DIAGNOSTIC DES INFECTIONS UROGENITALES le point de vue du bactériologiste

1. DIAGNOSTIC DES INFECTIONS UROGENITALESle point de vue du bactériologiste 2005 Dr O. BELLON Centre hospitalier du Pays d ’Aix

2. Stratégie • Quand prélever ? • comment prélever ? • comment analyser ? • que faire du résultat ?

3. prélèvements de sécrétions et exsudatsgénitaux ou anogénitaux • Contextepour la détection de certains microorganismesresponsables d’infections diverses. • Les infections virales, en particulier herpétiques,et à papillomavirus présentent une grande importance

4. Chez la femme • Ces microorganismes sont responsables • de cervicite, • de vulvovaginite, • d’uréthrite, • d’anite, • d’ulcères anogénitaux, • d’infections des glandes de Bartholin ou, • en fin de grossesse, du portage d’une bactérie potentiellement pathogène pour la mère et/ou l’enfantavant ou au moment de l’accouchement, en particulier le streptocoque du groupe B entre la 34e et la 38esemaine d’aménorrhée.

5. Chez l’homme • Ces microorganismes sont responsables • d’uréthrite, • d’épididymite, • de prostatite, • d’anite, • ou d’ulcères anogénitaux.

6. Dans les deux sexes • exploration • d’une hypofertilité • ou d’une arthrite. • Certaines de ces infections • sont sexuellement transmissibles • nécessitent l’examen du ou des partenaires sexuels.

7. objectifs • Identifier les germes pathogènes parmi les commensaux de la flore génitale normale • Prévenir, chez la femme enceinte, les infections maternofoetales • Diagnostiquer les infections du tractus génital et les vaginoses développées à partir de la flore commensale ; • Diagnostiquer les infections sexuellement transmises (IST) • Participer à la prévention des IST avec l’examen du ou des partenaires et la déclaration de ces maladies ; • Apporter une aide au traitement antibiotique ; • Assurer le suivi du traitement et le contrôle de laguérison.

8. Prélèvements • conditionnent la pertinence des résultats bactériologiques. • qualité des prélèvements, • effectués autant que possible au laboratoire, • renseignements cliniques • Par exemple, l’aspect et l’odeur de la leucorrhée sont évocateursd’une vaginose ou d’une candidose. • recueillir un maximum de sérosité et de cellules. • Chez la femme, éviter les contaminations de l’échantillon par les germes du bas appareil. • Les sites anatomiques susceptibles de contenir des bactéries plus fragiles (gonocoques, Chlamydia) doiventêtre prélevés, à l’aide d’écouvillons à extrémité en dacron ou en alginate placés dans un milieu de transport.

9. Prélèvements dans les deux sexes • En présence d’une uréthrite • Pour la recherche de gonocoque, prélever le pus uréthral à l’écouvillon en dacron ou en alginate et le placer dans un milieu de transport de type Stuart. • Pour la recherche de C. trachomatis, • utiliser un écouvillon ayant une extrémité plastique sous forme d’ogive rainurée ou une brosse stérile (chez la femme) • ou un écouvillon en dacron ou en alginate monté sur tige plastique (chez l’homme et la femme). • Si le laboratoire utilise des techniques d’amplification génique in vitro pour la détection de C. trachomatis, la recherche de ces bactéries peut aussi s’effectuer sur le premier jet d’urines (10 premiers ml) obtenues sans toilette de désinfection préalable.

10. ulcération anogénitale • Pour la recherche de syphilis • chancre induré, indolore avec adénopathie satellite, • les sérosités du fond de l’ulcère seront éliminées avec un tampon imbibé d’eau physiologique stérile. • De la sérosité sera recueillie par grattage léger au niveau de la base ou des bords de l’ulcère avec un vaccinostyle, une anse, une curette ou un écouvillon en prenant soin de ne pas faire saigner. • Cette sérosité sera immédiatement déchargée dans une petite goutte d’eau physiologique placée sur une lame de verre et recouverte d’une lamelle pour examen microscopique extemporané. • Sérologie +++++ • Pour la recherche d’une maladie de Ducrey • ulcération purulente, à bords décollés, douloureuse avec une adénopathie inguinale douloureuse, isolée dans la moitié des cas • écouvillonnage base ou les bords de la lésion. La lésion aura été préparée comme pour la recherche d’une syphilis. • Pour ces deux types d’infections, des biopsies ou des ponctions du bubon satellite pourront être réalisées

11. divers • En présence de pustules • La meilleure technique de prélèvement est le recueil du contenu à la seringue ou à l’écouvillon. • En présence d’un granulome inguinal • Pour la recherche d’une donovanose, un grattage des tissus situés sous la couche épithéliale sera réalisé et placé sur une lame de verre pour coloration.

