1 / 11

Uus bakteriliik

Uus bakteriliik. “Actinobaculum massiliae”. Taavi Võsumaa, GT-II, 2004. Allikas. Journal of Clinical Microbiology “ Actinobaculum massiliae ,” a New Species Causing Chronic Urinary Tract Infection (Nov. 2002) Gilbert Greub, Didier Raoult http://jcm.asm.org/cgi/content/full/40/11/3938.

richard-gibbs
Download Presentation

Uus bakteriliik

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Uus bakteriliik “Actinobaculum massiliae” Taavi Võsumaa, GT-II, 2004

  2. Allikas Journal of Clinical Microbiology • “Actinobaculum massiliae,” a New Species Causing Chronic Urinary Tract Infection (Nov. 2002) • Gilbert Greub, Didier Raoult • http://jcm.asm.org/cgi/content/full/40/11/3938

  3. Perekonna ajalugu • Actinobaculum suis, mida algselt nimetati Eubacteriumsuis’ks, klassifitseeriti 1992 ümber Actinomycessuis’ks. 1997 pakkus Lawson et al. välja uue perekonna – Actinobaculum, kuhu hakkasid kuuluma A. suis ja A. schaalii; nüüd ka A. massiliae.

  4. Avastamine I • Uus Actinobaculumi liik isoleeriti korduva põiepõletikuga kõrgealise naise uriinist. • Kuuluvusele Actinobaculumi perekonda viitas fenotüübiline ning patoloogiline sarnasus A. suis’i ning A. schaalii’ga, mis põhjustavad tsüstiiti, aborti ning kroonilist püeliiti, nakatades erituselundkonda. • Kuuluvust kinnitas 16S rRNA 95% homoloogia A.suis’ga, 93% homoloogia A.schaalii’ga, mis koos geno- ja fenotüübilise sarnasusega viitab Actinobaculumi perekonnale, kuid samas eraldab perekonna teistest liikidest.

  5. Isoleerimine • Bakter isoleeriti inokuleerides 10 mikronit keskvoolu uriini lamba vere agarile. • Inkubeeriti 72 tundi 5% CO2 atmosfääris 37 kraadi Celsiuse juures. • 5 päeva möödudes olid ilmnenud kaht erinevat kolooniatüüpi väiksed hallikad kolooniad.

  6. Analüüs • Kasvutingimusi ja koloonia morfoloogiat uuriti Columbia lamba vere agaril ja shokolaadi agaril, eelpool mainitud tingimustes. • Lisaks katsetati kasvu anaeroobsetes tingimustes lamba vere agaril; anaeroobsust kontrolliti AnaerIndicator’i ribaga. • Liikuvust uuriti ripp-tilga meetodil. • Oksidaasne ja katalaasne aktiivsus tuvastati tavaprotseduuridega.

  7. Analüüs II • Ülejäänuteks biokeemilisteks testideks kasutati tööstuslikke süsteeme: API 20Strep ja Api Coryone. • Rakukesta rasvhappelist koostis analüüsiti gaasikromatograafia abil. • DNA FastDNA kiti ja FastPrep “jahvataja” abil. • DNA amplifitseeriti Taq polümeraasi ja primerite fD1 ja rP2 abil. Tulemust kontrolliti geelelektroforeesiga 1% agaroosi geelil, värvituna etiidium bromiidiga. • DNA puhastamine ja sekveneerimine samuti kittidega.

  8. Bakteri omadused • Kolooniad on kaht liiki, hallikad, mittehemolüütilised. • Bakter on liikumatu. • Ei ole happekindel. • Ei moodusta spoore. • Gram positiivne pulkbakter. • Fakultatiivselt anaeroobne (anaeroobsetes tingimustes kasvas aeglasemalt) • Katalaas puudub. • Ei hüdrolüüsi eskuliini ega zhelatiini.

  9. Bakteri omadused II • Metaboliseerib glükoosi, maltoosi, riboosi, ksüloosi, trehhaloosi ja vähesel määral raffinoosi. • Ei metaboliseeri mannoosi, mannitooli, sorbitooli ja amidooni (keskkond ei muutunud happelisemaks). • Ei redutseeri nitraati nitritiks. • Pürasiinamidaasne ja glükosidaasne aktiivsus. • Inaktiivsused: aluseline fosfataas, B-glükuronidaas, B-galaktosidaas, N-Ac-B-Glükoosamidaas, ureaas, arginiini dihüdrolaas, leutsiini arüülamidaas.

  10. Bakteri omadused III • Bakteri rakk sisaldas 41,5% C16:0; 24,2% C18:1 9Z; ning 8,7% C18:0 rasvhappeid.

  11. Nimetamine • Nimi A. Massiliae tuleneb vanast Kreekas ja Roomas kasutatavast kohanimest Massilia – tänapäeva Marsielles, kus bakter eraldati.

More Related