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Clonaggio funzionale Clonaggio posizionale

Clonaggio funzionale Clonaggio posizionale Conoscenza proteina Malattia genetica Determinazione sequenza aminoac. Mappatura genetica con marcatori polimorfici Deduzione sequenza nucleotidica Identificazione cloni genomici

dani
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Clonaggio funzionale Clonaggio posizionale

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Presentation Transcript

  1. Clonaggio funzionale Clonaggio posizionale Conoscenza proteina Malattia genetica Determinazione sequenza aminoac. Mappatura genetica con marcatori polimorfici Deduzione sequenza nucleotidica Identificazione cloni genomici che coprono il sito mappato Sintesi sonda oligonucleotidica Ricerca del gene (varie tecniche) Isolamento clone di cDNA Deduzione della struttura aminoac. Isolamento clone genomico Ricerca mutazioni nucleotidiche nelle famiglie affette Caratterizzazione clone genomico Ricerca funzione proteica Ricerca di mutazioni nucleotidiche

  2. MARCATORI GENETICI Un marcatore genetico è paragonabile ad un cartellino colorato che serve a “marcare” gli individui in un pedigree. Un marcatore genetico per essere tale deve essere polimorfico ed i suoi diversi alleli possono essere utilizzati per seguire la segregazione di alleli per un altro gene quando si effettuano incroci.

  3. TIPI DI MARCATORI POLIMORFICI - Polimorfismi immunologici (es: gruppi sanguigni, rilevabili con tecniche sierologiche) - Polimorfismi genetici a livello proteico (rilevabili attraverso l’elettroforesi ed altre tecniche di caratterizzazione degli isozimi) - Polimorfismi genetici a livello del DNA

  4. VARIABILITA’ GENETICA SEMPLICE POLIMORFISMO: presenza di 2 o più fenotipi alternativi (morfi) a trasmissione mendeliana MORFI: generalmente determinati da alleli diversi ereditati in modo mendeliano POLIMORFISMO GENETICO Carattere monogenico presente in una popolazione con una frequenza  1% ETEROZIGOSITA’ (H) f(A) = p f(B) = q H = 2pq H aumenta in relazione al numero di alleli del locus

  5. TIPI DI MARCATORI GENETICI NELL’UOMO Tipo di marcatore n° loci Caratteristiche Gruppi sanguigni  20 sangue fresco, dominanza 1910-1960 Varianti proteiche  30 siero fresco, saggi specialistici, 1960-1975 polimorfismo limitato RFLP del DNA >105 2 alleli, eterozigosità massima 0,5 1975- VNTR del DNA >104 Molti alleli, altamente informativi (minisatelliti) 1985- VNTR del DNA >105 Molti alleli, altamente informativi (microsatelliti) 1989- SNP del DNA >106 Meno informativi dei microsatelliti 1998-

  6. LIVELLO DI POLIMORFISMO • - Eterozigosità • - Contenuto d’informazione del polimorfismo (Polymorphism Information Content = PIC) • TASSO DI MUTAZIONE • Singola Sostituzione Nucleotidica (SNS):  10-9 • Variable Number of Tandem Repeat (VNTR): minisatelliti 10-2 - 10-3 • microsatelliti 10-3 - 10-4 • Il genoma è un serbatoio potenziale di polimorfismi così vasto da consentire di individuare i marcatori più adatti per affrontare un ampio spettro di problematiche della genetica delle popolazioni umane.

  7. MAPPAGGIO GENETICO DEI CARATTERI MENDELIANI 1 2 Analisi della segregazione degli alleli per il locus A e degli alleli del locus B Dalle meiosi di II-1 è possibile stabilire: 5 combinazioni parentali e 2 ricombinanti Dopo quante meiosi si può stabilire se i loci A e B sono associati o indipendenti?

  8. LA MAPPATURA GENETICA PRIMA DEI MARCATORI MOLECOLARI DEL DNA Gruppi di associazione con loci (marcatori proteici) noti: ABO - adenilatochinasi ABO - sindrome unghia- rotula Duffy - cataratta congenita Rh - ellissocitosi Collinesterasi - transferrina Lutheran - secretore G6PD - emofilia G6PD - daltonismo A1 Y A1 /A2 D D/d c A2 = Allele enzimopenia G6PD A2 Y A2 Y A1 Y D D d d = allele daltonismo

  9. A1 A1 A1 A2 A2 A2 A1 A2 A1 A2 A1 A2 B) NON INFORMATIVA La figlia può aver ereditato A1 dal padre e A2 dalla madre o viceversa MEIOSI INFORMATIVE E NON INFORMATIVE A) NON INFORMATIVA Gli alleli del marcatore in omozigosi nel padre non possono essere distinti