12. Prélèvements du tractus génital chez la femme (enceinte ou non) • Chez la femme, les prélèvements génitaux se font sous spéculum avec un éclairage adapté. • Recherche de cervicite due à une IST • recherche de gonocoque, • recherche de C. trachomatis, • La recherche de gonocoque et de C. trachomatis doit être systématique en cas de cervicite en raison du portage asymptomatique decette bactérie chez la femme jeune. La présencede ces bactéries peut même n’occasionneraucune cervicite.

13. Prélèvements du tractus génital chez la femme (enceinte ou non) • Chez la femme, les prélèvements génitaux se font sous spéculum avec un éclairage adapté. • En présence d’une leucorrhée ou d’une vulvovaginite • On procède à un écouvillonnage (extrémité en coton ou en dacron) des sécrétions des parois de la moitié inférieure du vagin jusqu’au vestibule et la vulve. • En présence d’une bartholinite • L’aspiration à la seringue du canal ou le prélèvement à l’écouvillon sont recommandés. • En présence d’une endométrite • Réaliser un prélèvement d’endocol (domaine du spécialiste) • Éventuellement réaliser une aspiration transcervicale par cathéter (domaine du spécialiste). • En cas de port d’un stériletéaliser l’examen bactériologique sur ce matériel (retiré sans toucher les parois du vagin) ou sur l’éventuel pus.

14. Prélèvements particuliers chez la femme enceinte • Streptococcus agalactiae • est recherché au niveau du tiers vaginal inférieur lors de la dernière consultation avant la date prévue pour l'accouchement (34-35e semaine). • Sa présence permet de mettre en place une antibiothérapie préventive au moment de l’accouchement. • En cas d’antécédents d’accouchement prématuréEffectuer un frottis vaginal à l’écouvillon de coton en début de grossesse pour la recherche systématique d’une vaginose. • Suspicion d’infection chorioamniotique ascendante • L'infection chorioamniotique ascendante commence par une colonisation de l'endocol.

15. Prélèvements génitaux masculins • En cas d’épididymite • Procéder à un écouvillonnage uréthral, à un prélèvement de sperme, ou au recueil du premier jeturinaire. • En cas de prostatite • Comme pour une suspicion d’épididymite, procéder à un écouvillonnage uréthral, à un prélèvement de sperme, ou au recueil du premier jet urinaire. • En outre, recueillir les sécrétions prostatiques après un éventuel massage prostatique et/ou le premier jet urinaire. • En cas d’orchite • Le meilleur matériel est le prélèvement d’abcès à la seringue (par le chirurgien). • On peut également mettre en évidence l’agent responsable dans le sperme. • Dans tous les cas, les prélèvements doivent permettre l’examen direct et l’ensemencement.

16. La coelioscopie • technique chirurgicale à visée diagnostique qui permet une exploration détaillée des organes du pelvis • péritoine, cul-de-sac de Douglas, côlon, appendice, cæcum, vessie • et des organes de la partie haute de l’appareil génital féminin : utérus, trompes, ovaires. • Lors de cet examen visuel, des prélèvements biopsiques, des brossages ou des aspirations par ponction sont réalisés à des fins cytopathologiques et microbiologiques. • prélèvements péritonéaux seront associés systématiquement à des prélèvements effectués soigneusement au niveau • de l’endocol, • de l’urèthre, • de l’endomètre (biopsie, dispositif intra-utérin) • et de l’anus ainsi qu’à une sérologie de Chlamydia trachomatis.

17. Le sperme • sécrétion stérile à l’état normal. • La recherche d’une bactérie, d’un champignon ou d’un virus permet le diagnostic étiologique d’une infection haute de la sphère génitale masculine. • Le sperme peut être contaminé par les germes pathogènes ou commensaux de l’urèthre distal. • Les infections génitales hautes se développent • à partir d’une infection génitale basse (uréthrite, sonde àdemeure). • Elles sont exceptionnellement d’origine hématogène ou lymphatique. • L’étude du sperme est indiquée dans toutes les infections génitales hautes. • Elle complète les examens cytobactériologiques des urines, • des sécrétions prostatiques • des prélèvements uréthraux (en particulier dans les uréthrites chroniques).

18. Transport des prélèvements • ils doivent être transportés • Rapidement • dans des milieux de transport appropriés • indispensablepour la recherche • de gonocoque, • de Chlamydia trachomatis, • de mycoplasmes.

19. Examen bactériologique • renseignements cliniques et épidémiologiques, • description de la localisation des lésions et de leuraspect • Cette orientation se traduit par le choix des techniques diagnostiques mises enoeuvre: • examen cytobactériologique, • culture enconditions particulières, • techniques de biologie moléculaire • examen sérologique. • Les recherches de Chlamydia et de Mycoplasma peuvent s’effectuer sur les urines du 1er jet, sur lesperme et sur tous les échantillons obtenus par écouvillonnage des muqueuses.

