Gérer ses références bibliographiques avec Zotero Christine Silvy ( INRA, Montpellier)

1. Gérer ses références bibliographiques avec Zotero Christine Silvy (INRA, Montpellier) Christiane Roure(SupAgro) Formation organisée par le réseau CNRS Doccitanist le 8/11/2011 à Montpellier

2. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Les logiciels libres de bibliographie • Logiciel de gestion bibliographique (liste de logiciels libres) http://fr.wikipedia.org/wiki/Logiciel_de_gestion_bibliographique [Bibus (www.bibus.fr), Zotero, CiteULike (www.citeulike.org), Connotea (www.connotea.org), Mendeley (www.mendeley.com), Wikindx (wikindx.sourceforge.net), Wizfolio (www.wizfolio.com) …] • Les logiciels libres de gestion bibliographique http://www.projet-plume.org/fr/ressource/zoom-sur-la-gestion-de-references-bibliographiques-dans-plume Site de la journée du 20 mars 2009 « Gérez vos références bibliographiques avec des logiciels libres » http://www.projet-plume.org/fr/ressource/journee-plume-biblio-2009

3. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Zotero version 2.1.10 (sept. 2011) • Support adapté à la version 2 de Zoteroqui apporte des nouveautés (/version 1) • Synchronisation • Groupes • Partage de références • Notes formatées • Détection automatique des métadonnées PDF etc.

4. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 ZoteroPrésentation générale • Créé fin 2006 • Projet du Center for history and New Media (University georges Mason, Virginia USA) http://chnm.gmu.edu/ • Fonds de plusieurs institutions et fondations Unitive States Institute of Museum and Library Services (IMLS) http://www.imls.gov/ Andrew W. Mellon Foundation http://www.mellon.org • Ethymologie : vient du verbe albanais zöteroj =« master, acquire » « apprendre »

5. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 ZoteroLogiciel libre de bibliographie • Extension du navigateur Firefox (> version 2) • Extension de firefox, mais données stockées indépendamment • Multi-plateformes (Linux, Mac, Windows) • Captures de pages web • Orientation hypermédia (vidéos, images, pages html, billets de blogs) • Possibilité d’annoter les références • Multilingue dès le départ (dont le français) • Utilisation individuelle et/ou collective • Avec la v2, synchronisation, collaboration, partage de données etc. • Fort dynamisme de développement • Version 3 Beta (Firefox et Standalone)

6. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 ZoteroLogiciel libre de bibliographie • à télécharger à partir du site de Zotero http://www.zotero.org • Guide de démarrage rapide en français • Support (aide, documentation : nombreuses rubriques en français) • Forums (par thèmes) • Blog francophone (http://zotero.hypotheses.org) • Groups • People (communauté Zotero)

7. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Zotero Installation Gérer sa bibliographie Partager ses données

8. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Zotero Installation • Installer firefox (< v. 4 si on ne veut pas la version Standalone) • Aller sur le site de Zotero http://www.zotero.org • Télécharger la version 2.1.10 (au 04/09/11) • Si firefox bloque l’installation, cliquer sur Autoriser • Redémarrer Firefox • Une fois le logiciel téléchargé, l’icône Zotero apparaît en bas à droite de l’écran du navigateur internet Firefox • Emplacement de Zotero: C:\Documents and Settings\Nom\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles Toutes les données sont stockées dans un répertoire en local (on peut changer cet emplacement, voir diapo 25 Préférences)

9. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Clic sur le logo Zotero Fenêtre partagée avec Firefox Page du navigateur Firefox Logiciel Zotero

10. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Terminologie de Zotero • Ma bibliothèque : ensemble des références de toutes les collections ou isolées • Collections : dossiers thématiques contenant les références • Marqueurs : mots-clés • Créateur : auteur (sauf pour la saisie = auteur) • Très important : la logique Bibliothèque/Collections (très différent de Endnote)

11. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Interface Zotero Les collections La liste des références Une référence Les marqueurs ou mots clés

12. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Interface : colonne de gauchevoir aussi « Organiser sa bibliothèque et ses collections »(Diapo 38) • Contient par défaut « Ma bibliothèque » (toutes les réfs des collections + les réfs qui ne sont pas classées dans une collection particulière) • Collections : dossiers créés par l'utilisateur; on peut créer des sous-collections • Pour savoir combien de réfs dans une collection : se positionner dans la colonne du milieu, faire ctrl-a, le nombre de réfs s'affiche dans la colonne de droite

13. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Interface : colonne du milieu • Affiche les références contenues dans la collection en cours d’utilisation • Pour afficher + de champs : cliquer sur icône « grille » (à droite du +) • Pour changer ordre d'affichage des champs : cliquer/glisser l'intitulé du champ • Tri alphabétique en cliquant sur chaque intitulé de champ • Le « + » à droite du nom des champs = tri multiple

14. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Interface : colonne de droite • Onglet Info : détail de la notice sélectionnée dans la colonne du milieu • Onglet Notes : note de lecture, annotation éventuelles (sera ajoutée comme élément fils de la notice ; ex. ajouter « très intéressant » comme note à un article) (voir détails plus loin) • Onglet Marqueurs : voir plus loin • Onglet Connexe : pour lier des réfs entre elles (ex un article et sa traduction) : clic et choisir la réf (un signe s'ajoute à côté de la réf) • Le Bouton Afficher(petite flècheau-dessus de l’onglet info)est actif quand la réf. est un site web. Un clic sur ce bouton fait apparaître la page du site dans le navigateur. • Le BoutonLocaliser, au-dessus de l’onglet Info : lien vers CrossRef et vers les moteurs ; dans les préférences de Zotero, le résolveur de lien est paramétré par défaut vers WorldCat, pour localiser le document (on peut modifier ce paramétrage vers un autre catalogue par le menu actions-> préférences, par exemple vers le SFX de l’INRA)

15. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Le menu et les icônes de Zotero(détail de chaque fonction diapos suivantes) Collections et Groupes Paramètres Affichage page web Collecte des références Icônes recherche Syncro/serveur

16. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Le menu et les icônes de Zotero(détail de chaque fonction) Ajouter nouvel élément Ajouter un élément par son identifiant Recherchesimple Nouvelle note Roue dentelée Actions (détails plus loin) Synchronisation avec serveur Zotero Recherche avancée Fermer Zotero Affichage page web Bascule Mode plein écran Créer un nvel élt à partir de la page courante Joindre/attacher (voir plus loin) Nouveau groupe Créer nouvelle collection

17. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Le menu et les icônes de Zotero :Bouton actions (roue dentelée)

18. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences de ZoteroBouton actions (suite)

19. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences : synchronisationSettings : se créer un compte (diapo 66)

20. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences : synchronisationReset : avec le serveur Zotero (diapo 67)

21. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences : Recherchetélécharger pdftotext et pdfinfo pour l’indexation des pdf

22. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences : exportationChoix du style par défaut

23. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences de Zotero : stylesOptions de citation à cocher et ajout de stylesCliquer sur install depuis le site de Zotero :Zotero Style Repository Lien vers liste de styles sur site Zotero Cliquer sur install

24. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Préférences : avancées On peut changer le répertoire des données de Zotero Worldcat par défaut Résolveur SFX de l’INRA Par défaut = worldcat

25. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Ajouter nouvel élémentmanuellement

26. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Création d’une noticeClic sur le bouton vert (nouvel élément)Choix du type de document Champs à remplir divers types de documents

27. Ajout manuel de marqueurs (mots-clés) Voir aussi Diapos 45 et 46 pour la recherche par les marqueurs Collection sélectionnée Référence sélectionnée Marqueurs de la ref. Marqueurs ajoutés (bleu) Marqueurs importés (jaune) Marqueurs sélectionnés pour cette références (tous) Possibilité de rechercher un marqueur avec le cadre (loupe) ou en cliquant sur le mot C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 29

28. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Créer un nouvel élément à partir de la page courante : copie de la page

29. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Annoter et surligner une capture de page web Fichier de stockage dans zotero Icônes d’annotation

30. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Annoter et surligner une capture de page web Réduire les annotations Ajouter un post-it à n’importe quel endroit Surligner le texte Supprimer le surlignage

31. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Capture de page couranteExemple des pdf et récupération des métadonnées • Ouvrir le pdf en pleine page, dans le navigateur et ré-ouvrir zotero à partir de cette page • Cliquer sur icône créer un nouvel élément à partir de la page courante • On a bien une nouvelle notice avec icône pdf • Clic droit et clic sur récupérer les métadonnées du pdf (une fenêtre s’affiche la 1ère fois pour installer pdftools : pdftotext version 3.02 et pdfinfo version 3.02 cf. diapo 22) • L’icône pdf devient article avec le pdf attaché • La notice complète s’affiche dans la colonne de droite • Champs non importés à vérifier: résumé, vol., pages… • Que des pdf éditeur, pas de scans

32. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Récupération des métadonnées du pdf (pdf capturé depuis le web ou glissé-déposé depuis son ordi)(récupération partielle selon les sources)

33. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Ajouter un élément par son identifiant : DOI, ISBN ou PMID Saisir le DOI ou l’ISBN Le document est chargé automatiquement dans la collection

34. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Ajouter une nouvelle note Ajout d’une note indépendante S’affiche comme une référence On peut ensuite Relier cette note à une référence par glisser/déposer On peut copier/coller du texte dans les notes Ajout d’une note liée à une référence

35. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Attacher des fichiers à une référence choix entre « lien vers un fichier » et « stocker une copie du fichier » (2e choix recommandé) Lien vers le fichier attaché sur son ordi = photo de l’écran pas un lien Le fichier attaché va être stocké dans les données de Zotero (conseillé) = lien vers l’adresse de la page web

36. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Attacher un pdf à une notice déjà existante • Ouvrir le pdf en pleine page • Se positionner sur la bonne notice • Cliquer sur l’icône trombone et sur joindre une capture de la page courante • Apparemment pas possible d’attacher un fichier à une note indépendante (menu du trombone pas actif)

37. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Organiser sa bibliothèque Bibliothèques ou collections

38. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Organiser sa bibliothèque (suite)Ma bibliothèqueclic sur l’icône pour créer une nouvelle collectionClic droit dans unecollectionpour créer une sous-collection (la nommer)Choisir sacollectionpour créer des notices ou en importerNombre de références dans sa collection : « ctrl a » affichage en colonne 3 Clic droit dans une collection : renommer ou supprimer une collection mais les références de la collection supprimée resteront dans Ma bibliothèque Si on supprime des références dans Ma bibliothèque, elles seront supprimées aussi dans la collection On peut faire glisser-déposer des notices dans une autre collection, mais elle restent dans le fichier d’origine

39. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Actions sur les références (clic droit)

40. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Générer un rapport à partir d’un élément sélectionnéClic droit sur laréférence : Générer un rapport à partir de l’élément sélectionné Tous les champs non vides de la colonne 3 figurent dans ce rapport qu’on peut enregistrer dans un fichier en tant que page html

41. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Recherche simple dans ma bibliothèque ou une collection - Recherche dans toutes les références + fichiers attachés + notes et dans tous les champs y compris les marqueurs (+ dans les pdf si sont indexés)- troncature * et opérateurs AND/ET implicites - minuscules / majuscules sans importance

42. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Recherche avancée multicritères Icône loupe

43. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Recherche avancée • clic sur l'icône loupe • Possibilité de rechercher dans les sous-collections ou non • Recherche dans tous les champs, recherches croisées + options de recherche • Possibilité d'enregistrer la recherche et de générer une bibliographie ou un rapport à partir du résultat de cette recherche • Recherche enregistrée : une nouvelle collection est créée • Elle comprend toutes les réfs correspondant au résultat de la recherche • Cette collection s'actualise au fur et à mesure (si une réf est ajoutée à ma bibliothèque et qu'elle correspond à la recherche, elle y est ajoutée) • ATTENTION : pas de ET ou de OU mais 1er menu déroulant est équivalent à : « Correspond à toutes les conditions suivantes » ou « au moins à une »

44. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Recherche par les marqueurs(ajoutés manuellement ou importés ->voir plus loin)Sélectionner un ou plusieurs marqueurs en cliquant dessus pour filtrer votre bibliothèque (ou votre collection) Marqueur sélectionné

45. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Recherche par les marqueurs Collection sélectionnée : tous les marqueurs sont affichés Seul le marqueur non grisé est actif et correspond à une référenceOn peut faire glisser une référence sur un marqueur pour que ce dernier soit ajouté à la référenceRemarque : les marqueurs bleus sont ajoutés manuellement les jaunes sont ajoutés par import depuis des Bdd

46. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Récupération de références à partir de Endnote (pb selon les versions) • Ouvrir fichier Endnote • edit -> select all -> output styles -> Endnote export File (ou RefMan (RIS) -> export -> fichier.txt • se remettre dans Zoteroicône actions (roue dentelée) -> import -> fichier .txt • Importe les références à la fois dans « ma bibliothèque » et dans une nouvelle collection appelée « import jour date année » • il faut ensuite faire glisser les réfs au bon endroit • L'import des pdf ne marche pas ! • N’importe pas tous les champs de Endnote (label, notes, DOI)… Zotero n’a pas tous les champs de Endnote et on ne peut pas en ajouter

47. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Import d’une autre collection de Zotero • Roue dentelée : import • Choix du fichier à importer • Format d’import .rdf

48. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Récupération des références depuis des base de donnéesliste des sites des bases de données compatibles avec Zoterohttp://www.zotero.org/translators/

49. C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Récupération des références depuis des bases de données • Liste des sites compatibles (possibilité d’importer des listes) et partiellement compatibles (import références par référence) http://www.zotero.org/translators • La liste ne semble pas à jour ; voir plutôt le forum correspondanthttp://forums.zotero.org/6/ • Possibilité pour les bases non compatibles : exporter en format BibTex et importer dans Zotero ou exporter vers Endnote et importer dans Zotero (On ne peut pas importer des documents word)

50. Récupération des références depuis des base de données Interrogation d’un catalogue (ex. Google scholar)Liste des références obtenues L’icône jaunes’affiche dans la barre de l’adresse du site Attention : bien se placer dans unecollection sélectionnée C. Silvy (INRA, Montpellier) C. Roure (SupAgro) Doccitanist/CNRS 08/11/2011 Liste des références