TALLER 1 INTRODUCCION AL MOE

1. TALLER 1INTRODUCCION AL MOE Bioinformática Estructural TALLER DE SIMULACIONES BIOMOLECULARES 2012

2. SOBRE LA MAQUINA VIRTUAL (VM) • En escritorio Windows: Icono Wmware Player • Ubicarse en disco local (E:) E:|wmware|suse|suse|suse. Se despliega el escritorio de la VM. • Para entrar en la VM: Ctrl+G o click en el cuadro de la máquina. • Para salir de la VM: Ctrl+Alt • Recomendación: no maximizar la ventana de MOE. De lo contrario tendrás que entrar y salir permanentemente de la VM. Bioinformática Estructural

3. MOE WINDOW - versión 2009.10 • Existen algunas diferencias entre versiones pero las funciones son las mismas. Bioinformática Estructural

4. SOBRE “TALLER.1.2.3.MOE Intro_2006.pptx” CONVENCIONES UTILIZADAS • MOE| MOE mainwindow • DBV| DatabaseViewer • SE| Sequence Editor • RHS| RightHandSideButton Bar • svl>Línea de comandos SVL (Scientific Vector Language) Bioinformática Estructural

5. Conviene definir el directorio de trabajo (se cambia con Set CWD) para no tener que recorrer el sistema de archivos cada vez. • Para crear un nuevo directorio mientras se guarda un archivo usar el botón MkDir. MOE|File|Save|MkDir|nombrar nuevo directorio. De vuelta en el cuadro de diálogo save: Set CWD (CurrentWorkingDirectory) • Todo lo que se haga de ahora en más quedará en el nuevo directorio. • Cuidado: Las modificaciones en la bases de datos se guardan simultáneamente en el disco. No hay UNDO. Bioinformática Estructural

6. EJERCICIO 1: Construir moléculas y salvarlas como *.moe y como *.dbv • De la ventana de MOE abrir el BUILDER. • Dibujar la siguiente molécula: • Dibujar primero el anillo aromático central y agregar luego los átomos o grupos unidos a él. Bioinformática Estructural

7. Salvarlo como molecula1.moe MOE|File|Save| guardar con el nombre molecula1.moe. Si no cambié el directorio de trabajo lo tengo que buscar. • Save: Molecule • Format: MOE MoleculeFile • AutomaticExtension • Save • Cerrar. MOE|Close • Volver a abrirlo. MOE|File|Open|molecula1.moe Bioinformática Estructural

8. Manipular el gráfico • Girar, hacer Zoom, Seleccionar/deseleccionar. • MOE|Render|Atoms (MOE|Render) seleccionar tipo de representación (line, stick, ball & line, ball & stick, spacefilling), color, etiquetas. • Seleccionar un átomo y luego: MOE|Selection|Extend| o alternativamente (MOE|RHS|Extend). Ver opciones. • Con un grupo de átomos seleccionado: MOE|Render|Atoms|Stick (MOE|Render|Stick) • Doble click en un átomo: abre ”Atom Manager” Bioinformática Estructural

9. Guardarlo en una base de datos “molec.mdb” • MOE|File|New|Database • Asignar el nombre de la base: molec.mdb • En Field: • Type: molecule - Name: mol • Type: int - Name: num.molec. • OK Se despliega el DBV • DBV|Edit|New|Entry (DBV|Entry|AddEntry) • Al dar OK aparece una nueva entrada y se incluye en el campo “mol” lo que esté en la pantalla MOE. • Click en la celda a llenar o modificar habilita a escribir el contenido en la linea superior (1). Bioinformática Estructural

10. Modificar la base de datos generada • DBV|Edit|New|Field (DBV|Field|Create) • Type: char – Name: nombre.molec – Value: molecula1 • OK • Pasar la molecula a MOE • MOE|Close • DBV|Click-derecho-en-la-molecula|Send-to-MOE (copy-to-MOE) • Modificarla y ponerla como nueva entrada • MOE| modificar la molecula con BUILDER • DBV| agregar nueva entrada y luego: Click-derecho-en-campo-mol|Copy-from-MOE Bioinformática Estructural

11. EJERCICIO 2: Visualizar y manipular proteínas. Usar el e investigar el SE. • Abrir un archivo *.pdb de muestra MOE|File|Open|pull-down-menu$MOE/sample/mol/ • Seleccionar una proteína cualquiera (.pdb). • Manipular el gráfico con el mouse. Seleccionar átomos y residuos. Extender. Invertir. Mostrar hélices-a y hojas-b con: MOE|Render|Ribbon (Render|Backbone|Cartoon). • Abrir el SE y sincronizar con MOE Window: MOE (o SE)|Selection|Synchronize. • Seleccionar algunos aminoácidos. Utilizar los menúesDisplay, Measure y Select. Bioinformática Estructural