Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.

1. Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.

2. Anggota kelompok : • Waode Nur Zara 10407030 • Yunitazari Laksmi PW 10407031 • Venessa Alia 10407032 • Siti Amalia 10407033 • Sutina 10407034 • Vilandri Astarini 10407035 • Angga Kusnan Qodafi 10407036 • Oktira Roka Aji 10407038 • Nur Azizah 10407039 • Anissa Kurnia M 10407040

3. VIRUS OF FUNGI

4. Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research Institute, USA untuk pertamakalinya mendapatkan hasil eksperimen mengenai virus yang ditemukan pada jamur Agaricus bisporusyang menyebabkan “die-back disease”pada tahun 1962. Karakteristik yang paling umum dari “mushroom virus diseases”yaitu kerusakan pada panen dan kehiangan kemampuan untuk menghasilkan mycelium. Mycoviruses

5. Rod-shaped, filamentous and herpes types. Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25 and 50 nm (diameter)dan berat partikelnya 6-13 x 106 dalton. Memiliki double-stranded ribonucleic acid (dsRNA), biasanya tersedmentasi menjadi 1-8 segments dengan total molekul 2 to 8.5 X 106 dalton. The dsRNA segments are separately enclosed into identical capsids. Berdasarkan materi genetiknya, dsRNA Mycovirus berbeda dengan dsRNA pada hewan dan tumbuhan. Pada mycovirus semua materi genetrik dilindungi oleh virion tunggal. Morphology of Mycoviruses

6. Efek Infeksi Mycovirus : Morphological differences perubahandrastispada fungi inang : • Perlambatanpertumbuhan • Pembentukankoloni abnormal • irregular margins • reduksijumlah spores asexual yang viable

7. karakteristik isolat-isolat DK21 yang mengandung dsRNA dan yang tidak * Fusarium graminearum isolates

8. Efek Infeksi Mycovirus : PerubahanPatogenitas • Hypovirulenceadalahfenomenadimanavirulensisuatu fungi patogenberkurang, bahkansampaihilangkarenainfeksimycovirus. • Reduksitingkatvirulensi(hypovirulence) termasukpenekanansporulasi, perubahanmorfologikoloni, reduksipigmentasi, peningkatanakumulasioksalate, danperubahanaktivitassellulasedanlaccase.

9. mitovirus di Cryphonectria parasitica , Ophiostoma novo-ulmi , Sclerotinia homoeocarpa , Chalara elegans dan Botrytis cinerea • mycoreoviruses di Cryphonectria parasitica , dan Rosellinia necatrix • Beberapa mycoviruses yang tidak terklasifikasi, seperti SsDRV pada family Flexiviridae di S. sclerotiorum , DaRV di Diarporthe ambigua , FgV-DK21 di Fusarium graminearum dan a 33-nm mycovirus isometrik di B. cinerea Mycovirus lain yang menyebabkan hypovirulence pada fungi patogen tanaman, yaitu:

10. Mekanisme Transmisi • Mycovirus dsRNA dapat secara sitoplasmic ditransmisi dari salah satu strain fungi inang ke yang lainnya selama hyphal fusion (anastomosis). • Hypal fusion diartikan sebagai fusion complete dinding dan sitoplasma keduanya dan hal ini berbeda dari kontak langsung dan adesi hypae

11. Aplikasi Mycovirus digunkan sebagai kontrol alternatif fungi pathogen tanaman. Masalah yang berhubungan dengan kontrol menggunakan zat kimia (fungisida): • Fungisida tidak mencapai di cabang secara efisien karena kanopi yang lebat • B. cinerea resisten terhadap fungisida • Residue fungisida di tanaman • Menyebabkan polusi lingkungan. alternatif non-fungisida sperti kontrol biologi sangat diperlukan dan telah menarik perhatian para peneliti dan telah mengawali penemuan strain-strain hypovirulen baru di fungi lainnya.

12. Beberapa fungi penting yang mengandung Mycoviruses yaitu : Agaricus bisporus (25-50 nm) Alternaria tenius (30-40 nm), Aspergillus foetidus (40-42 nm) Penicillium brevicompactum (40 nm) P.chrysogenum (35 nm), P.funiculosum (25-30 nm) P.notatum (25 nm), Mycoviruses

14. Virus of Fungi

15. Virus of Fungi Rhizidiovirus • Virion • Virus capsid tidakberamplop • simetri ikosahedral. • nucleocapsidnya isometric • Diameter 60 nm. • Host • Fungi • Hyphochytridiomycota Spesies Rhizidiomyces virus (RZV) host : Rhizidiomyces sp.

