1 / 21

Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer)

Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer). A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban. Illeszkedés típusai. térbeli szoros illeszkedés elektrosztatikus maximális vonzás hidrofób hidrofób hidratáció elkerülése: apoláris kontaktusok maximalizálása

ulema
Download Presentation

Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) • A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban

  2. Illeszkedés típusai • térbeliszoros illeszkedés • elektrosztatikusmaximális vonzás • hidrofóbhidrofób hidratáció elkerülése: apoláris kontaktusok maximalizálása • G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph.7, 76 (1989).

  3. Térbeli illeszkedés • nemkötő atomok nem kerülhetnek túl közel egymáshoz • magyarázat • törzs-törzs taszítás minimalizálása

  4. Térbeli illeszkedés • Maximális térkitöltés • magyarázatok • a) erősebb diszperziós kölcsönhatások a kompakt gazdamolekulával • P.A. Kollman in: X-Ray Crystallography and Drug Action, eds. A.S. Horn, C.J. De Ranter, Clarendon, Oxford, 1984, p. 63. • b) makromolekuláris zsúfoltság (entrópia effektus) • S.B. Zimmerman, A.P. Minton, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 27 (1993).

  5. Reverz transzkriptáz • DNS és HIV RNS fragmensek kötődése

  6. Indukált illeszkedés • kis peptidek kötődése a prolil oligopeptidáz üregében

  7. Indukált illeszkedés • Szubsztrát kötődése hatására • a bemeneti csatorna kinyílik • V. Fülöp, Z. Böcskei, L. Polgár, Cell94, 161 (1998).

  8. Farmakofór modell (indol-/ benzimidazol-karboxamid)

  9. Elektrosztatikus illeszkedés • elektrosztatikus vonzás maximalizálása a vendég és a gazda között • magyarázat • a vendég-gazda kölcsönhatást ionos és hidrogénhíd-kötések determinálják

  10. Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez • Modellezés lépései: • fehérjeszerkezet homológia modellezéssel • szubsztrátok illesztése • kötődés elemzése • validálás: enzimszerkezet meghatározása röntgen-diffrakcióval

  11. Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez • Z-Arg-Arg jobban kötődik mint Z-Arg • (Z=benziloximino-karbonil)

  12. Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez nagy negatív potenciál az aktív helyen piros: negatív, kék: pozitív elektrosztatikus potenciál T. Gérczei, G.M. Keserű, G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. Mod.18, 7 (2000).

  13. Hidrofób illeszkedés • a lehető legtöbb apoláris kontaktus a vendég és a gazda között • magyarázat: • előnytelen hidratáció elkerülése • (entrópia-effektus)

  14. Ligandumkötés kalmodulinhoz • ionos és apoláris kötések kombinációja

  15. Arilalkilamin kötődése kalmodulinhoz • V. Harmat, Z. Böcskei, G. Náray-Szabó, I. Bata, A.S. Csutor, I. Hermecz, P. Arányi, B. Szabó, K. Liliom, B.G. Vértessy, J. Ovádi, • J. Mol. Biol.297, 747 (2000).

  16. Hasonlóság • hasonló molekulák - hasonló kötődés • hipotézis: • hasonló molekulák hasonló fiziológiai tulajdonságokkal bírnak

  17. Térbeli hasonlóság • módosítható prototípus szerkezet

  18. Térbeli hasonlóság Jól meghatározott farmakofór, melyet a prolil oligopeptidáz inhibitorok egymásra helyezésével szerkesztettünk meg. ÁTVIHETŐ KÖTÉSI MÓDUS

  19. Elektrosztatikus hasonlóság • comparative molecular field analysis (CoMFA) citokróm P4502A5kumarin szubsztrátjai és inhibitorai esetében • A. Poso, R. Juvonen, J. Gynther, Quant. Struct.-Act. Relat.14, 507 (1995).

  20. Hidrofób hasonlóság • Arilalkilamin és peptid oldallánc kötődése kalmodulinhoz • gyenge kötődés • rosszul definiálható farmakofór • hasonlóság jelentése korlátozott

  21. Rosszul definiált farmakofór • nem alkalmas molekulatervezésre • V. Harmat et al., J. Mol. Biol.297, 747 (2000).

More Related