L. Martín M. Moral V. Mouriño L. Posada M. ScientificResearchers: Aloria K. Arizmendi JM. Beaskoetxea J. Fullaondo A. Omaetxebarria MJ. Prieto G. ScientificResearchers: Bigaud E. Moreno A. ScientificResearchers: Marín E. Monteoliva L. Pitarch A. ScientificResearchers: De Luna F. Domenech N. Marín MC. ScientificResearchers Barceló S. Berdasco M. Casado V. De la Torre C. Gómez A. Lopez-Serra P. Setien EF. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  20. LA CRISTALERA, MIRAFLORES DE LA SIERRA. MADRID, DECEMBER 10TH, 2012 SpHPP BOARD OF DIRECTORS COUNCIL 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  21. CONFIDENTIAL AGREEMENT SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  22. LA CRISTALERA, MIRAFLORES DE LA SIERRA. MADRID, DECEMBER 10TH, 2012 SpHPP BOARD OF DIRECTORS COUNCIL 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  23. FINANCING SCENARIOS • Currently there is no specific financing for SpHPP. • ProteoRed-ISCIII & PRB2 ISCIII Platform Support. • Private financing: SpHPP cluster • Financing through PIs projects: - ……. - ………. -…………….. -………………… SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  24. Proyectos alineados con el HPP. CNB ProteomeXchange. FP7-HEALTH. Project no: 260558. Duración: 2011-2014. Plataforma en Red de Proteómica Carlos III. ProteoRed-ISCIII 2005X747_3 Duración: 2011-2013. CHUAC/INIBIC Proyecto Proteoma Humano Español: Aplicación en Enfermedades Reumatológicas. FIS. PI12/00329. Duración: 2013-2016. BÚSQUEDA DE INDICADORES PARA EVALUAR LA CALIDAD DE MUESTRAS DE PLASMA ALMACENADAS EN LOS BIOBANCOS Y DETERMINAR SU ADECUACIÓN A LOS MÉTODOS ANALÍTICOS PROTEOMICOS. FIS.PI12/02670 PCM-UCM Programación de circuitos microbianos en medicina protectiva y terapeútica, PROMT. CAM Biomedicina. S2010/BMD-2414. Duración: 2012-2013. Proteómica dirigida (selectedreactionmonitoring) aplicada al estudio de la interacción de cándida-hospedador y nuevas y estrategias de disgnóstico de candidiasis invasivas. MINECO. BIO2012-31767. Duración: 2013-2015. Desarrollo de kit de multidiagnóstico de infecciones vaginales. MINECO. IPT-2012-0698-0100000. Duración: 2012-2015. Immune response to human fungal pathogens FP7-PEOPLE-2013-ITN. Duración: 2013-2017. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  25. LA CRISTALERA, MIRAFLORES DE LA SIERRA. MADRID, DECEMBER 10TH, 2012 SpHPP BOARD OF DIRECTORS COUNCIL 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  26. 16 Chromosome 16 workplan 16 6THCHPP WORKSHOP BERLÍN16/03/2013 HUPO 2013. YOKOHAMA 15-18/09/2013 2012 2013 2014 • Bioinformatics study • MRM for 184 proteins • MRM for 339 proteins • MRM for 339 proteins • SOP, bioinformatics procedures, formats, data banks, etc. • Validation of MRM assays (3 groups, immunoreagents, correlation with gene expression) • Clinical samples. Disease-related changes on protein abundance. Biomarkers • Biobanking 2015 2016 2017 • Validation of MRM assays (3 groups, immunoreagents, correlation with gene expression) • Clinical samples. Disease-related changes on protein abundance. Biomarkers • Biobanking SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  27. 2013 SpHPP MILESTONES • 1. European Bioinformatics cross analysis of Jurkat cells LC-MS/MS data. • 2. PM8/QTAPAS Targeted Proteomics Study. • 3. Specific WGs Landmarks for: • C-HPP: Berlin, March 16th, 2013 • HUPO-PSI-PX: Liverpool, April 15th-19th, 2013 • HUPO: Yokohama, September 2013 • EUPA: Saint-Maló, October 2013 - 2013 C-HPP Report, December 2013 SpHPPCouncil, CNB-CSIC May 2013

  28. 2013 SpHPP MILESTONES • WG3: Comprehensive Proteomic Analysis Team - 1. In deepanalysis of 3-6/7 celllines: 1.1 Characterization: 1.1.1 Total cell lysates. 1.1.2 Membrane anchored proteins. 1.1.3 Secretome. 1.1.4 Others. 1.2 Post-translational modifications: 1.2.1 Phosphorylation. 1.2.2 Acetylation. 1.2.3 Glycosylation. 1.3 Interactions / Networks / Pathways. 1.4 Isoforms or Proteoforms. 1.5 Tissue localization/expression. 1.6 Parameters for S/MRM. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  29. Propuesta plan de trabajo SpHPP 2013 • Tarea 3. Secuenciación y caracterización de proteínas. • 3.1.- Reanálisisde los datos generados en células Jurkat, CCD18, MCF7 y Ramos incluyendo grouping . • 3.2.- Análisis cuantitatitvo de los experimentos de shotgun y validación de los mismos mediante comparación con los experimentos de trasncriptómica . • 3.3.- Integración de los datos de los datos de proteómica generados con ENCODE . • 3.4.- Inclusión de datos de otras líneas celulares/tejidos . • 3.5.