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Service Commun en Biologie

Service Commun en Biologie.

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Presentation Transcript

  1. Service Commun en Biologie Le SERCOBIO, dirigé par Fabrice Martin-Laurent, lie par une convention l ’INRA, l ’Université de Bourgogne, l’INSERM, le CNRS et l’ENSAD. Cette structure gère l ’investissement d’équipements lourds ainsi que leur mise en place et leur fonctionnement dans le cadre de services communs. Le SERCOBIO gère actuellement trois services commun : Centre de Microscopie : CMAB (Claude Imbert) SCME (Silvio Gianinazzi) Service Commun en Cytométrie de Flux (Anabelle Legrand) Service Commun de Séquençage et de Génotypage (Laurent Philippot)

  2. Service de Séquençage et de Génotypage

  3. Service de Séquençage et de Génotypage Le SSG c ’est quoi? Dernier service commun du SERCOBIO (début de l’aventure décembre 2000) Le SSG sert à quoi? réalisation de séquences nucléotiques d ’ADN analyse de fragments d ’ADN pour le génotypage quantification de gènes (PCR quantitative) utilisation de filtres et puces à ADN (détection/transcription de gènes) développement de techniques nouvelles d ’études des acides nucléiques participation à l ’enseignement et à la formation permanente

  4. Service de Séquençage et de Génotypage Le SSG c ’est qui? Intervenants du Campus Universitaire Dijonnais Laboratoire de Malherbologie, INRAStation de Génétique et d’Amélioration des Plantes, INRAUMR 692, INRA-UB, Laboratoire PhytopharmacieUMR BBCE-IPM, INRA-UB, UMR CNRS5561, CNRS-UB, Laboratoire d’Ecologie et d’EvolutionUMR MGS, Laboratoire de Microbiologie et Géochimie des Sols CESG Intervenants « extérieurs » CHU, Faculté de Médecine, Laboratoire de Génétique moléculairePromogène (start up hébergée par l ’Unité INSERM dirigé par Mr Solari)

  5. Service de Séquençage et de Génotypage • Le SSG c ’est quoi pour l ’instant? • un séquenceur/génotypeur (Beckman, CEQ2000XL, 2000) • deux séquenceurs/génotypeurs de type LICOR (2003, 2004) • un lecteur de microarrays Affimetrix (juin 2002) • une PCR quantitative ABI7900 • Le SSG ce sera quoi à l ’avenir? •  2005 un robot pipeteur •  2006 un robot extracteur

  6. Service de Séquençage et de Génotypage Les techniques de génotypage  T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) Marqueurs micro-satellites (pool-plexage) AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis)  A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) Marqueur SNP (Single Nucleotide Polymorphism)  Tilling Les techniques quantitatives  PCR quantitative SYBRGreen et TaqMan  Lecture de puces à ADN

  7. Service de Séquençage et de Génotypage • Comment ça marche ? • réservation du séquenceur en ligne via le site web SERCOBIO • mise en route, maintenance et gestion des appareils assurés par D BRU (AI MGS), •  préparation des échantillons, lancement de l ’analyse, analyse et/ou transfert des données assurés par l ’utilisateur, • Le coût du fonctionnement du séquenceur/génotypeurSSG ? •  un abonnement de 250 € (HT)/an, •  un coût de 2,30 € (HT) par séparation soit 18,40 € (HT) pour 8 échantillons, • analyse LICOR coût fonction longueur du gel,

  8. Service de Séquençage et de Génotypage • Quelle perspective pour le SSG ? • vers une plateforme RIO: réponse appel offre • Localisation dans le bâtiment CMSE

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