20. Vaginites, uréthrites et cervicites • L’examen microscopique à l’état frais, • permet d’observer la présencede Trichomonas vaginalis ou de Candidaalbicans , « clue-cells) est spécifique des vaginoses. • La coloration de Gram permet le diagnostic de candidose à C. albicans et surtout d’étudier la flore bactérienne vaginale et son équilibre.•  Vaginites • C. albicans,T. vaginalis. • Il est important de savoir que C. albicans peut exister chez des femmes totalementasymptomatiques. • Vaginoses • présence de sécrétions homogènes dites « grisâtres », • odeur d’amines de poisson renforcée par la potasse (test à la potasse), • pH > 4,5, • présence de « clue-cells »

21. Culture • Culture dépendante de la qualité du prélèvement • La culture est impossible pour T. pallidum, très difficilepour H. ducreyi (milieux riches sélectifs) etC. granulomatis.   • Sur prescription explicite, d’autres cultures sontmises en oeuvre : Milieux pour mycobactéries pour larecherche de tuberculose de l’endomètre oude l’épididyme. • antibiogramme

22. Interprétation des résultats des cultures • L’interprétation dépend de la nature des bactéries isolées et du contexte clinique. • En particulier, dans les uréthrites, cervicites et vaginites, les espèces bactériennes saprophytes ne seront considérées comme potentiellement pathogènes que si elles sont présentes en quantitéimportante et en flore unique, notamment en l’absence de lactobacilles dans le cas des vaginites. • D’autres bacilles à Gram négatif (Pseudomonas spp.) peuvent exceptionnellement être isolés chez des patientes colonisées notamment à partir de produits de toilette contaminés.

23. Conclusion • En dehors des cas où la bactériologie met en évidenceun agent pathogène spécifique en culture pure,l’interprétation des examens des prélèvements génitauxest toujours difficile, en particulier chez lafemme, du fait de l’abondance et de la variété de laflore bactérienne du bas appareil génital.

24. L’infection du tractus urinaire (ITU) • est une des infections les plus fréquentes • Cela explique que l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) soit une des analyses microbiologiques les plus demandées. • Son apparente simplicité d’exécution ne doit pas faire oublier qu’il convient de respecter en toute circonstance une méthodologie rigoureuse.

25.  l’ECBU • Savoir réaliser l'ECBU dans ses différentes étapes ; • Etre capable d'interpréter les résultats de l'ECBU en toute circonstance. • Connaître les différentes circonstances anatomocliniques influant sur la conduite méthodologique. • Certaines circonstances influent sur le recueil et/ou les instructions techniques et/ou l'interprétation des résultats microbiologiques. • Patient sondé à demeure ; • • Nourrisson ; • Urétérostomie ; • Immunodéprimé ; • Recherche de mycobactéries ;.

26. Nourrisson • Chez le petit enfant, on doit utiliser un collecteur stérile spécifique. • Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se pose après désinfection soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 20 à30 minutes. • Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un collecteurneuf. • Dès la miction terminée, le collecteur est ôté et les urines sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis acheminées rapidement vers le laboratoire.

27. Urétérostomie (sans sonde) • Après nettoyage soigneux de la stomie, on met en place un collecteur stérile et l'on procède comme pour le nourrisson.

28. Recherche de mycobactéries • Cet examen de seconde intention • exécuté sur prescription spécifique ultérieure au vu des premiers résultats de la recherche de bactéries banales, • doit être effectuée • sur la totalité de la première miction du matin, • trois jours de suite • Après restriction hydrique.

29. Recueil des urines chez le patient incontinent • Le recueil d’urines par sondage urinaire • à l’aide d’une sonde de petit calibre • n’est acceptable que chez la femme si le recueil des urines lors de la miction st impossible. • Même chez la femme incontinente, e cathétérisme n’est pas indispensable et un prélèvement après toilette génitale soigneuse peut etre considéré comme acceptable. • Chez l’homme, afin d’éviter les prostatites, on préférera e recueil par collecteur pénien propre, voire par cathétérisme sus-pubien en cas de rétention d’urine.

30. Circonstances particulière • Urines du premier jet (après éventuel massage prostatique)Ce mode de prélèvement est intéressant en cas de uspicion d'infection uréthrale ou prostatique. Il eut être aussi utilisé pour la recherche de mycoplasmes u de Chlamydia trachomatis par diagnostic énotypique..

