1 / 47

Metody detekcji i identyfikacji bakterii

Metody detekcji i identyfikacji bakterii. Dorota Żabicka Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Narodowy Instytut Leków Warszawa. Budowa komórki bakteryjnej. Badanie mikrobiologiczne. Cel: identyfikacja czynnika etiologicznego zakażenia i oznaczenie wrażliwości na antybiotyki

anoush
Download Presentation

Metody detekcji i identyfikacji bakterii

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Metody detekcji i identyfikacji bakterii Dorota Żabicka Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Narodowy Instytut Leków Warszawa

  2. Budowa komórki bakteryjnej

  3. Badanie mikrobiologiczne • Cel: identyfikacja czynnika etiologicznego zakażenia i oznaczenie wrażliwości na antybiotyki • Tok badania mikrobiologicznego • Pobranie materiału • Badanie materiału: • Metody klasyczne • Badanie mikroskopowe • Hodowla i identyfikacja drobnoustroju • Oznaczenie wrażliwości bakterii na antybiotyki • Metody immunologiczne • Metody molekularne

  4. Pobieranie i przesyłanie materiału Rodzaj podłoża transportowego i rodzaj pojemników są dostosowywane do rodzaju materiału i kierunku badania (bakterie, wirusy, obecność przeciwciał)

  5. Badanie mikroskopowe • Mikroskop świetlny • Preparaty barwione • metoda Grama • metody specjalne np. barwienie na obecność zarodników Laseczka tężca Clostridium tetani, zarodniki na końcu komórki bakteryjnej nadające kształt pałeczki dobosza

  6. Ściana komórkowa bakterii Bakterie Gram-dodatnie Bakterie Gram-ujemne

  7. Badanie mikroskopowe Neisseria meningitidis Preparat z osadu płynu mózgowo-rdzeniowego barwiony metodą Grama Cryptococcus neoformans Preparat tuszowy z osadu płynu mózgowo-rdzeniowego

  8. Badanie mikroskopowe • Preparat z ciemnym polem widzenia (Treponema pallidum) • Mikroskop fluorescencyjny

  9. Badanie mikroskopowe Mikroskop kontrastowo-fazowy grzyby z rodzaju Candida

  10. Badanie mikroskopowe Mikroskop elektronowy

  11. Hodowla bakterii • Stosowane podłoża bakteriologiczne płynne i stałe • Hodowla prowadzona w warunkach najbardziej odpowiednich dla poszukiwanych drobnoustrojów • Czas hodowli od kilku godzin (np. pałeczki okrężnicy czyli Escherichia coli) do kilkunastu dni (np. prątki gruźlicy czyli Mycobacterium tuberculosis)

  12. Wymagania wzrostowe bakterii • Zapotrzebowanie na tlen • Tlenowe – O2 • Beztlenowe – mniej niż 1-0,5% O2 • Mikroaerofilne – mieszanina 5% O2, 10% CO2, 85% N2 • Źródło węgla • Autotroficzne – CO2 • Heterotroficzne – aminokwasy, peptydy, cukry, lipidy • Pozostałe związki niezbędne do wzrostu • Sole nieorganiczne • Witaminy

  13. Czynniki fizykochemiczne • Temperatura • Psychrofile – optimum 0-10C • Mezofile – optimum 20-40C • Termofile – optimum 50-60C • pH • Większość bakterii preferuje neutralne wartości pH ~ 7.0 • Ciśnienie osmotyczne • Wiekszość preferuje aw~ 0,99

  14. Wzrost hodowli bakterii w podłożu płynnym

  15. Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów Podłoże agarowe wzbogacone krwią – widoczna strefa hemolizy dookoła kolonii

  16. Hodowla i wstępna identyfikacja drobnoustrojów CPS Podłoża wybiórcze, wybórczo-różnicujące chromogenne i specjalne MacConkey agar

  17. Oznaczanie mechanizmów oporności na antybiotyki – podłoża chromogenne MRSA ESBL VRE

  18. Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów Identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem testów wykonywanych na płytkach wrażliwość na bacytracynę test CAMP

