Was muss der Nutzer tun?

1. Was ist die Chip-Facility? Die Chip-Facility ist eine Serviceeinheit des IZKF "BIOMAT.", die es allen interessierten Nutzern an der RWTH-Aachen ermöglicht, auf die Chip-Technologie zum Selbstkostenpreis zuzugreifen. Dieser Service kann auch für Interessierte, die nicht Mitglied der RWTH-Aachen sind, ausgeweitet werden. Zwecks Absprache wenden Sie sich bitte an Dr. rer. nat. Bernd Denecke. Was macht die Chip-Facility? Die Chip-Facility berät Sie gerne bei der Planung der Experimente und steht für Fragen rund um die Chip-Technologie zur Verfügung (Affymetrix GeneChip Technolgie; Oligo-GlasArrays; cDNA-GlasArrays; ProteinArrays). Für Anfang 2006 ist die Anschaffung des 7G upgrades geplant, das auch die Nutzung der neuen Affymetrix Technologien, wie z.B. All-Exon Arrays, 500K Mapping Arrays oder Tiling Arrays ermöglicht. Weiterhin angeboten werden Protokolle und nützliche Informationen, die es Ihnen ermöglichen, die wichtigsten Schritte in kurzer Zeit zu erlernen und zuverlässig selbst durchzuführen. Bei Fragen und Problemen stehen die Mitarbeiter der Chip-Facility gerne zur Verfügung. Um eine hohe Qualität der Analysen zu gewährleisten, erfolgt die Bedienung der Geräte der Chip-Facility nur durch geschulte Mitarbeiter der Chip-Facility. Wir führen in regelmäßigen Intervallen Reinigungs- und Wartungsarbeiten an den Geräten durch. • Was muss der Nutzer tun? • Für die Projektplanung ist es essentiell, sich vorher Gedanken über folgende Punkte zu machen: • experimentelles Design • RNA-Isolation • Target cRNA Präparation • Hybridisierung des Arrays • Auswertungsmöglichkeiten Prinzipiell gibt es zwei Nutzungsarten der Chip-Facility (Affymetrix-Chips, andere Chips auf Anfrage): 1) Grundservice-Nutzung: Hybridisieren und Scannen der Chip Probenvorbereitung durch Sie. Wenn diese bis zur fragmentierten, Biotin-markierten Probe durchgeführt wurde, können Sie Ihre Probe(n) an uns übergeben. Damit der Ablauf reibungslos funktioniert, sprechen Sie bitte vorher einen Termin mit uns ab. Die Chip-Facility führt für Sie die Probenhybridisierung, das Waschen und Färben der Chips sowie das Scannen durch. Die Rohdaten werden dann auf CD gebrannt und an den Nutzer übergeben. Die Konvertierung der Primärdaten in eine Excel-Datei kann auf Wunsch vorgenommen werden. 2) Erweitertes Angebot: RNA-Qualitätskontrolle, cRNA-Markierung, Hybridisieren und Scannen der Chip (Modalitäten nach Vereinbarung) Sie bringen uns die total RNA (10 µg, aufgereinigt über RNAeasy (Qiagen) oder PeqGold RNAPure™ (Peqlab) - steht nur weniger RNA zur Verfügung wird um Rücksprache gebeten). Die Chip-Facility wird dann eine Qualitätskontrolle der RNA durchführen, die cRNA synthetisieren, die Markierung testen, und die Hybridisierung wie unter 1) beschrieben durchführen.

2. Wie erfolgt die Auswertung der Daten? 1) Die Auswertung der Daten erfolgt durch Sie selbst. Die Chip-Facility überprüft anhand der Hybridisierungsparamter, ob die Hybridisierung erfolgreich war, und stellt Ihnen die Rohdaten zur Verfügung. Die DNA-Facility bietet Ihnen für die Auswertung mehrere Programme an, die unentgeltlich genutzt werden können. 2) Eine erweiterte Auswertung der Array Daten kann nach Absprache durchgeführt werden. Was kostet die Nutzung der Chip-Facility? Die Chip-Facility arbeitet zum Selbstkostenpreis, berechnet Ihnen (Mitglied der RWTH) also lediglich die Kosten, die für Chips, Chemikalien und sonstige Verbrauchsmaterialien anfallen. Der Unkostenbeitrag für die Hybridisierung, Waschen und Scannen eines Chips sowie die gegenwärtig gültigen Chip-Preise können Sie bei uns erfragen. Falls Sie als Nicht-Mitglied der RWTH unsere Leistungen in Anspruch nehmen wollen, erkundigen Sie sich einfach bei uns über die Modalitäten. Das Team: Dr. rer. nat. Bernd Denecke Lin Gan Beate Kratz Katharina Pietsch Kontakt: Chip-Facility IZKF "BIOMAT." Pauwelsstrasse 30 D-52074 Aachen e-mail: bernd.denecke@rwth-aachen.de fon: +49 (0) 241 80 89918 http://www.chip-facility.rwth-aachen.de Chip-Facility IZKF "BIOMAT." in der Medizinischen Fakultät der RWTH-Aachen