- Análisis de subproteomas en, al menos, 3 líneas celulares. Entre los subproteomas objeto de estudio se incluirá el secretoma, proteínas de membrana y nucleares . • 3.6.- Elaborar la estrategia para abordar el estudio de las PTMs del Chr16 . • 3.7.- Caracterización de PTMs de las proteínas del Chr16: fosforilación, glicosilación, acetilación. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  30. LA CRISTALERA, MIRAFLORES DE LA SIERRA. MADRID, DECEMBER 10TH, 2012 SpHPP BOARD OF DIRECTORS COUNCIL 1. PROJECT MANAGEMENT 2. CONFIDENTIAL AGREEMENT 3. FINANCING SCENARIOS 4. 2013 MILESTONES 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  31. Spanish HPP STRUCTURE INTERACTION WORKFLOW ? SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  32. MINECO ISCIII SteeringCommittee Analytical Gene/chromosomecentric Research Diseasecentric Bioinformatics MS andAbbasedquantitativemethods Open accessrepositories Hallmarksofdisease Potentialbiomarkersandtherapeutic targets Biotechs MINECO Designofprototypes Quantitationoftargetproteins CNB-CSIC PCM-UCM CIB-CSIC FJD/HNP CIC bioGUNE CIMA UAB-CSIC UV PCB VHIO USAL UPV-EHU INIBIC BioDo HM Pharmas ISCIII Clinicaldevices Personalized medicine SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  33. HOSPITALS RESEARCH INSTITUTES RESEARCH CENTERS COOPERATIVE NETWORKS RHEUMATIC & MUSCULOSKELETAL DISEASES Dr F. BLANCO INFECTIOUS DISEASES Dr C.GIL NEUROLOGICAL DISEASES Dr A. LOPEZ DE MUNAIN Chr16-HPP Proteomics Platforms SPANISH NATIONAL BIOBANK NETWORK-ISCIII Dr MANUEL M. MORENTE CARDIOVASCULAR DISEASES Dr F. VIVANCO OBESITY Dr F.CORRALES CANCER DrsI. CASAL & C. BELDA SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  34. Cardiovascular Diseases Chair: L. Rguez.-Padial Co-Chair: F. Vivanco Osteoarthritis Rheumatoid arthritis SLE Neurologic Disorders Chair: A. López-Munain Co-chair: JM. Arizmendi Rheumatic Diseases Chair: FJ. Blanco Co-Chair: JP. Albar Infectious Diseases Chair: J. Fortun Co-Chair: C. Gil Braintumors Breastcancer Colon cancer Red RECAVA Cancer Chair: C. Belda, F. Bonilla Co-Chair: I. Casal Obesity Chair: J. Prieto Co-Chair:F. Corrales Obesity NAFLD Artherosclerosis Valvular diseases Muscular dystrophy Parkinson diseases B/D-HPP Coordinator: FJ. Blanco Biology Biomarkers (D/P/P/T) 1ª Phase: Known Proteins 2ª Phase: Unknown Proteins Candidiasis CAIBER ISCIII (clinical research) Biobanks ISCIII SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  35. Chromosome 16 Update: Surfingtranscriptomicslandscapes. A stepbeyondtheannotation of Chr-16 proteome Fernando J Corrales, Concha Gil, Juan P Albar & Chr16-Spanish HPP ProteoRed-ISCIII, Spain

  36. Scientificactivity • Two chr16 EC meeting • Three general meetings of chr16 consortium • WG monthlyteleconferences • Threepublications and onesubmitted • Six posters and fourpresentations in Yokohama • One oral prsentation in San Petersburg. • Two oral presentations in theProteome Exchange meeting • SeventalkspresentingSpHPPtothebiomedicalresearchcommunity • Onegrantapplication. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  37. HUPO 2013 Abstractssubmmittedfromthe Chr-16 Consortium (I) 1.-DATA SUBMISSION TO PX REPOSITORY Z00435 Title: Howtosubmit MIAPE compliant data toProteomeXchangeconsortium Z00849 Title: Improving Chr-16 proteinscoveragewithhighconfidence and MIAPE compliant MS data 2.- INTEGRATION OF GENOMICS & PROTEOMICS DATA Z00824 Title: Bioinformaticworkflowfor Chr16 characterizationusingproteomicshotgun and transcriptomic RNA-seqexperiments. Z00824 Title: Integrating ENCODE in theSpanish Human Proteome Project: a bioinformaticsapproach SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  38. HUPO 2013 Abstractssubmmittedfromthe Chr-16 Consortium (II) 3.-OPTIMIZATION OF PROTEOME COVERAGE Z00853 Title: Dissectingsubcellularcompartmentsfordeepproteomecoverage of Chromosome 16 in T cells. 4.-CHROMOSOME 16 SRM METHODS Z00822 Title: Development of SRM methodsforthedetectionand quantification of chromosome 16 proteins. 5.