  10. A1 A2 A1 A2 A1 A2 A3 A4 A1 A1 A1 A4 MEIOSI INFORMATIVE E NON INFORMATIVE C) INFORMATIVA La figlia ha ereditato A1 dal padre (fratria A1 A1 alternativa a A1 A2 della famiglia B) D) INFORMATIVA La figlia ha ereditato A1 dal padre

  11. UNA MEIOSI E’ INFORMATIVA, OVVERO UTILE PER GLI STUDI DI ASSOCIAZIONE (LINKAGE), QUANDO SI PUO’ IDENTIFICARE LA FASE DEI 2 LOCI E QUINDI STABILIRE SE IL GAMETE E’ O MENO RICOMBINANTE PERCHE’ LA MEIOSI SIA INFORMATIVA IL GENITORE DEVE ESSERE DOPPIO ETEROZIGOTE PER I DUE LOCI Es: locus malattia: Allele normale (+)/Allele mutato (-) marcatore: A1/A2

  12. Marcatore Alleli (Frequenze H PIC alleliche) A 1 0 0 A 2 (0,5; 0,5) 0,50 0,375 A 2 (0,4; 0,6) 0,48 0,365 A 2 (0,3; 0,7) 0,42 0,332 A 2 (0,1; 0,9) 0,18 0,164 A 4 (0,25;0,25;0,25; 0,25) 0,75 0,703 A 10 (tutti = 0,1) 0,90 0,891 X 2 (0,5; 0,5) 0,5 0,5 X 4 (0,25;0,25;0,25; 0,25) 0,75 0,75

  13. MAPPATURA GENETICA A DUE PUNTI 1) Raccolta famiglie con diagnosi certa di una specifica malattia il cui locus genico è ignoto 2) Costruzione degli alberi genealogici di tutte le famiglie 3) Determinazione del genotipo di tutti gli individui per uno o più marcatori polimorfici 4) Se la famiglia è informativa, si classificano gli individui in ricombinanti o non ricombinanti tra il locus della malattia ed il marcatore analizzato ………

  14. MAPPAGGIO GENETICO DEI CARATTERI MENDELIANI 1 2 Dalle meiosi paterni: i loci A e B sono indipendenti o associati? Non si possono classificare II-2 e tutti gli individui della III generazione rispetto a II-2 (omozigote A1A1B1B1)

  15. Sacchetto con monete di tre possibili tipi: TT (monete con T su entrambe le facce), oppure TC, oppure CC 4 lanci: T, T, T, T E’ possibile capire da che tipo di monete è fatto il sacchetto? Ipotesi che siano CC = Scartata Ipotesi possibili: A: che siano TT B: che siano TC Se non si fossero fatti lanci Ipotesi A: Ipotesi B 1:1 Si intende per VEROSIMIGLIANZA di un’ipotesi A, rispetto ad una serie di fatti che costituiscono il risultato R, la probabilità con cui si sarebbe verificato R se A fosse stata vera.

  16. Si confrontano le VEROSIMIGLIANZE di tutte le ipotesi per accertare se una è risultata MOLTO PIU’ VEROSIMILE delle altre Verosimiglianza dell’Ipotesi A = 1 (che siano TT) Verosimiglianza dell’ipotesi B = (1/2)4 = 1/16 1 Rapporto -------- = 16 :1 1/16 Quanti lanci bisogna fare prima di assumere che siano TT? Si decide una soglia per 2 motivi: 1) ridurre al minimo i casi in cui si accetta per buona un’ipotesi che invece è sbagliata; 2) ridurre al minimo i casi in cui si lascia senza risposta il problema in esame

  17. R NR NR NR NR NR UN ESEMPIO DI CALCOLO DI LOD SCORE Caso in cui II 1 ha fase nota Probabilità di meiosi ricombinante =  Probabilità di meiosi non ricombinante = (1- ) Probabilità 5 NR e 1R = (1- )5 x 1 Probabilità totale in assenza di associazione = (0,5)6 = (1/2)6 Rapporto della verosimiglianza =(1-)5 x  1 / (1/2)6 (1-)5 x  1 Lod score Z = log10--------------------- (1/2)6  0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 Z -  0,577 0,623 0,509 0,299 0

  18. LE CURVE DEI LOD SCORE Z = lod score 1000 Z = log 10 -------- = 3 (p=0,05) 1 Z> 3 EVIDENZA DI LINKAGE 1 Z = log 10 -------- = - 2 100 Z< - 2 ESCLUSIONE DI LINKAGE 3 > Z > - 2 NON CONCLUSIVI PER IL LINKAGE SENZA RICOMBINANTI MASSIMO DI LOD SCORE E’ PER  = 0 INTERVALLO DI CONFIDENZA (95%): LOD SCORE - 1 es. curva 2 max lod score = 3.7 per  = 0.23 limiti fiduciali: 0.17 - 0.32

