1ª. AULA PRÁTICA

1. 1ª. AULA PRÁTICA

2. I- Análise univariada • Considere a avaliação de g acessos de uma determinada espécie, em experimento em blocos ao acaso com b repetições, em que foram mensuradas 6 características quantitativas. Grave os dados num arquivo: arq1.dat Sugestão para simulação: • Faça análise de variância e estime os parâmetros genéticos. • Compare as médias dos acessos

3. II- Diversidade Genética – Características de Distribuição Contínua • Considere a avaliação de g acesso de uma determinada espécie em relação a 6 características quantitativas, cujos dados encontram-se no arquivo arq1.dat. • Faça estudo da diversidade genética por meio dos métodos de agrupamento usando como medida de dissimilaridade a distância Euclidiana média padronizada e de Mahalanobis. Calcule a correlação entre as duas medidas. • Faça a análise de agrupamento por meio de três métodos hierárquicos. Compare os resultados e comente sobre cada método. • Faça a análise de agrupamento por meio do método de Tocher. Utilize a técnica da função discriminante para avaliar a eficácia do padrão de agrupamento obtido. • Faça a análise da diversidade por meio das técnicas dos componentes principais e da projeção das distâncias (no plano ou no espaço). Compare e discuta os resultados. • Faça estudo da diversidade genética pelos métodos dos componentes principais e variáveis canônicas. Discuta e compare os resultados. • Faça estudo da importância das características adotando como critério a estatística Sj de Singh e os coeficientes obtidos pela técnica das variáveis canônicas. Verifique em qual situação há alteração no padrão de agrupamento e discuta os resultados.

4. III- Diversidade Genética – Características de Distribuição Discreta • Considere a avaliação de g acesso de uma determinada espécie em relação a 6 características quantitativas, cujos dados encontram-se no arquivo arq1a.dat. Obtenha o arquivo de médias (arq1med.dat) e faça a transformação das variáveis quantitativas em qualitativas (use 4 classes) e grave o nome conjunto de dados no arquivo arq2.dat . • Faça estudo da diversidade genética por meio dos métodos de agrupamento usando como medida de dissimilaridade o complemento da coincidência simples. • Faça a análise de agrupamento por meio de três métodos hierárquicos. Compare os resultados e comente sobre cada método. • Faça a análise de agrupamento por meio do método de Tocher. • Faça a análise da diversidade por da projeção das distâncias (no plano ou no espaço). Compare e discuta os resultados. • Estime a correlação entre as matrizes de distância obtidas com o uso de variáveis quantitativas e de variáveis qualitativas

5. IV- Análise Discriminante • Considere a avaliação de 8 populações, com 100 indivíduos cada, em relação a 5 características quantitativas, cujos dados deverão ser simulados. • Faça estudo da análise discriminante pelos métodos dos componentes principais, função discriminante de Anderson e função discriminante de Fisher.

6. V- Coleção Nuclear • Considere os dados de acessos de um banco de germoplasma em que foram mensurados 10 descritores. • Qual o tamanho mínimo (n) da população para representar a média e a variância da variável 2? • Certifique-se de que, com este tamanho mínimo, a distribuição dos dados da amostra e do banco de germoplasma são equivalentes. • Calcule a distância euclidiana média entre os acessos • Calcule a diversidade retida entre os acessos n acessos selecionados. • Calcule a diversidade retida entre n acessos tomados aleatoriamente • Calcule a diversidade retida entre n acessos mais divergentes na população