1 / 24

Drozophila jó modellállat, mert: - genomja szekvenált (adatbázisok)

Drozophila jó modellállat, mert: - genomja szekvenált (adatbázisok) - legtöbb génre deficiencia ill. mutáció kül. izogenizált vonalakban (törzsközpontok) - genetikai manipuláció szempontjából nagyon megbízható szervezet

baakir
Download Presentation

Drozophila jó modellállat, mert: - genomja szekvenált (adatbázisok)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Drozophila jó modellállat, mert: - genomja szekvenált (adatbázisok) - legtöbb génre deficiencia ill. mutáció kül. izogenizált vonalakban (törzsközpontok) - genetikai manipuláció szempontjából nagyon megbízható szervezet - gyorsan létre lehet hozni nagy számú, genetikailag meghatározott egyedet, és kontrolált körülmények között fent lehet tartani

  2. Kvantitatív bélyegek általános jellemzői: - folyamatos eloszlás - poligénesség - környezeti tényezők befolyásoló hatása Elmúlt pár évtizedben számos kulcs gén lett azonosítva Drosophilában, melyek hatással vannak a viselkedésre: dunce memória rutabaga tanulás period helyváltoztató mozgás cirkadián aktivitása

  3. Különböző tesztek a Drosophila viselkedésének vizsgálatára udvarlási viselkedés: - udvarlási látenciaidő - közösülési látenciaidő

  4. alkohol-teszt: aggresszió: - egy meghattározott időszakon belüli aggresszív összecsapások száma szaglási viselkedés:

  5. lárvális feldúló viselkedés ülő lárva – kis területen eszik foraging : ciklikus GMP-függő protein kináz vándorló lárva – nagy területen eszik

  6. - a komplex viselkedés moduláris: udvarlási viselkedés: - felismerés - tájékozódás - mozgás - szárny vibráció - kopuláció

  7. A szükséges minta mérete variancia a párzási látenciában: 16min2→ 2 perc különbség vizsgálatához (0,5σ) 84 egyed szükséges 100min2 → 2 perc differencia vizsgálatához (0,2σ) 525 egyed szükséges

  8. A vizsgálat során figyelembe kell venni: - szexuális dimorfizmus viselkedésben játszott szerepe → ált. vizsgálatokban mindkét nemből azonos számú egyed kell, mivel a Drozophila transzkriptom 50%-a, vagy több mutat eltérést a nemek között → csak az egyik nemben megfigyelhető hatás (sex-specific effects) → a hatás mindkét nemnél megfigyelhető, de különböző mértékű (sex-biased effects) → a hatás mindkét nemnél megfigyelhető, de ellentétes irányú (sex-antagonistic effects) - genetikai háttér: - Canton-S legyek – kis mennyiségű szagra válasz - Samarkend legyek – ritkán hasonló

  9. - környezeti változások zavaró hatása (hőmérséklet, páratartalom, légnyomás, mozgási aktivitás napi váltakozása) - genotype by enviroment interaction: kölcsönhatás, amikor 2 genotipus különbözik a megváltozott környezetre adott válaszában

  10. Varianciaanalízis (analysis of variance /ANOVA/) Y= μ + G + Er Y: egyedek megfigyelt értéke μ: átlag középérték G: genotipikus hatás Er: változás a genotipusokon belül G szignifikáns G nem szignifikáns • a genotipikus hatás akkor szignifikáns, ha az adott genotípusú egyedek viselkezése hasonlóbb, mint a különböző genotipusú egyedeké

  11. Kísérleti stratégia Drosophila viselkedési jellegek kvantitatív analízisére Exelixis - nehezen megfogható fenotipikus változás

  12. A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése QTL (Quantitative trait loci) térképezés: - egy vagy több QTL-t tartalmazó régió feltérképezése, mely érinti a viselkedésben történt változást 1. Genetikai mintavétel - nagy számú beltenyésztett vonal előállítás a természetes populációból, melyben a keresett jellemzőre tudunk szelektálni - mesterséges szelekciót végezve csökkenthetjük vagy éppen felerősíthetjük az adott viselkedés kifejeződését

  13. A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Irányelvek: - nagy alappopulációt használunk - minden kiválasztott vonalat többször mérünk - kell egy kontroll vonal, melyben a beltenyésztés hatására létrejövő leromlást mérjük - minimalizálni kell a genetikai sodródás hatását a szelekció alatt a populáció méretének maximalizálásával - kb. 25 generáció után le kell állítani a szelekciót a várható spontán mutációk kizárása érdekében

  14. A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése 2. QTL térképezése - standard rekombinációs térképezéssel (RILs:Recombinant inbred lines) szükséges: - óriási számú rekombináns - a polimorfikus molekuláris markerek ultra-nagy sűrűségű térképe

  15. A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Komplementációs analízis: - a QTL régió beazonosítása után - leszűkítjük a QTL intervallumot és azonosítjuk a jelölt géneket - Drosophila: (DrosDel, Exelixis) - deficienciák - mutációk co-izogenizált háttéren - azonosítás komplementációs teszttel történik

  16. A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Linkage-disequilibrium(LD) mapping: célja: - meghatározni, hogy a jelölt gén kapcsolatban van-e a viselkedésben történt változással - meghatározni a változás okát (szekvenciaváltozás), és megállapítani, hogy ez a fenotipikus értékkel statisztikusan szignifikáns kapcsolatban áll-e → minden polimorfizmusra statisztikus tesztet kell végrehajtani - a gént és a szomszédos régiókat is fel kell térképezni, hogy meghatározzuk az LD pontos méretét

  17. Transcriptional profiling

  18. Transcriptional profiling - specifikus expressziós változások, melyet egy egyszeres mutáció okoz, hatással van a jellemre - a transzkripciós „bőség” egy kvantitatív jellemző →teljes genominális expressziós vizsgálat standard feltételek: 1. 50, vagy több légy minden genotipusból → elegendő RNS a hibridizációhoz 2. transzkripció cirkadián aktivitása → mintavétel a napnak ugyanabban a szakában 3. legalább két független készlet, RNS extrakció és hibridizáció szükséges a statisztikai analízishez (fluoreszcens festékek felcserélése)

  19. false negative false pozitive

  20. Episztázis - két géntermék egymásra hatása - interakcióvizsgálat co-izogenizált mutánsokkal, melyek szerepet játszanak a viselkedés kialakításában (enhanszer és szupresszor hatás) - hasonló viselkedést okozó mutációk → fél-diallél keresztezés (co-izogenizált háttér) n(n-1)/2 12 mutáció 66 transzheterozigóta - exponenciálisan nő az n értékének növekedésével

  21. Pleiotrópia - egy gén több viselkedésben szerepet játszik egy gén – több hatás

  22. Feladatok a jövőben - a gének között fellépő episztázis milyenségének vizsgálata - annak meghatározása, hogy hogyan szabályozza a genetikai hálózat a fejlődés folyamána viselkedésben bekövetkező változások - annak vizsgálata, hogy hogyan alakul át a genetikai hálózat a fizikai és szociális környezet megváltozása által és milyen mértékben különbözik a nemek között - a microarray vizsgálatok jó eszközt jelentenek a komplex tulajdonságok alapjának meghatározásához - elsősorban a jövőben a neuronok különböző alpopulációjának vizsgálatával próbálnak egyre közelebbi képet kapni a viselkedés kialakulásáról

  23. Köszönöm a figyelmet!

More Related