31. Examen cytobactériologique • Examen cytologique • Aspect quantitatif • on dénombre les différents éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. • Leur nombre est rapporté au millilitre. • Aspect qualitatif • En cas d'infection urinaire, le processus inflammatoire e traduit par la présence de : • ≥ 104 leucocytes / ml, parfois en amas ; • ≥ 104 hématies / ml, témoins de microhémorragies; • cellules du revêtement urothélial.

32. criblage rapide par bandelettes • "au lit du malade ». • une valeur prédictivenégative de 95% chez le patient non sondé. • Cette méthode de dépistage n’est pas utilisable chez es patients sondés du fait de la présence habituelle • utilisable chez les patients avec une vessie neurologique ui présentent une leucocyturie chronique.

33. Mise en culture • Dénombrement des microorganismes • L'évaluation quantitative de la bactériurie peuts'opérer par • dilution des urines • ou par techniquede l'anse calibrée • ou parméthode de la lame immergée. • Après 24 h d’incubation, voire 48 h • si nécessaire, • Identification et antibiogramme

34. Interprétation • renseignements concernant • la clinique, • prélèvement • et le transport • Bactériurie- < 103 CFU / ml : absence d'infection ;- > 105 CFU / ml : infection probable ;- Entre 103 et 105 CFU/ml : zone d'incertitude • En théorie, l’interprétation • s’effectue en prenant encompte la combinaison des quatre paramètres : • Bactériuriequantitative, • leucocyturie quantitative, • Symptômesurinaires • et pathogénicité reconnue de lasouche isolée.

35. Quand prélever • Sonde urinaire • ne pas prélever la sonde • prélever les urines CORRECTEMENT • prélèvement le plus fréquent • banalisé • souvent mal fait

36. Quand prélever • Sonde urinaire • colonisation rapide • variable avec la matériau • latex • silicone • contamination rétrograde • pose • après la pose • système non clos, sans valve anti-retour

37. Bonnes pratiques de prélèvement • Urine • jamais dans le sac collecteur • ne pas rompre le système clos • ponction au niveau de la sonde • site de prélèvement • ponction de la sonde • désinfection du point de prélèvement +++ • recueillir l ’urine au changement de sonde +++ • ponction sus-pubienne • problème des sondes d ’urétérostomies

38. Bonnes pratiques de prélèvement • Urine • apport rapide dans le laboratoire • multiplication +++ à température ambiante • X 10 en 1H • X 100 en 2H ……….. À 37°C • conserver à 4°C mais problème du pyocyanique • noter tous les éléments nécessaires au biologiste +++++ • CBU sur sonde : cotation différente

39. Analyses au laboratoire • Urines : • numération des cellules • leucocytes • hématies • cristaux • cylindres • culture avec numération (compte de KASS • lame immergée • 10 microlitres ou 1 microlitre • germes banaux

40. Interprétations :urines • Classiquement en fonction : • nombre de leucocytes • numération des germes • < 1000/ mL • > 100 000/ mL • nombre d ’espèces isolées • mono, bi, tri ou plus • clinique

41. Interprétations :urines • Nombre de leucocytes • non utilisable en cas de sonde : leucocyturie réactionnelle • Nombre de bactéries et d ’espèces • <10 000 : pas d ’infection • >100 000 et un seul type : INFECTION • avec ou sans signes cliniques • >100 000 et plus d ’un type : • INFECTION avec signes cliniques • pas d ’infection sans signes cliniques

43. Interprétations :urines • Signes cliniques • symptomatologie urinaire • patente • dysurie • pollakiurie • pesanteur vésicale • hématurie macroscopique • évocatrice • incontinence • douleur lombaire • hyperthermie

44. Interprétations :urines • Signes cliniques • symptomatologie trompeuse • protéinurie • personne âgée • nourrisson • diabétique • cas des CBU systématiques • femme enceinte • bilan pré-opératoire • contrôle post-thérapeutique

45. Interprétations :urines • Cas particuliers • pyélostomies, urétérostomies • <100 UFC/mL : pas d ’infection • >100 UFC/mL plus de deux types de germes : pas d ’infection • >100 UFC/mL un ou deux types : INFECTION • ponction sus-pubienne • >10 UFC/mL une ou deux espèces : INFECTION • plus de deux germes : pas d ’infection

46. Interprétations :urines • ATTENTION +++++ numérations valables uniquement si : • conditions de prélèvement aseptiques ++++ • transport rapide au laboratoire • ensemencement rapide au niveau du laboratoire • notion de sondage explicitement donnée au laboratoire

47. Conclusions • Ne prélever que si c ’ est nécessaire • respecter les conditions de prélèvement et de transport • analyser et interpréter en fonction de la clinique • étudier à mauvais escient peut entraîner des erreurs de diagnostic • un traitement antibiotique non nécessaire peut être dangereux pour le patient et/ou l ’environnement (population)