16. Virus of Fungi Hypovirus Virion Tidak punya capsid. dsRNA genomenya terencapsulasi memanjang dengan enzim replikasi viralnya di dalam host-derived lipid pleomorphic vesicles (50-80nm in diameter). Spesies Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1) Cryphonectria hypovirus 2 (CHV-2)Cryphonectria hypovirus 3 (CHV-3)Cryphonectria hypovirus 4 (CHV-4) Host Cryphonetria parasitica Sclerotinia scleroliorum Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1)

17. Virus of Fungi Partitivirus Virion Kapsid ikosahedral Tidak beramplop Diameter 30-35 nm Simetri ikosahedral Contoh : Atkinsonella hypoxylon virus (AhV)

18. Virus of Fungi Mycoreovirus • Virion • tidak beramplop • Ikosahedral virion dengan struktur kapsid ganda • diameter 80 nm • Spesies • mycoreovirus 1: • Cryphonectria parasitica mycoreovirus-1 (CpMYRV-1) • mycoreovirus 3: • Rosellinia necatrix mycoreovirus-3 (RnMYRV-3) Cryphonectria parasiticaadalah fungi yang menyerang tanamanCastanea spp. Tetapi juga terkenal dapat merusakberbagaiQuercus spp

19. VIRUS OF YEAST

20. Virus of Yeast Virus padaragiSaccharomycescerevisiae

21. Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Saccharomyces cerevisiae disebut “killer” karena membawa ds-RNA virus yang menyebabkan mereka dapat mensekresi sejumlah toksin yang bersifat letal untuk sel tertentu Virus M1 (kategori M spesies) merupakan jenis double stranded RNA (ds-RNA) virus pada S.cerevisiae yang berukuran1.7-2.1 kbp (lebih kecil dari L spesies yang berukuran 4.5) Termasuk cytoplasmic viruslike particles (VLPs). Saccharomyces cerevisiae killer virus M1  mengkode toksin K1 dan K28 yang spesifik untuk mekanisme imunitas

22. Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Produk protein inisial dari proses translasi M ds-RNA disebut prepotoksin. Target prepotoksin adalah secretory pathway dari yeast. Prepotoksin diproses untuk menghasilkan α/β dimer yang bertindak sebagai bentuk aktif dari toksin Mekanisme Toksin K1: K1 berikatan dengan β-1,6-D-glucan receptor pada dinding sel target  masuk ke dalam sel berikatan dengan reseptor plasma membran Kre1p  Membentuk kation-selektif channel ion pada membran yang bersifat letal pada sel

23. Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Mekanisme toksin K28: K28 menggunakan reseptor α-1,6-mannoprotein untuk masuk ke dalam sel Toksin prekursor dapat diimpor ke retikulum enoplasma setelah diproses di RE, K28 pindah ke sitoplasma dan menghentikan sintesis DNA pada nukleus, meransang terjadinya apoptosis

24. Virus of Yeast SekilasMengenai “Killer Yeast” • Killer yeast = ragi (Saccharhomycescereviseae) yang membawa virus dengan RNA untaiganda. • Virus tersebutmembuatragimenghasilkansejumlah protein racun yang bersifat lethal terhadapselreseptor. • Jenisragiinibersifarimunterhadapefekracundari protein tersebutdikarenakanmempunyaikekebalanintrinsik. • Strain “Killer Yeast “ dapatmenyebabkanmasalahdalamproseskomersial membunuh strain yang diinginkanuntukditumbuhkan.

25. Virus of Yeast ContohScV-L • Double-stranded RNA sederhana • -4,8 kbp RNA (L) encapsidated in isometric • Memiliki dua jenis dsRNAs, • Yang terbesar adalah 4,9 kbp mengkode the plopeptida kapsul terbesar • Yang terkecil dsRNA (M) adalah 1,9 kbp mengkode a polipeptida yang mensekresi toxin (killer factory)

26. Virus of Yeast • Virus ini mencegah pertumbuhan dari strains yeast liar yang sensitif • Menebabkan kontaminasi dai fermentasi alkohol. • Aktivitas volatil yang tinggi, memproduksi H2S

27. Saccharomyces cerevisiae virus L-A Klasifikasi Virus : Grup: Grup III (dsRNA) Famili: TotiviridaeGenus: Totivirus Virus of Yeast Taksonomi Yeast Virus

