Avaliação das aulas TP

1. Avaliação das aulas TP Microbiologia 2012-2013

2. Questões para o Grupo-TC • O que é a metagenómica e qual as suas aplicações no HMP? • Quais os objetivos do HMP e qual a utilidade dessa informação? • Porque foi necessário usar um grande número de pessoas no projeto? • Qual a diferença entre “deepmetagenomicsequencing” e 16S profiling? • O que é o ELSI e que preocupações teve?

3. Resposta 1 • Metagenómica é o estudo de TODAS as sequências genéticas de uma amostra. • Tira o enfoque do estudo de uma espécie para o estudo da comunidade • Neste caso é uma ferramenta para compreender o papel dos microrganismos na saúde humana (como colonizadores comensais).

4. Resposta 2 • Criar uma base que estebeleça o microbioma de 5 locais do corpo humano em situação de saúde e tornar esses dados sisponíveis para a comunidade. • Os 5 habitats são pele, oral respiratório, gastrointestinal e vagina. • Esta base é essencial para estudar os desvios nos microbiomas que levam à doença.

5. Resposta 3 • Uma vez que havia dados anteriores que mostravam que há grandes variações inter e intra individuais pensou-se que aumentando o tamanho da amostra se poderia fazer um melhor estudo dessas variações.

6. Resposta 4 • 16S profiling corresponde à determinação de quantas e quais as variantes do gene 16S existem. Estes resultados estão expressos numa outra referência e usam apenas um gene (e a variação que este apresenta) para catalogar as espécies. • Deepmetagenomicsequencing refere-se à sequenciação exaustiva de todo o genoma da amostra mas com a procura de sequencias mesmo que raras (Deep).

7. Resposta 5 • Comité para as implicações éticas, legais e sociais Ethical Legal and Social Implications • Verificar os métodos de colheita mais apropriados do ponto de vista dos participantes • Verificar os consentimentos informados • Ser consultado numa série de assuntos éticos como por exemplo o facto de algumas assinaturas microbianas poderem “violar” a privacidade de dados do dador.

8. Questões individuais-TC • O que é mais saudável uma microbiota indígena muito ou pouco diversa? • Qual a diferença entre diversidade alfa e beta? Pode usar exemplos concretos. • Identifique os dois géneros mais abundantes em cada um dos microhabitats orais. • Estes indivíduos eram saudáveis. Foram neles encontrados alguns microrganismos patogénicos? • Descreva brevemente a MI da vagina.

9. Resposta 1 • Depende do microbioma que estamos a falar. Por exemplo a nível intestinal o microbioma deve ser diverso pois em casos de doenças inflamatórias do intestino e obesidade. Já no caso da microbiota vaginal uma maior diversidade normalmente conduz a vaginose.

10. Resposta 2 • A diversidade alfa corresponde ao número de espécies presentes num ambiente. Por exemplo a boca é dos microbiomas humanos com maior diversidade alfa e a vagina com menor. • No caso da diversidade beta a cavidade oral já tem uma diversidade beta menos acentuada ou seja embora cada individuo tenha uma flora populada por muitas espécies diferentes normalmente elas são conservadas entre indivíduos. • Já na pele a maioria dos indivíduos tem especies diferentes embora tenham mais ou menos o mesmo número de espécies. Diversidade alfa intermédia ou baixa e diversidade beta grande. • Ver http://cnx.org/content/m12147/latest/

11. Resposta 3 • Embora a boca seja dominada em todos os microhabitats por streptococci, os “segundos” diferem com os microhabitat: • Mucosa bucal (Haemophilus) • Placa supragengival (Actinomyces) • Placa subgengival (Prevotella)

12. Resposta 4 • Em geral encontraram-se poucos agentes patogénicos (excepto E.coli e Staph. aureus) (0,1%). Ex Pseudomonas aeruginosa • Encontraram-se vários oportunistas que estavam distribuídos quase ubiquamente pelas amostras.Bacteroidesfragilis, Bacteroidestetaiotaomicron, Staphaureus.

13. Resposta 5 • Microbiota pouco diverso ao nível do género. • Dominado por lactobacilli cuja prevalência diminuia em relação a Actinobacteria e Bacteroides. • Porque não se encontraram Candida?

14. Questões para o grupo-TA • Quais as particularidades da análise de dados de microbiomas humanos? • Qual é a questão principal que é respondida pelo projeto? • Qual é a resposta à questão anterior? Há um microbioma core? • Como varia funcionalmente a utilização dos açucares por microbioma?

15. Resposta 1 • 1º Deve preocupar-se com o desenho do estudo e proteção dos dadores- • 2º há particularidades que têm a ver com: tipo de dados (16S ou metagenómica), deteção dos taxa consoante a sua abundância relativa dos taxa, genes ou vias.

