1 / 9

SSR

SSR. (ang. simple sequence repeats) Mikrosatelitarny polimorfizm krótkich tandemowych powtórzeń. SSR.

tyler
Download Presentation

SSR

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. SSR (ang. simple sequence repeats) Mikrosatelitarny polimorfizm krótkich tandemowych powtórzeń

  2. SSR opiera się na analizie sekwencji mikrosatelitarnych DNA, składających się z powtarzalnego motywu długości 1–4 nukleotydów. Liczba powtórzeń waha się w przedziale 10–50 i może być zmienna w obrębie osobników tego samego gatunku

  3. SSR Dla genomu roślinnego najbardziej charakterystycznym powtórzeniem jest dwunukleotyd (AT)n oraz trójnukleotyd (TAT)n (MORGANTE i współaut. 2002).

  4. SSR Aby dokonać analizy sekwencji za pomocą systemu SSR stosuje się biblioteki genomowe, z których, przy użyciu sondy mikrosatelitarnej, selekcjonuje się klony zawierające komplementarne loci.

  5. SSR Wyselekcjonowane klony poddaje się sekwencjonowaniu, by na ich bazie zaprojektować startery dla amplifikacji DNA. Przy projektowaniu starterów korzysta się również z baz danych sekwencyjnych znaczników ekspresji EST (ang. expressed sequence tags) lub sekwencji spokrewnionych gatunków.

  6. SSR W zależności od liczby powtórzeń elementu podstawowego na żelu poliakrylamidowym uzyskuje się produkty o różnej długości.

  7. SSR . Zaletą systemu markerowego SSR jest wysoka częstotliwość identyfikacji polimorficznych sekwencji, wynikająca ze zmiennej liczby powtórzeń motywu nukleotydowego, a także możliwość oceny homo- lub heterozygotyczności analizowanego osobnika na podstawie profilu genetycznego.

More Related