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COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?

COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?. NOTRE CONTEXTE. La maladie: fibrose kystique , delF508 du gène CFTR. La technologie employée: microarray de type Affymetrix, 54 000 données numeriques /condition.

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COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?

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Presentation Transcript

  1. COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?

  2. NOTRE CONTEXTE • La maladie: fibrose kystique , delF508 du gène CFTR. • La technologie employée: microarray de type Affymetrix, 54 000 données numeriques /condition. • La problématique: mieux comprendre la maladie en optimisant l'information issue d'une experience de microarray.

  3. Pour faire cela, quels sont les problèmes à gérer ? • les problémes liés à la technologie: hybridation non spécifique. • les problèmes propres à la méthodologie statistique: gestion des Faux Positifs et des Faux Négatifs, niveau de tolerance accept/e • les problèmes liés à la qualité et la quantité des annotations. • le problèmes liées à l'interprétation des résultats.

  4. Une solution simple au problème simple... • problème de l'hybridation non spécifique peut être facilement vérifiable: analyse des multiprobesets (IGB), PCR. • problème de la méthodologie statistique peut-être controlée, en fonction des besoins du chercheurs, et pour l'usage de correctif. Neanmoins, cette étape reste delicate, mais on peut arriver à un consensus!!!

  5. La solution développée pour problème plus complexe : • Problème des annotations: 1. Patience: attendre que les gènes soient annotés. Nécéssité : sauvegarde, gestion des données, mise à jour. 2. Croiser les informations issues de plusieurs bases de données, pour obtenir des informations cohérentes , assurer la validité du data-mining.

  6. Solution développée pour problème plus complexe : • Problème de l’interprétation des résultats: 1.“Est-ce que le gene qui est différentiellement exprimé est spécifiquement modulé par la condition expérimentale que l’on étudie (la mutation CFTR) ou pour une autre raison?”

  7. 2. comment relier un ensemble de DEG à une question biologique? Approche naïve: nDEG = DEG(specif.tissue)+DEG(specif.organisme)+.... +DEG(specif.mutation) nDEG = DEG(non specifique )+...+ DEG(specif.mutation) donc : DEG(specif.mutation) = nDEG – DEG(non specifique)

  8. COMPARAISON D’EXPERIENCE • CF/NO-CF: Berthiaume (humain, cellules transformées, delF508, HAE, n= 3)) Wright(humain, cellules primaires nasales, delF508, n = 23) Zabner (humain , cellules primaires pulmonaires, delf508, n = 10) Radzioch (souris, knock out, poumons) Xu ( souris , knock out ) Norkina-Kaur( humain, petit intestin) • Stress oxidatif: nuli DMNQ versus ATII TNF • Transport CFTR CUFI/NULI versus CF/CF avec phenylbutyrate.

  9. LE PROJET D’AMELIE • 3 questions : 1.Comparaison de trois sources d’annotation. 2.Comparaison d’experiences intra-espèces. 3.Comparaison d’experiences inter-espèces.

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