1 / 19

Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de phase en -1 chez les eucaryotes

Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de phase en -1 chez les eucaryotes. Michaël Bekaert. Équipe de Génétique Moléculaire de la Traduction (Jean-Pierre Rousset) Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay). +1. 0. -1. 1000. 2000. 3000. 4000. 1000. 2000. 3000.

zia
Download Presentation

Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de phase en -1 chez les eucaryotes

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de phase en -1 chez les eucaryotes Michaël Bekaert Équipe de Génétique Moléculaire de la Traduction (Jean-Pierre Rousset) Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay)

  2. +1 0 -1 1000 2000 3000 4000 1000 2000 3000 4000 X XXY YYZ Sites de décalage de phase en -1

  3. +1 0 -1 1000 2000 3000 4000 1000 2000 3000 4000 X XXY YYZ Sites de décalage de phase en -1 Modèle de site eucaryote Jacks et Varmus, 1985 et 1988 Heptamère Brierley, 1993 Pause du ribosome Brierley, 1993, Dinman, 2000 Influence du site E Nierhaus, 2004, Bekaert et al., 2005

  4. Espaceur de virus ALV TAGGGAG ANV TAAATGA APV TTCTAGC BChV GGACTGA BCoV GGGTTCG BIV GGGAAGT BLRV TAGAGGG BLV TAATAGA BMYV GCAAGCA BWYV GGGAGAG BYDV TAGAGGG CABYV GGGCAGG CAEV GGGAGGA CMoMV TACTAGG CoMV TACCAGC CRSVs1 TAAGTGC CYDV GCCAAGG ... ...

  5. nombre d’occurrences position des nucléotides 40 30 20 10 0 A A A A A A A C C C C C C C U U U U U U U G G G G G G G +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 Composition

  6. Chi2 score position des nucléotides 80 [UG]- G - G - N - N - G - Gconsensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N -{U}exclusion 60 40 20 0 X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 X Biais

  7. +1 0 -1 Région de décalage lacZ luc b-galactosidase b-galactosidase-luciférase Évaluation in vivo

  8. L’espaceur • IBV.wt GGGUAC 21% ±1% • IBV.sp1 AGGUAC 15% ±2% • IBV.sp2 UGGUAC 25% ±4% • IBV.sp3 CGGUAC 6% ±1% • IBV.sp4 GAGUAC 7% ±2% • IBV.sp5 GUGUAC 19% ±2% • IBV.sp6 GCGUAC 17% ±1% • IBV.sp7 GGAUAC 15% ±3% • IBV.sp8 GGUUAC 19% ±2% • IBV.sp9 GGCUAC 11% ±1%

  9. ES2.3’ 3’ ES2.5’ EL1 EL1’ ES1.5’ ES1.3’ EL2 AUG 5’ NNXXXY YYZ NNNNNNNNN H SP Heptamère glissant Espaceur Structure secondaire Contexte

  10. Région de décalage du virus IBV Évaluation in vivo

  11. Banques d’espaceurs

  12. Chi2 score position des nucléotides [UG]-[AG]-[CG]- N - N - Nconsensus {A}- {U}- {U}- N - N - Nexclusion 25 20 15 +1 +2 +3 +4 +5 +6 10 5 0 L’espaceur

  13. Chi2 score Chi2 score 80 60 40 20 0 X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 X 25 20 15 +1 +2 +3 +4 +5 +6 10 5 0 Biais [UG]- G - G - N - N - G consensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N exclusion [UG]-[AG]-[CG]- N - N - Nconsensus {A}- {U}- {U}- N - N - Nexclusion

  14. ...UUUAAACGGGUACG.. Une explication ?

  15. 1 ...UUUAAACGGGUACG… 2 Une explication ?

  16. Sauvage 40% hdx1 30% taux de décalage de phase 20% 10% 0% HIV IBV IBV.AGG TY Compétition entre ARNt

  17. séquences positives (~40) 20,00% 10,00% 0,00% séquences négatives (~20000 ?) Effet tueur de décalage de phase

  18. Déformation de l’ARNt au site P lors de la pause Namy et al., en préparation Flexibilité de l’epaceur ? Flexibilité de l’espaceur Tension induite par le pseudonoeud Plant et al., 2003

  19. L’équipe Agnès Baudin-Baillieu Laure Bidou Bruno Cosnier Céline Fabret Isabelle Hatin Marta Kwapisz Olivier Namy Jean-Pierre Rousset Et aussi Alain Denise Jean-Paul Forest Christine Froideveaux Web : www.igmors.u-psud.fr/rousset/

More Related