  19. (1-)5 x  1 Lod score Z = log10--------------------- (1/2)6  0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 Z -  0,577 0,623 0,509 0,299 0

  20. (1-)5 x  1 (1-) 1 x  5 Z = log10--------------------- + --------------------- (1/2)6 (1/2)6  0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 Z -  0,276 0,323 0,222 0,074 0

  21. MAPPATURA GENETICA A DUE PUNTI 1) Raccolta famiglie con diagnosi certa di una specifica malattia il cui locus genico è ignoto 2) Costruzione degli alberi genealogici di tutte le famiglie 3) Determinazione del genotipo di tutti gli individui per uno o più marcatori polimorfici 4) Se la famiglia è informativa, si classificano gli individui in ricombinanti o non ricombinanti tra il locus della malattia ed il marcatore analizzato ………

  22. MAPPATURA GENETICA A DUE PUNTI ...... 5) Nel caso di meiosi non informative non è possibile stabilire con certezza gli individui ricombinanti e non ricombinanti e quindi se i due loci sono associati 6) Estensione della tipizzazione a più famiglie Come si stabilisce se i due loci sono associati? 7) Analisi dell’associazione tra il marcatore ed il locus attraverso il calcolo del lod score per ogni singola famiglia 8) Valutazione del lod score complessivo e utilizzazione del criterio statistico per decidere l’associazione o l’esclusione di associazione

  23. STIMA DELLA DISTANZA GENETICA TRA MARCATORI 1 2 Rispetto alla combinazione parentale (II-1): 5 NR, 2 R Frequenza di ricombinazione = 2/7 = 28,6%

  24. Esempio di analisi di associazione tra marker M e malattia AD Stima della frequenza di ricombinazione = 2/6 = 0,33

  25. IL LINKAGE A DUE O PIU’ PUNTI E’ ESSENZIALE PER LA COSTRUZIONE DELLE MAPPE MARCATORE - MARCATORE QUESTO E’ STATO OTTENUTO CON: - COLLEZIONE DI FAMIGLIE CON STRUTTURA IDEALE RACCOLTE A QUESTO SCOPO DAL CEPH DI PARIGI (CENTRE POUR L’ETUDE DES POLYMORPHISMES HUMAINES): 40 famiglie con 3 generazioni e almeno 6 figli) - ANALISI DI MARCATORI POLIMORFICI (SOPRATTUTTO MICROSATELLITI) LOCALIZZATI SU TUTTI I CROMOSOMI IN FAMIGLIE CEPH ED ISTITUZIONE DI UNA BANCA DATI - DETERMINAZIONE DELL’ORDINE DEI LOCI NELLE MAPPE MARCATORE – MARCATORE E DEFINIZIONE DELLE DISTANZE IN CENTIMORGAN

  26. ESEMPIO DI FAMIGLIA CEPH

  27. IL PROGETTO GENOMA UMANO PER LA MAPPATURA DEL GENOMA UMANO SONO STATI UTILIZZATI NUMEROSISSIMI MARCATORI POLIMORFICI (RFLP E VNTR), NON NECESSARIAMENTE CORRELATI A GENI ESPRESSI, CON MODALITA’ DI TRASMISSIONE MENDELIANA Utilizzi: 1) Mappatura genetica di loci sconosciuti responsabili di malattie genetiche; 2) Clonaggio genico; 3) Diagnosi prenatale e presintomatica. 23 GRUPPI DI ASSOCIAZIONE (22 AUTOSOMI E CROMOSOMA X)

  28. Mappatura fisica bassa risoluzione Sequenziamento del gene Mappatura genetica Mappatura del trascritto Mappatura fisica alta risoluzione

  29. Associazione (linkage) tra il locus A e il locus ignoto in 3 famiglie con la stessa patologia A2 A3 A2 A3 A1 A2 A3 A2 D d D d d d d d A1 A2 A3 A3 A2 A3 A2 A3 A1 A2 A3 A3 D d d d D d D d D d d d A2 A3 A2 A4 D d d d A2 A4 A2 A4 A3 A2 A3 A2 d d D d d d D d

  30. STIMA DELLA RELAZIONE TRA DISTANZA GENETICA E FISICA Stima della distanza genetica totale nella specie umana: somma della lunghezza totale dei cromosomi ottenuta dalla mappatura genetica attraverso meiosi di origine paterna o materna = 2644 cM (maschio) = 4481 cM (femmina) Per 3000 Mb = 3 x 10 9 bp di genoma Maschio 1 cM = 1.13 Mb = 1.13 x 106 bp Femmina 1 cM = 0.67 Mb = 0.67 x 106 bp Media : 1 cM = 0.9 Mb = 0.9 x 106 bp

  31. Il tasso di ricombinazione non è identico lungo il cromosoma

  32. La distribuzione dei ricombinanti lungo il cromosoma non è casuale e dipende dal sesso

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