1 / 58

Asam Nukleat

Asam Nukleat. MK Biokimia i. DNA dan RNA. Suatu rantai polimer , dimana unit-unit monomernya dihubungkan dengan ikatan kovalen Masing-masing monomer mengandung gula 5-karbon ribosa pada RNA dan 2’-deoksiribosa pada DNA

fathi
Download Presentation

Asam Nukleat

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. AsamNukleat MK Biokimiai

  2. DNA dan RNA Suaturantaipolimer, dimana unit-unit monomernyadihubungkandenganikatankovalen Masing-masing monomer mengandunggula 5-karbon ribosapada RNA dan 2’-deoksiribosa pada DNA Atom karbonditandaidenganaksen (1’, 2’, dst) untukmembedakannyadari atom-atom padabasa Unit monomer dihubungkanolehresidufosfat yang terikatpadahidroksilkarbon 5’ dari unit yang satudanhidroksil 3’ dari unit selanjutnya→ ikatanfosfodiester

  3. Struktur unit monomer RNA. PadaDNA, gugus OH padakarbon 2’ (warnamerah) digantidengan H.

  4. PenomoranpadainduksenyawadaribasapurindanpirimidinpadanukleotidadanasamnukleatPenomoranpadainduksenyawadaribasapurindanpirimidinpadanukleotidadanasamnukleat

  5. Basa-basautamapurindanpirimidindariasamnukleat.

  6. Konformasiribosadalamlarutan Bentukrantailurus(aldehida) dancincin (-furanose) dariribosabebasberadadalamkesetimbangan. DNA dan RNA hanyamengandungbentukcincin

  7. Basapurindanpirimidinterikatpadagularibosaataudeoksiribosapadakarbon 1’. Untukpurin, pengikatanterjadipada nitogen-9 danpirimidinpada nitrogen-9 Ikatanantarakarbon 1’ dariguladanbasa nitrogen dirujuksebagaiiakatanglikosidik Turunandari adduct gula-basa (nukleosida) yang termonofosforilasi 5’ disebutnukleotida (nukleosida 5’-monofosfat)

  8. Ikatanfosfodiesterpada backbone kovalen DNA danRNA. Residuguladihubungkandenganikatanfosfodiester yang sangat polar membentuk backbone darimolekul DNA dan RNA

  9. Sifat-sifatNukleotida Pirimidindanpurinbebasadalahbasalemah Pirimidindanpurinpada DNA dan RNA merupakanmolekulterkonyugasi→ mengabsorpsicahaya UV padaλdekat 260 nm Basapirimidindanpurinbersifathidrofobikdansedikitlarutdalam air pada pH sekitarnetral, pada pH asamataubasamenjadibermuatandankelarutanmeningkat. Interaksipenumpukan (stacking) hidrofobikparalelbidangcincinmelibatkaninteraksi van derwaalsdandipol-dipoldiantarabasa.

  10. Penumpukanbasamembantumeminimalkankontakbasadengan air, daninteraksiinimembantumnestabilkanstruktur 3 dimensiasamnukleat. Gugus-gugusfungsiterpentingpadapirimidindanpurinadalah nitrogen cincin, karbonil, dan amino eksosiklik. Ikatanhidrogen yang melibatkangugus amino dankarbonilmerupakan mode interaksipentingkeduadiantarabasa-basa. Ikatanhidrogenantarbasamenyebabkanhubungankomplementerpada 2 untairantaipolipeptida.

  11. Spektrumabsorpsidarinukleotida.

  12. Polaikatanhidrogenpadabasa yang diusulkanoleh Watson and Crick. Ikatanhidrogenditunjukkanolehtigagarisbiru

  13. Hidrolisis RNA padakondisibasa

  14. Struktur primer polinukleotida Rantaipolinukleotidamemiliki sense ataupunyaarah: ujungfosfat 5’ danujung OH 3’ Sifatindividurantaipolinukleotidaditentukanolehurutanbasa-basanya, yaituurutannukleotida. Urutaninidisebutstruktur primer dariasamnukleat Informasigenetikdisimpandalamstruktur primer DNA. Konvensipenulisanurutanrantainukleotida: ujung 5’ disebelahkiridanujung 3’ dikanan.

  15. Struktur primer DNA dan RNA

  16. Model Watson-Crick untukstruktur DNA

  17. Pita komplemenpada DNA untaiganda (DNA double helix). Pita DNA anti paralel yang komplemenmengikutiaturanpemasangan yang diusulkanolehWatson and Crick.

  18. Replikasi DNA yang disarankanolehWatson and Crick. Untai “induk” menjaditerpisahdanmasing-masingmenjadi template (cetakan) untukbiosintesisuntai “anak” yang komplemen (warnamerah)

  19. Variasistrukturalpada DNA.

  20. Comparison of A, B, and Z forms of DNA.

  21. Comparison of A, B, and Z forms of DNA.

  22. Palindromes and mirror repeats.

  23. Palindromic DNA (or RNA) Sequences: Hairpins and cruciforms (a) When only a single DNA (or RNA) strand is involved, the structure is called a hairpin.

  24. (b) When both strands of a duplex DNA are involved, it is called a cruciform. Blue shading highlights asymmetric sequences that can pair with the complementary sequence either in the same strand or in the complementary strand.

  25. H-DNA.

  26. Typical right-handed stacking pattern of single stranded RNA. The bases are shown in gray, the phosphate atoms in yellow, and the riboses and phosphate oxygens in green.

  27. Secondary structure of RNAs.

  28. The paired regions generally have an A-form right-handed helix, as shown for a hairpin

  29. Base-paired helical structures in an RNA

  30. Struktur 3-dimensi RNA.

  31. Denaturasidanannealing(renaturasi) reversibelpada DNA

  32. KurvaDenaturasi DNA karenapanasdariduaspesimen DNA The temperature at the midpoint of the transition (tm) is the melting point; it depends on pH and ionic strength and on the size and base composition of the DNA.

  33. Hubunganantara tm dankandungan GC pada DNA

  34. DNA yang terdenaturasisecaraparsial.

  35. Some well-characterized nonenzymatic reactions of nucleotides.

  36. Some well-characterized nonenzymatic reactions of nucleotides.

  37. Pembentukandimerpirimidin yang diinduksisinar UV

  38. Chemical agents that cause DNA damage. (a) Precursors of nitrous acid, which promotes deamination reactions. (b) Alkylating agents.

  39. Sekuensing DNA denganmetode Sanger.

  40. Strategy for automating DNA sequencing reactions.

More Related