Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

1. Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh

2. Disposition • Baggrund for projekt • Indsamling af data • Hvordan er test foregået • Resultater • Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser • Effekt i avlsværdivurdering • Hvordan følger vi op

3. Baggrund for delprojektet • Udvikling af ny SNP baseret forældreskabstest • Billigere end nuværende microsatellit-metode • Genbestemmelse af fejlrate i afstamningen hos dansk malkekvæg • I forbindelse med udvikling CVM-testen blev der estimeret en fejlrate mellem far og afkom på 3,8 % hos Holstein • Undersøge sammenhænge mellem fejlrate og forskellige besætningsfaktorer

4. Data • Øreklipprøver indsamlet i 2008 • 1230 kalve og 1184 køer i 54 besætninger • Tvillinger, koen kunne ikke findes mm. • Data fra 3 besætninger gik tabt under oprensning af DNA (74 ko-kalv par) • Manglende DNA på mor/far for dårlig/lidt DNA • 996 kombinationer af kalv-ko-tyr testet

5. Test af øreklip-DNA • Alle dyr er testet med den nyudviklede metode (VeraCode) • DNA-mængde og kvalitet var ikke altid tilstrækkelig til VeraCode-metoden • Øreklipene, som metoden var testet på inden dette projekt, indeholdt mere DNA-meteriale • SNPs udvalgt så test skulle kunne anvendes på tværs af racer (kød og malkekvæg) • For få informativeSNPs inden for race, når en del SNPs samtidig udgik på grund af dårlig DNA-kvalitet

6. Testresultater VeraCode

7. Test af øreklip-DNA Resultat af VeraCode Udvalgt til microsatellit

8. Test af øreklip-DNA • Ekstra blodprøve er indsamlet fra 10 kalve og deres mødre, for at verificere at den afviste afstamning på basis af øreklipprøven er korrekt afvist • Kontrol af prøveudtagningen i første runde • Mødre med microsatellit-test er sammenhold MF • Finder vi omtrent samme resultater?

9. Resultater

10. Hvor opstår fejlene • Da ikke alle dyr er testet med en sikker metode, er det svært at påvise sammenhænge mellem fejlrate og besætningsfaktorer • Meget forskelligt fra besætning til besætning hvor mange dyr, som er testet med microsatelliter • Der er alligevel nogle ting, som står klart på baggrund af de resultater, vi har til rådighed

11. Hvor opstår fejlene • Ca. 2/3 af de fundne fejl skyldes fejlmatch mellem ko og kalv • Obs! Undersøgelsen er foretaget i store besætninger, hvor denne type fejl muligvis er hyppigere • Fejlmatch af ko og kalv tæller ”dobbelt” • En Ko-fejl kommer sjældent alene… • Svag tendens til, at besætninger med fælles- kælvningsboks har en højere fejlrate • Men også mange ko-kalv fejl i besætnigner med enkelt-kælvningsbokse

12. Hvor opstår KO-KALV fejlene • I 19 af de 50 undersøgte besætninger er der ikke fundet tilfælde af fejlmatch mellem ko og kalv • I de resterende 31 besætninger har der i gennemsnit ved de testede dyr været 1 fejl for ca. hver 11. kviekalv • For hver 22 fødte kalve sker der én ombytning

13. Tyrfejl • Kun ca. 1/3 af de fundne fejl skyldes alene fejl mellem tyr og kalv • Oftest vil kalven også optræde med forkert far, hvis mor er forkert • 1/3 af de fundne fejl mellem tyr og kalv er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør • Kun 1/9 af de undersøgte kalvene er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør • højere fejlrate hos ejerinseminører

14. Niveau i andre lande * Fejlrate i 5 afkomsgrupper af Angeltyre

15. Effekt i avlsværdiberegningerne

16. Effekt i avlsværdiberegningerne 2 1 3 4

17. Effekt i avlsværdiberegningerne 1 2 4 3

18. Effekt i avlsværdiberegningerne 1 2 3 4

19. Effekt i avlsværdiberegningerne • Endvidere bliver estimater for fx heritabilitet mindre, hvis der er fejl i afstamning (Van Vleck (1970) ) hvor p = andelen af korrekt identificerede afkom • USA: 11 % af døtre fik påsat ny far tilfældigt • lavere trend i forhold til rutine avlsværdivurdering (Banos et al. 2001)

20. Effekt i avlsværdiberegningerne • Eksempel: Arvbarhed 0,30 Antal døtre 100 • Ingen fejl i afst: Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,89 • 10 % fejl I afstamning  h2= (1-0,10)2*0,30 Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,87 • Reduktion i avlsfremgang ~ 1-1,5%

21. Konklusion – udvikling af ny test • VeraCode-metoden er billigere og arbejdsmæssigt nemmere at gennemføre end microsatellit-metoden • VeraCode-metoden er ikke velegnet på små øreklip • Metoden er velegnet til blod- og sædprøver • VeraCode-metoden er allerede overhalet af nye metoder • Stor udvikling inden for området bl.a. pga. genomisk selektion

22. Konklusion – Fejlrate og besætningsfaktorer • Fejlraten er højere end forventet • Specielt flere fejl mellem ko og kalv end forventet • Der er for mange fejl • Lavere sikkerhed på avlsværdivurdering • Para TB – sanering? • Salg af levedyr – eksport • Bekendtgørelse om mærkning, registrering og flytning af kvæg, svin, får eller geder §17 stk. 3 4) ”Moders CKR-nummer. I tilfælde af embryotransplantation indberettes både donor- og recipientmoder”

23. Hvordan forholder vi os fremadrettet • På lang sigt: • Forældreskabstest tænkes ind i nye projekter • Genomisk selektion - Storskalaindsamling af DNA • På kort sigt: • Information om resultater • Hvad er det der skal speciel fokus på – registrering af kalvens mor • Rutiner

24. Standard Operationel Procedures

25. Anerkendelse Det Europæiske Fællesskab og Fødevareministeriet ved Direktoratet for FødevareErhverv har deltaget i finansieringen af denne aktivitet. DNA-ordog

26. Spørgsmål?