-MISSING PROTEINS Z00863 Title: Missingproteins in Chromosome 16-Spanish HP SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  39. CONCLUSIONS • The number of protein coding genes is 886 (ENSv70) including 187 than encode proteins without experimental MS evidence, according to the adopted C-HPP criteria. • We have developed all bioinformatics workflows to combine data from UniprotKB, Ensembl, HBM and our own shotgun proteomics dataset from four different cell lines to get insight on chr16 proteome • Databases are currently being implemented to search MS/MS spectral data and explore our capacity to assign novel transcripts and isoforms taking advantage of the large data collection resulting from the multicentric shotgun proteomic analysis performed on four independent cell lines that allowed mapping of 41,4% of chr16 proteins. • Expression of 67 genes coding for chr16 proteins were not detected in the collection16 tissue specific RNAseq datasets analyzed, not specifically pertaining the group of missing proteins. • Targeted methods for detection of 49 proteins of chr16 have been already developed. All of these methods have been validated in at least two independent laboratories and in three distinct cell lines. • For Chr16 missing proteins, SRM methods are optimized using in house produced recombinant forms. Optimized methods for 24 recombinant chr16 proteins has been achieved and tests on complex biological matrices are currently ongoing. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  40. CONCLUSIONS II • Our shotgun experimental strategy, has enabled the detection and identification of 8,766 proteins expressed in the Jurkat T, Ramos, CCD-18 or MCF-7 cell lines, and 42% of the Chr 16 protein-coding genes were identified 385 pcg). This information was submitted to the Proteored MIAPE repository, with the data generated between the 15 laboratories of the Spanish HPP (sHPP) consortium and then to ProteomeXchange. • Its possible and easy to reach the MIAPE compliance of the submitted data to ProteomeXchange by using: RAW data Data compilation MIAPE Extraction Data submission Data inspection Data curation ProteomeXChange Inspection project definition Data visualization PRIDE XML Export FDR, thresholds, etc… PSI standard MIAPE (MS,MSI) Search engine TheProteoRed MIAPE Extractor SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  41. Proyecto Proteoma HumanoHPP Asociación CLÚSTER ESPAÑOL DEL PROTEOMA HUMANO SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  42. El objetivo de este documento es concretar el marco de referencia que permita tener una visión global del Proyecto Proteoma Humano (HPP) en lo relativo a su plasmación en España (HPP-Spain), en torno al cromosoma 16. • Este marco debe dar cabida y permitir registrar y desarrollar todas y cada una de las actividades que se realicen en el ámbito del HPP-Spain, de forma que todos los agentes involucrados tengan una visión sistémica del proyecto, independientemente de sus respectivos roles específicos. Para ello, el documento se estructura en los siguientes capítulos: • Proyecto Proteoma Humano – HUPO, que presenta el proyecto desde su perspectiva global mundial • HPP-Spain, donde se recogen las características específicas de cómo el proyecto se está concretando en el ámbito español, como iniciativa público-privada y científico-empresarial, en torno al cromosoma 16 • Concreción de la iniciativa HPP-Spain en términos de “Proyecto”, debiendo identificar, como tal, objetivos, actividades, fases, presupuestos, organización, etc. en cada uno de los grandes bloques que integran el Proyecto global. • En este sentido, el documento tiene la vocación de estar “permanentemente vivo”, en el sentido de recoger tanto los aspectos concretos conocidos y desarrollados hasta la actualidad, como los que vayan identificándose en el corto, medio y largo plazo, a medida que se identifiquen y desarrollen. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  43. HPP-HUPO • HPP–Spain: Clúster Español del Proteoma Humano • El Proyecto • Anexo I – xxx • Anexo n - xxx SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  44. HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma Humano Una iniciativa científico-empresarial... El Clúster Español del Proteoma Humano es un proyecto que, surgido de la iniciativa público-privada, y con una visión eminentemente empresarial, tiene como principal objetivo el impulso de nuevas actividades empresariales basadas en el desarrollo tecnológico e industrial en el campo de las Biociencias en general que pueden generarse como oportunidades al amparo de la participación española en este proyecto internacional. Desde una perspectiva científica, el Clúster Español del Proteoma Humano forma parte del proyecto de investigación internacional HUPO (HumanProteome) que tiene como objetivo desarrollar la descripción completa del Proteoma Humano. Para su consecución se cuenta con la colaboración de distintos consorcios internacionales entre los que se “reparten” las investigaciones. El Clúster Español del Proteoma Humano concentrará sus esfuerzos en investigar el cromosoma 16 sin excluir otras oportunidades que puedan surgir durante el desarrollo del mismo. Desde la perspectiva