1 / 20

Bioinformati kos įrankiai

Bioinformati kos įrankiai. “Bioinformatika” Doc. R. Dama š evi č ius KTU Programų inžinerijos katedra. Bioinformatikos įrankiai. Bioinformatikos įrankiai yra kompiuterinės programos, skirtos svarbios informacijos paieškai ir analizei duomenų gausybėje.

zeno
Download Presentation

Bioinformati kos įrankiai

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatikos įrankiai “Bioinformatika” Doc. R. Damaševičius KTU Programų inžinerijos katedra

  2. Bioinformatikos įrankiai • Bioinformatikos įrankiai yra kompiuterinės programos, skirtos svarbios informacijos paieškai ir analizei duomenų gausybėje. • Galutinis vartotojas (biologas, biochemikas, genetikas) nėra gerai įgudęs naudotis kompiuterinėmis technologijomis; • Programiniai įrankiai turi būti mokslininkų tyrėjų bendruomenės pasiekiami žiniatinkliu. Bioinformatika (B110M100)

  3. Pagrindinės genetinių duomenų bazės

  4. Duomenų bazių klasifikacija • Sekų duomenų bazės • Sekų analizės duomenų bazės • Mokslinės literatūros duomenų bazės • Baltymų struktūros duomenų bazės • Genų išraiškos duomenų bazės • Metabolinių kelių duomenų bazės • Universalios (integruotos) duomenų bazės • Specializuotos duomenų bazės

  5. Nuorodų katalogas http://expasy.org/links.html

  6. DNR sekų duomenų bazės • Pagrindinės duomenų bazės • GenBank (US) • (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html) • EMBL (Europe) • (http://www.ebi.ac.uk/embl/) • DDBJ (Japan) • (http://www.ddbj.nig.ac.jp/) • Primary databases • DNA sequences are identical

  7. Įrašų skaičiaus GenBank duomenų bazėje augimas

  8. Integruotos duomenų bazės • NCBI - National Center for Biotechnology Information (JAV) • NCBI protein resources • Protein Clusters - collection of related protein sequences (clusters) • Genbank - GenBank Nucleotide Sequence db • dbEST - dbEST (Expressed Sequence Tags) db • dbSTS - dbSTS (Sequence Tagged Sites) db • NCBI Taxonomy • PubMed – Mokslinės literatūros duomenų bazė • NCBI Bookshelf – knygų archyvas

  9. www.ncbi.nlm.nih.gov

  10. NCBI Bookshelf • Laisvai prieinamos knygos • šiuo metu yra 55 pavadinimai • Temos: • Molekulinė biologija, biochemija, genetika, mikrobiologija

  11. PubMed yra… • Mokslinių publikacijų paieškos serveris • >14 milionų straipsnių • 4000 žurnalų • Nuorodos į kitus žurnalus

  12. 1 AND 2 1 2 lipocalin AND disease (96 results) 1 OR 2 1 2 lipocalin OR disease (1.9 million results) 1 NOT 2 1 2 lipocalin NOT disease (729 results)

  13. Entrez: Metapaieškos serveris • Galimybė atlikti paiešką daugelyje duomenų bazių iš karto (tiek genetinių sekų, baltymų, tiek mokslinės literatūros, šiuo metu 29) • Galimybė naudoti logines operacijas (OR, AND) • Galimybė saugoti užklausas serveryje • Galimybė gauti pranešimus el. paštu, jeigu atsiradų naujų rezultatų pagal jūsų ankstesnes užklausas • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

  14. Baltymų duomenų bazių • SWISS-PROT • Manually curated • high-quality annotations, less data • GenPept/TREMBL • Translated coding sequences from GenBank/EMBL • Few annotations, more up to date • PIR • Phylogenetic-based annotations • All 3 now combining efforts to form UniProt (http://www.uniprot.org)

  15. Sekų ir struktūrų duomenų bazės • SWISS-3DIMAGE - • Baltymų ir kitų biologinių makromolekulių 3D struktūros vaizdai • http://www.expasy.ch/sw3d/ • PDB (Protein Databank) • Rentgeno kristalografijos, magnetinio rezonanso ir kompiuterinio modeliavimo būdu gauti duomenys • http://www.rcsb.org/pdb/ • MMDB (Molecular Modeling database) • Virš 28,000 baltymų ir polinukleotidų trimatė struktūra (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure) • SCOP (Structural Classification of Proteins) • Baltymų klasifikacija pagal jų struktūrinį panašumą ir evoliucinius sąryšius

  16. Genomų duomenų bazės • Saugoma informacija apie konkretaus organizmo arba organizmų grupės genomą • Colibase (E. coli and related species) • http://colibase.bham.ac.uk/ • GDB (human) • http://www.gdb.org/ • Flybase (Drosophila) • http://flybase.bio.indiana.edu/ • WormBase (C. elegans) • http://wormbase.org • AtDB (Arabidopsis) • http://www.arabidopsis.org • SGD (S. cerevisiae) • http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/

  17. Genų išraiškos duomenų bazės • RNR išraiškos • Eksperimentiškai nustatytas ląstelės mRNR turinys esant tam tikroms sąlygoms • Array Express (EBI) ir Geo (NCBI) • Proteomų • Eksperimentiškai nustatytas ląstelių baltymų turinys (visuma) esant tam tikroms sąlygoms • SWISS 2D PAGE at http://us.expasy.org/ch2d/

  18. Kitos specializuotos duomenų bazės • Mokslinės literatūros • MEDLINE (http://ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/) • HighWire (Stanford University) (http://www.highwire.org) • Variacijų • dbSNP (http://ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) • HGBase (http://hgbase/interactiva/de) • Metabolinių kelių • KEGG (http://kegg.genome.ad.jp/kegg/) • WIT (http://wit.mcs/anl.gov/WIT2) • Organizmų nomenklatūros • Taksonomijų (e.g.: http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/ ) • Mendel (http://mbclserver.rutgers.edu/CPGN)

More Related