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Modelagem por Homologia

Modelagem por Homologia. BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK. Modeller Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço. Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia.

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Modelagem por Homologia

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  1. Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  2. Modeller • Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço. • Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia. • Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio. http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  3. MODELLER ALIGN2D.top • Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula) • Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top MODEL.top • Outras facilidades • Loops modeling. • M.D., Energy minimization and simulated annealing. • Models with H2O and HETATM. • Etc.... MODEL.top model.pdb http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  4. Modelagem por homologia usando MODELLER • MODELLER 6v2 • Arquivos necessários: ALIGN2D.top MODEL.top Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali • Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII • Using SSH Client shell • Host name:ganso username: guest0? password: smscg http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  5. Sequence file SEQ.txt http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  6. Psi-Blast result in users 1-3 http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  7. ALIGN2D.top file in 1-3 http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  8. Alinhando a sequência alvo com nossa sequência Arquivo: ALIGN2D.top Time exec. ~1 min. • Running ALIGN2D.top $rsh node ? $cd modeller $mod6v2 ALIGN2D.top • View alignment file file.ali $exit $pico file.ali http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  9. MODEL.top file in 1-3 http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  10. Construção do modeloArquivo: MODEL.top (Time exec. ~5 min.) • Running MODEL.top $rsh node? $cd modeller $mod6v2 MODEL.top • View log file MODEL.log $exit $pico MODEL.log http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  11. Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log(Avaliação Interna) • O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function • Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  12. Selecionando o melhor modelo http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

  13. Avaliação do modelo com PROCHECK e SMSAvaliação Externa • Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot • Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution) • Transferir os arquivos .ps files e visualizar com GSview • Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screen • Launch Java Protein Dossier: http://bsgi.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/ http://www.cbi.cnpia.embrapa.br

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