28. Virus yang telah dijelaskan sebelumnya dinamakan sebagai Saccharomyces cereviseae virus L-A. Merupakan virus dengan RNA untai ganda dan mempunyai bentuk ikosahedral. Mempunyai sebuah segmen genomik tunggal sepanjang 4.6 kb yang mengkode protein coat utamanya: Gag (76 kDa) dan sebuah protein fusi Gag–Pol (180 kDa) dan beberapa sekuen satellite RNA untai ganda = M dsRNAs. Segmen genomiknya mengkode: a. protein coat virus b. protein yang dapat mereplikasi genom virus M dsRNAs mengkode: a. toksin protein sekresi (the Killer Toxin). b. immunitas terhadap toksin tersebut. Virus of Yeast

29. Untuk mengidentifikasi strain  Morace, Archibusacci, Sestito and Polonelli (1984) menggunakan toksin yang dihasilkan dari 25 spesies ragi untuk membedakan di antara sebanyak 112 strain patogen strains, berdasarkan sensitifitasnya terhadap tiap toksin. Untuk mengontrol pertumbuhan ragi yang tidak diinginkan Polonelli et al. (1994) menggunakan sebuah “killer yeast” untuk mengontrol pertumbuhan C. albicans. Untuk agen antifungiBeberapa eksperimen menunjukkan bahwa antibodi yang mempunyai aktivitas biologis serupa dengan “the Killer Toxins” dapat digunakan sebagai agen antifungi. Virus of Yeast Pemanfaatan “the Killer Toxins”

30. VIRUS OF PARASITIC MICROORGANISM

31. Apa itu Parasit? • Parasitadalahorganisme yang hiduppadainanguntukmemperolehnutrisitanpamemberikankeuntunganpadainangtersebut. Bahkancenderungmerugikanpadainang. • Beberapacontohparasitdiantaranyaadalah protozoa, yeast, atauorganismemultisellularlainnyaseperti fungi ataucacing.

32. Protozoa • Protozoa merupakan hewan bersel tunggal, berinti banyak dan tidak memiliki dinding sel. Ukurannya antara 3-1000 mikron dan merupakan organisme mikroskopis bersifat heterotrof. • Beberapa jenis protozoa bersifat parasit dan menyebabkan penyakit pada manusia dan hewan ternak.

33. Penemuan Viruspada Protozoa • Virus atau partikel seperti virus telah terobservasi pada beberapa protozoa, yaitu Leishmania, Entamoeba histolytica, Acanthamoeba sp., Naegleria, Plasmodium vivax, P. berghei, Paramecium aurelia, Carchesilun polypinum dan 19notocoma sabellarum. • Pada strain tertentu Paramecium aurelia ditemukan adanya fenomena ‘pembunuh’ (killer)yang berkaitan dengan keberadaan sejumlah partikel yang disebut sebagai kappa di dalam sitoplasmanya.

34. Kappa • Status biologis kappa dan partikel terkait, telah lama menjadi subjek investigasi intensif dan memunculkan banyak spekulasi. • Kappa telah diamati sebagai elemen genetika endegenous, virus, rickettsia, bakteri atau alga degenerasi. Bukti yang mendukung bermacam sudut pandang sangat sedikit dan kebanyakan tidak dapat dibuktikan. • Sonneborn (1938) menyebut partikel infeksi, innterselular parasit, menjadi manifestasi sebuah level organisasi protoseluler,yang akan menentukan perbedaannya dari tipe bakteri.

35. Membedakannya.. • Ukuran, sensitivitas pada antibotik, reproduksi dengan pembelahan transverse dan keberadaan DNA dan RNA pada partikel yang sama akan menjadikan mereka seperti rickettsia atau bakteri. • Sebaliknya, ketiadaan atau sedikitnya enzim dan kegagalan pertumbuhan ekstraseluler akan membuat mereka seperti virus. Konsentrasi DNA dan RNA pada Kappa dan partikel lambda sangat mirip dan tidak dapat membedakan partikel ini dari bakteri.

36. Keberadaankappa bergantung kepada gen kromosomal dominan K. Beberapa peneliti, seperti T.M. Sonneborn, mengamati bahwa sel P. aurelia yang mengandung partikel-partikel kappa akan menghasilkan senyawa beracun yang dapat mematikan strain-strain protozoa lainnya yang ada di sekitarnya. Senyawa beracun ini selanjutnya disebut sebagai paramesin, sedangkan partikel-partikel kappa ternyata merupakan bakteri simbionyang kemudian dikenal dengan nama Caedobacter taeniospiralis, yang artinya bakteri pembunuh berbentuk pita spiral.

