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Anotação reversa de um transcriptoma

Anotação reversa de um transcriptoma. Bases de dados secundárias: COG@NCBI, KOG@NCBI KO@KEGG UniRef50@UniProt, GOA@UniProt RefSeq@NCBI, GENE@NCBI BioCarta@CGAP Grupos de ortólogos, nomes e categorias editadas Mineração e seleção de candidatos a seqüenciamento Play query play subject.

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Anotação reversa de um transcriptoma

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Presentation Transcript

  1. Anotação reversa de um transcriptoma • Bases de dados secundárias: • COG@NCBI, KOG@NCBI • KO@KEGG • UniRef50@UniProt, GOA@UniProt • RefSeq@NCBI, GENE@NCBI • BioCarta@CGAP • Grupos de ortólogos, nomes e categorias editadas • Mineração e seleção de candidatos a seqüenciamento • Play queryplay subject

  2. Schistosoma mansoni • Distante de outros organismos modelo (MO) • Pode ser anotado “reversamente”? • C. elegans • D. melanogaster • H. sapiens • A. thaliana (pq não?)

  3. pUC18 proteina virtual

  4. MO compõem bases secundáriasseriam suficientes? Hits NOT S. mansoni Hits MO

  5. BLAST contra MO ou nr-NCBImuito similar (principalmente >100)

  6. clone Programa de seqüenciamento completo Codon Balance suporta a seleção de clones completos Proteína MO EST Saldo de Códons Positivo tBLASTn: (subjinit / 3) – queryinit

  7. GenBank S. mansoni - ribosomo MGNOME Complete CDS program ONSA SmAE comprising entire coding region 39 14 28 13

  8. pUC18 proteina virtual Ferramenta PCT

  9. Protein Classification Tool @biodados

  10. Choose bases and check against “nr”

  11. Returns identification plus category

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