empresarial, el Clúster Español del Proteoma Humano aboga por una colaboración intersectorial de empresas tecnológicamente competitivas de diferentes perfiles que aprovechen el escenario del proyecto HUPO para desarrollar nuevos emprendimientos (start-ups, spin-offs, etc.), que, desde sus respectivas áreas de conocimiento y experiencia, no necesariamente biotecnológicas, puedan aplicar dicho conocimiento y experiencia al nuevo sector para impulsar la economía española, en un contexto y vocación internacional, desarrollando una industria en un sector en alza, el de las Ciencias de la Salud que, en los próximos años, va a ser fundamental para la creación de empleo, riqueza y ventajas competitivas. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  45. HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma Humano ... con vocación internacional Complementariamente a los objetivos empresariales y científicos, la especialización y desarrollo de nuevas iniciativas empresariales en sectores altamente competitivos, como el de la proteómica, dará un plus de prestigio a la marca España en el mundo científico y tecnológico. Finalmente, participar en un proyecto científico mundial ayudará a la internacionalización de empresas españolas altamente competitivas; de esa forma, se potenciará la venta de sus productos y servicios en un mundo cada vez más globalizado y competitivo, facilitando la consolidación de una economía basada en la ciencia, que emerge con fuerza y por la que los países más competitivos apuestan. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  46. HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma Humano El Consorcio • Para el desarrollo del proyecto Clúster Español del Proteoma Humano, se ha creado un consorcio integrado por organizaciones que representan los diferentes perfiles que de forma poliédrica pueden contribuir al éxito de esta participación. Incluye organismos públicos, privados, empresariales y científicos, todos ellos alineados con los objetivos previamente relacionados y con el potencial necesario y suficiente para desarrollarlos con éxito: • Empresas: Ibermática, Asociación de la Máquina Herramienta, etc. • Entidades de capital: Kutxabank, Fondos de capital-riesgo, Capital privado, etc. • Centros tecnológicos: Tecnalia, IK4, etc. • Centros Investigación: ProteoRed, etc. • Red sanitaria pública: Hospitales Madrid, Biodonostia, Cima, Inibic, Biobanco, etc. • Gabinetes jurídicos: Cremades&CalvoSotelo, Cialt, etc. • Este consorcio ha adoptado la forma de Asociación-Clúster, en cuyos estatutos (Anexo II) se explicita que sus objetivos fundacionales son “Promover el crecimiento y la competitividad del sector asociado a la Proteómica y sus organismos, apoyando el desarrollo de los mismos en todas las áreas (…) Promoviendo la formación, la I+D+i, y la excelencia en la práctica de sus procesos y la gestión de los mismos; favoreciendo la cooperación entre los organismos y las empresas miembros entre sí y con otros Grupos de Interés (…). Defender los intereses de los miembros Asociados y representarlos ante los Grupos de Interés. (…). Generar una economía basada en la ciencia y tecnología en torno a la Proteómica. (…). Generar proyectos que permitan realizar descubrimientos en el área de la proteómica (…)”. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  47. El Proyecto Introducción • A partir de los antecedentes y premisas reflejadas en los anteriores capítulos de este documento, y para facilitar la comprensión y articulación de acciones en torno al Proyecto Global, el mismo debe articularse en los siguientes Proyectos o Macro-Áreas de Actividad: • Proyecto Científico HPP-Spain • Proyecto Empresarial • Organización y gestión del Clúster • Acciones de comunicación y divulgación • Partiendo de la periodificación prevista para el proyecto Científico (una fase piloto, de 2012 a 2018; y una fase de ejecución, de 2018 a 2022), alrededor del cuál deben enmarcarse el resto de actividades, en el esquema de la página siguiente se reflejan estas cuatro Áreas en dicho espacio temporal. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  48. El Proyecto Esquema general Proyecto Científico HPP-Spain Proyecto Empresarial Organización / Gestión del Clúster Acciones de Comunicación / Divulgación Fase Ejecución (2018 – 2022) Fase Piloto (2012 – 2018) SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  49. Supported by EU FP7 grant ProteomeXchange [grant number 260558] SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  50. SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

More Related