37. Kelas Kappa pada Paramecium

38. Virus Taxonomy

39. 00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1 . Nama, Sinonim dan Silsilah Sinonim: Leishmania RNA virus-1. ICTV memberi akronim LRV1-1. Termasuk tipe spesies genus Leishmaniavirus, famili 00.075.Totiviridae ICTVdB Virus Code: 00.075.0.03.001. nomor assesi Virus : 75003001. kode Obsolete virus: 75.0.3.0.001; nomor assesi superced: 75030001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 58103.

40. Sifat Virion Leishmania brasiliensis virus 1-1 • Morfologi Virion memiliki capsid tanpa amplop, melingkar dengan icosahedral simetri. Isometric capsid berdiameter 33 nm. • Asam Nukleat Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 5284 nukleotida. accession number [M92355].5'-end genom tidak memiliki cap (penutup). • Protein Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

41. Sifat Biologi Leishmania brasiliensis virus 1-1 Inang Alami • DomainDomain Eucarya. • Domain EucaryaProtoctistae.

42. Giardia lamblia Giardia lamblia adalah protozoa penyebab giardiasis, mengganggu pencernaan, dengan berdiam di usus. Menginfeksi dengan membentuk cyst pada saluran pencernaan dan menyebabkan diare dan infeksi usus.

43. 00.075.0.02.001. Giardialamblia virus Nama, Sinonim dan Silsilah ICTV memberi akronim: GLV. tipe genus 00.075.0.02.Giardiavirus; family 00.075.Totiviridae. CTVdB Virus Code: 00.075.0.02.001. Virus accession number: 75002001. Obsolete virus code: 75.0.2.0.001; superceded accession number: 75020001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 29255.

44. Sifat VirionGiardialamblia virus • Morfologi Terdiri atas capsid tanpa amplop, membulat dengan icosahedral simetri, isometric capsid berdiameter 36 nm. • Asam Nukleat Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 7000 nukleotida. 5'-end genom tidak memiliki cap (penutup). accession number [L13218]. • Proteins Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

45. Sifat BiologisGiardialamblia virus Inang Alami • DomainDomain Eucarya. • Domain EucaryaProtoctistae.

46. Acanthamoeba polyphaga • Acanthamoebaadalah patogen pada manusia yangmenyebabkanenchephalitis fatal (infeksi otak) yang jarang terjadi dan berpotensi menyebabkan infeksi kebutaan pada kornea (keratitis) • Ditemukan (1980) amoeba dari mata yang terinfeksi, yang kemudian dihubungkan dengan trauma pada mata. • Pada pertengahan 1980 kasus terjadi pada pengguna lensa kontak, penggunannya menjadi sangat beresiko dengan 95% kasus keratitis adalah pengunannya.

47. 00.110.0.01.001.Acanthamoeba polyphaga mimivirus Nama, Sinonim, dan Silsilah Sebelumnya dikenal sebagai Misnomer bradfordcoccus, baru setelah diketahui sebagai virus. Termasuk ke dalam Mimivirus. ICTVdB Virus Code: 00.110.0.01.001. Virus accession number: 11001001. NCBI Taxonomy ID: 212035.

48. Sifat VirionAcanthamoebapolyphagamimivirus • Morfologi Virion memilikicapsid tanpa amplop,capsidberbentuk boladenganicosahedralsimetri.Isometric capsid berdiameter 300-400nm dan memiliki fibrildengan panjang80 nm. Capsid virion terusun atasmultilayer. Capsidhexagonal. Menunjukan warnagram-positivepada pewarnaan gram. • Sifat Psikokimia dan Fisika Virions memiliki buoyant density dalam CaCl sekitar1.36 g cm–3. .

49. Sifat Virion (2) Acanthamoeba polyphaga mimivirus • Asam Nukleat Genomnya tidak segmented dan memiliki molekul tunggal dsDNA sirkuler. Sequence komplit 1181404 nucleotida, dengan accession number [AY653733]yang mengkode1262 genes. • Lipid tidak ada Lipid • Karbohidrat Tidak ditemukan karbohidrat • Antigenitas Penentuan antigen dapat ditemukan pada permukaan virion yang berkoresponden pada 35 KDa polipeptida, dan dapat ditentukan dengan uji immunoblotting.

50. Sifat BiologisAcanthamoebapolyphagamimivirus • Inang Alami Domain Eucarya, Protoctista • Protoctista Divisi Amoebozoa. • Klasifikasi Inang Family Amboebidae; Acanthamoeba polyphaga.