330 likes | 786 Views
Podstawy mikrobiologii środowiska. Związek ewolucyjny pomiędzy Archea, Bacteria i Eukarya. Różnice pomiędzy Archea, Bacteria i Eukarya. Elementy struktury komórki bakteryjnej, roślinnej i zwierzęcej. Bakterie – rodzaje ściany komórkowej. Megabakteria.
E N D
Elementy struktury komórki bakteryjnej, roślinnej i zwierzęcej
Megabakteria Bakteria Epulopiscium fishelsoni jest największą znaną bakterią. Komórka tego drobnoustroju, będącego składnikiem flory bakteryjnej ryb żyjących w Morzu Czerwonym, ma długość dochodzącą do 0.6 mm.
Glony (algi) Mikroalgi Chlorella Haematococcus pluviatus Makroalgi (wodorosty)
GRZYBY Zygomycetes – grzyby pleśniowe, sprzężniaki Grzybnia zbudowana z niepodzielnego mycelium. Rozmnażanie płciowe poprzez zarodniki zwane zygosporami lub bezpłciowe poprzez spory w sporangium. Ascomycetes – workowce Grzyby jednokomórkowe lub tworzące grzybnię w postaci podzielnych strzępek. Rozmnażanie płciowe poprzez askospory lub bezpłciowe przez konidia. Do tej klasy należą m.in. Neurospra, Penicillium. Mucor racemous Aspergillus fumigatus Penicillium chrysogenum
Basidomycetes – podstawczaki Grzyby jednokomórkowe lub rozgałęzione. Rozmnażanie płciowe poprzez basidospory lub bezpłciowe poprzez konidia. Do tej klasy należą grzyby kapeluszowe. Deuteromycetes – grzyby niedoskonałe Grzyby jednokomórkowe lub rozgałęzione. Cecha charakterystyczna – brak rozmnażania płciowego. Amanita phalloides Candida albicans
Pierwotniaki Na poziomie komórkowym dość bliskie zwierzętom; Jednokomórkowce niefotosyntetyzujące; Brak ściany komórkowej; Rozmnażanie wegetatywne (podział) lub seksualne poprzez połączenie haploidalnych gamet; Główne znaczenie: czynnik etiologiczny chorób infekcyjnych po spożyciu wody oraz w aerobowym oczyszczaniu ścieków Paramecium
Metody pomiaru ilości biomasy lub liczby komórek • Określenie wilgotnej lub suchej masy • Określenie objętości upakowanej biomasy • Pomiar gęstości optycznej zawiesiny komórek • Cytometria przepływowa • Hemocytometria • Licznik Coultera • Określenie CFU metodą posiewową lub poprzez wybarwienier
Metody analizy in situ populacji drobnoustrojów • Mikroskopia elektronowa i konfokalna (CLSM) • Testy ELISA • Analiza lipidów (PLFA) • Analiza rRNA • Technologia PCR • In situ hybrydyzacja
Mikroskopia konfokalna Optyczne cięcie sfery przez płaszczyzny konfokalne Obraz CSLM matrycy kolagenowej z rosnącymi fibroblastami wybarwionymi fluorescencyjnymi przeciwciałami rozpoznającymi tubulinę W technice CSLM próbka naświetlana jest spolaryzowanym promieniem lasera podawanym pod różnymi kątami. Emitowana fluorescencja jest poddawana „filtracji” w szczelinie dla wyeliminowania promieniowania pochodzącego z innych płaszczyzn. W efekcie otrzymuje się serię obrazów dla kilkudziesięciu płaszczyzn, których suma daje praktycznie trójwymiarowy obraz próbki. Zasada działania konfokalnego mikroskopu skanującego
Testy ELISA • Zasada: • Otrzymuje się przeciwciała rozpoznające • antygeny obecne w ścianach komórkowych • drobnoustrojów. • Konstruuje się koniugaty przeciwciał • z markerami fluorescencyjnymi • Koniugaty immobilizuje się w studzienkach • mikropłytek • Do studzienek dodaje się próbki • Odmywa się komórki niezwiązane • Mierzy się intensywność afektu optycznego, • który jest miarą ilości komórek danego gatunku • obecnych w próbce
Analiza lipidów (PLFA) Ekstrakcja składników lipidowych z próbek środowiskowych
Analiza rRNA Ekstrakcja kwasów nukleinowych z próbek środowiskowych w celu izolacji i identyfikacji sekwencji rRNA
In situ hybrydyzacja Obraz populacji drobnoustrojów w biofilmie uzyskany w wyniku zastosowania techniki FISH
Podział drobnoustrojów w zależności od optymalnych temperatur wzrostu
Wpływ obecności tlenu na wzrost różnych grup drobnoustrojów