  19. Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów Identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem zestawów probówkowych gotowych testów identyfikacyjnych

  20. Systemy automatyczne Systemy automatyczne stosowane są do hodowli drobnoustrojów (np. Bactec do posiewów krwi) lub do identyfikacji i oznaczenia lekowrażliwości wyhodowanych wcześniej na podłożach stałych drobnoustrojów VITEK 2 Compact BioMerieux Phoenix BD Diagnostic Systems

  21. System VITEK 2 Compact System automatyczny do identyfikacji i oznaczenia lekowrażliwości drobnoustrojów wyhodowanych wcześniej na podłożach stałych

  22. Oznaczenie lekowrażliwości drobnoustrojów • Oznaczanie metodą rozcieńczeniową • Gotowe testy diagnostyczne do odczytu manualnego • Oznaczanie za pomocą systemów automatycznych

  23. Oznaczanie lekowrażliwości i mechanizmów oporności na antybiotyki Dyfuzja z paska Dyfuzja z krążka Szczep gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus) oporny na wszystkie antybiotyki -laktamowe (MRSA) Podłoże z antybiotykiem

  24. Metody immunologiczne • Testy lateksowe, ELISA, immunofluorescencyjne wykrywające całe komórki lub antygeny bakterii (białka powierzchniowe, wielocukry otoczkowe, toksyny) • Pozwalają wykryć bakterie w materiale pobranym od chorego lub pomagają w identyfikacji wyhodowanych bakterii • Stosowane gotowe testy manualne lub automatyczne Aglutynacja lateksowa

  25. Metody immunologiczne - EIA

  26. Metody immunologiczne – systemy automatyczne System VIDAS

  27. Nowe metody oparte o metody immunologiczne

  28. Spektrometria MALDI-TOF

  29. Spektrometria MALDI-TOF

  30. Spektrometria MALDI-TOF

  31. Metody molekularne • Stosowane głównie metody oparte o reakcje PCR lub real-time PCR • Dostępne różne gotowe testy komercyjne w dwóch wariantach • Zestaw odczynników do wykrywania bakterii, reakcja w dowolnym aparacie do PCR lub real-time PCR • Zestawy odczynników lub zamknięte systemy diagnostyczne przeznaczone do użycia w aparacie określonej firmy • Testy zarówno do wykrycia bakterii np. M.tuberculosis jak i identyfikacji ważnych epidemiologicznie bakterii np. MRSA lub wykrycia toksyn bakteryjnych

  32. Genom bakteryjny Chromosom bakteryjny o różnej wielkości w zależności od gatunku bakterii oraz obecności wbudowanych elementów ruchomych (plazmidów, transpozonów, bakteriofagów)

  33. Metoda PCR

  34. Metoda PCR 0 3 1 0 3 2 0 0 9 3 0 0 2 4 9 9 DNA 1 1 9 9 C C r r / / e e 8 8 C C l l 1 5 u u T T 0 7 R A R A 6 6 mecA ok. 550 kb mecA gen występujący u MRSA

  35. Real-time PCR Krzywe reakcji real-time PCR

  36. Szybkie testy molekularne np. GeneXpert

  37. Sondy typu Scorpion Dwa rodzaje sond typu Scorpion stosowane w testach z serii GeneXpert rysunki: źródło Cepheid

  38. Zintegrowana kontrola wewnętrzna w mieszaninie reakcyjnej Mg2+ Taq DNA Polymerase target scorpion IC scorpion dCTP dGTP Internal Control (IC) dUTP dATP rysunki źródło Cepheid

  39. Mikromacierze

  40. Bakteriofagi – wirusy bakteryjne

  41. Bakteriofagi - morfologia

  42. Bakteriofagi – cykle życiowe

  43. Bakteriofagi – zastosowanie w diagnostyce • Typowanie bakterii w celu określenia pokrewieństwa izolowanych szczepów łysinka

  44. Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii

  45. Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii

  46. Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii

  47. Dziękuję za uwagę

More Related