16. Resposta 2 • Será que todos os humanos partilham um microbioma core tal como partilham um genoma comum? • Core pode ter vários significados que por vezes dependem do microbiota em análise. • No entanto o estudo de todos os microbiomas em conjunto como neste projeto dá uma leitura mais compreensiva.

17. Resposta 3 • Há de facto muita variação inter-individual mas que nem sempre permite o agrupamento em conjuntos distinguíveis. • Mais que um microbioma core há um genoma microbiano core e vias metabólicas microbianas core. • Portanto há um core funcional nos vários microbiomas e no corpo humano em conjunto.

18. Resposta 4 • No caso da cavidade oral está especializado no metabolismo de açucares simples • No caso do intestino de hidratos de carbono complexos • No caso do microbioma vaginal degradação de glicogénio e peptidoglicano.

19. Questões individuais-TA • Descreva sucintamente o microbiota da pele e classifique-o quanto à diversidade alfa e beta • Descreva sucintamente o microbiotaintestinal e classifique-o quanto à diversidade alfa e beta. • Quais as vias metabólicas mais comuns presentes nas amostras estudadas? • Quais as vias metabólicas menos comuns?

20. Resposta 1 • Dominado por Staphylococcus (Firmicutes) ou Propioniacteriumou Corynebacterium (Actinobacteria). • No caso do nariz tem um contínuo com streptococci da cavidade oral. • É um sistema com uma elavada diversidade beta ainda que não tenha muita diversidade alfa.

21. Resposta 2 • Equilíbrio entre bacteroides e firmicutes. • Neste caso tb a diversidade alfa e beta são intermédias.

22. Resposta 3 • As vias metabólicas mais presentes são associadas: • aos ribossomas • à tradução • Ao Carregamento dos nucleótidos • à síntese de ATP • À glicólise

23. Resposta 4 • Vias sec, tat e sistemas de secreção principalmente na cavidade oral ode tb existias as vias da putrescina e transporte de açucares simples. Biossíntese de lipolissacarídeos. • Estes genes são funções especificas do nicho principalmente oral.

24. Questões para o grupo-TB • Qual a utilidade da “baseline” estabelecida com os resultados deste estudo? • Quais os vários aspetos em que houve definição de protocolos importantes? • Quais os próximos passos potenciados por estes resultados? • Que proposta é feita no fim do artigo que pode ser usada como terapêutica no futuro? • Como pode ser alterado o microbioma humano?

25. Resposta 1 • Estabelecer um elemento de comparação com estados de saúde. • Estudar aspetos de variação inter-individual sem haver doença mas associada a fatores étnicos, geográficos, etc. • Estudar alterações dos saudáveis como por exemplo a gravidez.

26. Resposta 2 • Genomas de referência • Protocolos de laboratório • Amostragem, extração dos ácidos nucleicos, sequenciação • Métodos computacionais • Análise dos amplificados • Considerações ELSI

27. Resposta 3 • Cmo é que as comunidades se desviam quando há patologias • Deteção dos mecanismos causais deste os moleculares aos sociais. • Como se chega a estes mecnismos?

28. Resposta 4 • Alterar o genoma microbiano que está em cada um de nós por forma a aumentar a saude do indivíduo. • Como posso alterar o microbioma humano?

29. Resposta 5 • Usando probioticos por exemplo • Alternativamente posso criar condições que favoreçam o crescimento de algumas espécies em detrimento de outras. • Introdução de espécies geneticamente modificadas.

30. Questões individuais-TB • Houve muitos genes que não se sabia que função tinham? • A nível de famílias de proteínas o que foi encontrado? • Que fatores fenotípicos dos indivíduos estudados melhor se relacionam com diferenças no microbiota? • A população analisada tinha que origem? • Que questões ficam ainda por responder?

31. Resposta 1 • Houve muitos genes que estiveram presentes em quase todas as amostras mas em baixa abundância e que provavelmente refletem muitas funções biomoleculares desconhecidas.

32. Resposta 2 • Foram encontradas quase 40 000 famílias no microbioma oral e menos de 16 000 na vagina. • Muitas sem função anotada.

33. Resposta 3 • Etnicidade • pH vaginal • Fatores como BMI e idade são independentes da variação observada.

34. Resposta 4 • População americana mas com background étnico diferente

35. Resposta 5 • Como varia a colonização com a idade? • Os padrões de transmissão são idênticos aos padrões de transmissão de agentes patogénicos? • O que é mais importante na definição do microbioma a competição entre os microrganismos ou factores externos?