SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes

1. SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes Daniel CRISAN http://liris.cnrs.fr/~sitrans

2. Contexte Préparation des cibles Analyse des données Dessin de la puce P. Marc – ENS - 1999 Hybridation

3. Besoins informatiques • Saisie/Consultation des données • Bibliothèques de techniques utilisées au cours d’une expérience • Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…) • Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides

4. SITRANS - spécifications • Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN » • Saisie • « Cahier de laboratoire » électronique • Publication • Diffusion Web • Compatibilité avec le format MIAME • Consultation • Valorisation des informations • Caractéristiques • Ergonomie • Importation des fichiers externes • Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)

5. Architecture n-tiers

6. Schéma UML de la Base de Données

7. Les couches applicatives Servlet S E Servlet S E E Servlet S E E S Servlet E

8. La couche présentation

9. La couche présentation

10. La couche présentation

11. Etat d’avancement • Fait • Choix de l’architecture de SITRANS • Conception de la Base de Données • Conception des couches applicatives « Saisie données » • En cours • Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003) • A faire • Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004) • Tests de SITRANS (échéance mars 2004) • Formation des utilisateurs (échéance mars 2004) • Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)

12. Gestion du projet • Réunions de projet • Bimensuelles avec l’équipe « Informatique » • Mensuelles avec l’équipe « Biologie » • Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans • Documents en accès public : description du projet, description d’une expérience « puces à ADN »… • Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…

13. Conclusion et perspectives • CDD • Finalisation du développement et mise en exploitation de SITRANS • Poursuite • Une thèse débute • visualisation de données de gros volumes • Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet • schéma commun pour le partage de données du transcriptome et d’outils de traitement • spécification d’une architecture de médiation

14. Ingénieurs Bioinformatique et Modélisation UCBL INSA-Lyon Bioinformatique du transcriptome Data Mining données puce et SAGE SITRANS ROSO Design de sondes oligo pour puces à ADN http://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php TransParNet Pédagogie Recherche

15. Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire BSMC(http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc) UMR 203 INRA/INSA, BF2IBiologie Fonctionnelle UMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et Moléculaire UMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques Appliquées Laboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie Artificielle FRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes d’Information et Data Mining  Problématiques biologiques : - Symbiose et Evolution - Autorenouvellement Cellulaire  Outils bioinformatiques et de modélisation : - Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera (DTAMB/ECL) - Base de données SAGE - Identitag - Data mining des données d’expression - Etude qualitative des réseaux : Emergence de la complexité - Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes bactériens - Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques