Proteiners tredimensionale struktur

1. Proteiners tredimensionale struktur Strukturnivåer

2. Proteinstruktur beskrives på fire nivåer 2 3 4 1

3. Primærstruktur Primærstruktur: aminosyresekvensen, disulfidbroer, prostetiske grupper Alt som er kovalent bundet • Aminosyresekvensen fra N-terminal til C-terminal • Disulfidbroer • Prostetiske grupper Gly-Ala-Val-Phe-Tyr-Leu-Ser-His-Glu-Thr-Cys-Lys-Thr-Ala S S Tyr-Leu-Ser-His- Gly-Ala-Val-Phe-Thr-Gly-Cys- Arg-Asp

4. Sekundær struktur Sekundær struktur: hyppig forekommende romlig orientering av sammenhengende aminosyrer. Engasjerer peptidbindingenes dipoler i hydrogenbindinger

5. Noen proteiner har bare a-heliksstruktur

6. Noen proteiner har bare b-struktur

7. Noen proteiner har både a-heliks- og b-struktur

8. Tertiær struktur Tertiær struktur: polypeptidkjedens tredimensionale struktur, relasjoner mellom aminosyrer over stor avstand. Engasjerer sidekjedene i ikke-kovalente bindinger Hydrofobe aminosyrer i proteinets indre Hydrofile aminosyrer på proteinets overflate

9. Sekundær og tertiær struktur - et eksempel

10. Kvarternær struktur Kvarternær struktur: bare proteiner som består av flere poly-peptidkjeder, angir romlig orientering av subenhetene

11. Hemoglobin

12. Peptidbindingen dipol • Tillater ikke fri rotasjon • Karbonyloksygenet har partiell negativ ladning • Amid nitrogenet har partiell positiv ladning • Partiell dobbelt binding mellom karbonyl C-atomet og amid N-atomet • Peptidbindingen er stiv og plan • Alle atomer ligger i samme plan

13. Peptidbindingen • Fri rotasjon i bindingene til alle alfa C-atomer • Dreining av N-Ca bindingen merkes med f (phi) • Dreining av Ca-C bindingen merkes med y (psi)

14. Peptidbindingen • Sterisk hindring reduserer konformasjonsfriheten

15. Sekundær struktur Interaksjon mellom polypeptidkjedens aminosyrer fører til folding i noen karakteristiske strukturer Danner hyppigt forekommende foldingsmønstre som dekker deler av et protein. Hver aminosyre har en fastlagt posisjon i forhold til sine naboer. Disse er svært stabile og forekommer ofte • Alfa-heliks (hyppigst forekommende) • Beta-sheet • Beta bøy

16. Alfa-heliksen • Den enkleste konformasjon som en polypeptidkjede med stive peptidbindinger kan innta og samtidig oppnå maksimal dannelse av hydrogenbindinger • Heliksen stabiliseres av hydrogenbindinger • Peptidbindingene og Ca-atomene danner ryggraden i heliksen • Aminosyrenes sidekjeder stikker ut til sidene • Heliksen er oftest høyredreid • 3,6 aminosyrer pr omdreining • 0,54 nm pr omdreining • 5,4 Å = 0,54 nm, 1 Å = 0,1 nm

17. Alfa-heliksen • Peptidbindingene og Ca-atomene danner ryggraden i heliksen • Aminosyrenes sidekjeder stikker ut til sidene • Hydrogenbindinger mellom aminosyrer, en omdreining fra hverandre (3-4 aminosyrer) • I N- til C-terminal retning sitter hydrogenbindingen mellom amid N-atomet og karbonyl O-atomet • Alle peptidbindingens N og O deltar

18. Naturlige proteiners a-helikser er høyredreid Hvordan avgjøre heliksens dreining: • Heliksen orientert med N-term. nederst og C-term. øverst • Knytt hånden, stikk tommelen opp • La fingrene peke samme vei som spiralen • Passer til høyre hånd

19. Alfa-heliksen er isomerspesifikk Alfa-helikser kan dannes av både D- og L-aminosyrer, men aldri i blanding

20. Aminosyrer påvirker a-heliksens stabilitet Aminosyrenes sidekjeder interagerer med hverandre Viktigste interaksjon skjer mellom aminosyrer 3-4 plasser lengre frem i primær sekvensen Disse sitter over hverandre i heliksen Interaksjonen kan stabilisere eller destabilisere heliksen Krav til hvilke aminosyrer som kan inngå

21. Destabiliserende aminosyrer Nabostilte aminosyrer som har: • Store sidekjeder fører til sterisk hindring: Asn, Ser, Thr, Leu • Sidekjeder med positiv nettoladning: Lys, Arg • Sidekjeder med negativ nettoladning: Asp, Glu • Fiksert sidekjede: Pro • Svært liten sidekjede: Gly

22. Stabiliserende aminosyrer Nabostilte aminosyrer som har: • Sidekjeder med motsatt nettoladning: eks: Asp + Lys • Hydrofobe sidekjeder: Phe, Tyr, Trp • Modifikasjon av sidekjedene kan påvirke a-heliksen • F.eks. fosforylering av Tyr

23. Endestilte aminosyrer Alle a-heliksens hydrogen-bindinger peker samme vei: +- -N-H…..O=C- Heliksens N-terminal får d+ ladning Heliksens C-terminal får d- ladning Aminosyrer med negativt ladede sidekjeder er bra i N-terminalen Aminosyrer med positivt ladede sidekjeder er bra i C-terminalen

24. Viktige forhold for a-heliksens stabilitet Aminosyresidekjeder i nabostilling i primærstrukturen eller i heliksen 1) Elektrostatisk frastøting eller tiltrekning mellom ladede sidekjeder 2) Sidekjedenes størrelse 3) Forekomst av prolin eller glycin 4) Nettoladningen på endestilte aminosyrers sidekjeder

25. Beta-strukturen

26. Beta-strukturen Nest hyppigst forekommende proteinstruktur • Polypeptidkjeden er strukket ut til en zig-zag struktur • Peptidbindingenes stive plan sitter med en vinkel på 109,5o mellom seg og sidekjedene stikker opp eller ned fra zig-zag planet • Hydrogenbindinger holder trådene sammen, danner store flak som kalles ”beta sheet” • Segmentene i et beta sheet kan være nær eller langt fra hverandre i primærstrukturen • Beta-trådene kan ligge samme retning, parallelle, eller motsatt retning, antiparallelle

27. Beta sheet

28. Beta strukturens stabilitet • Aminosyrer med store sidekjeder fører til sterisk hindring • Aminosyrer med små sidekjeder er gunstig • Nabostilte sidekjeder med samme nettoladning destabiliserer • Nabostilte sidekjeder med motsatt nettoladning stabiliserer • Hydrofobe sidekjeder danner hydrofobiske interaksjoner => stabilisering • Prolin destabiliserer

29. Eksempel på beta-struktur • Silkeproteinet fibroin har antiparallell beta-struktur bestående av vekselvis glycin og alanin. Svært sterk struktur Proteiner kan bestå av flere lag med beta-strukturer oppå hverandre Disse beta-strukturers sidekjeder danner hydrogenbindinger mellom lagene

30. Beta bøy (Beta turn) består av 4 aminosyrer Hyppigt forekommende struktur Ofte på overflaten av proteinet Forbinder a-helikser eller beta-strukturer (antiparallelle) Danner en 180o sving 1. Aminosyres karbonyl oksygen danner hydrogenbinding med 4. aminosyres aminogruppe 2. og 3. aminosyres peptidgruppe danner hydrogenbindinger med H2O Glycin, serin og threonin inngår Prolin inngår (cis isomeren)

31. Prolin er gunstig i beta bøyen Hyppigt forekommende aminosyrer: Glycin, serin og threonin Prolin inngår (cis isomeren)

32. Aminosyrers hyppighet i sekundærstrukturer

33. Tertiærstruktur Beskriver: • Den romlige orientering av aminosyrene i et protein • Interaksjon mellom aminosyrer som sitter langt fra hverandre i primærsekvensen Tertiærstrukturen • Bestemmes av aminosyresekvensen • Er dynamisk/bevegelig. Viktig for funksjon • Opprettholdes av kovalente (disulfidbroer) og ikke-kovalente bindinger • Ikke-kovalente bindinger er viktigst i store proteiner • Disulfidbroer finnes oftest i små proteiner, spesielt ekstracellulære

34. Kvarternær struktur Beskriver: • Den romlige orientering av subenhetene i et protein • Identiske eller forskjellige subenheter • Interaksjon mellom aminosyrer som sitter i forskjellige subenheter Stabiliseres av: • Opprettholdes av ikke-kovalente bindinger, ofte hydrofob interaksjon

35. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive

36. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer

37. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger

38. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon

39. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon Maksimalt antall ikke-kovalente bindinger internt i proteinet, med H2O molekyler i omgivelsene og mellom H2O molekylene i det omkringliggende miljø sikrer nativ konformasjon

40. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon Maksimalt antall ikke-kovalente bindinger internt i proteinet, med H2O molekyler i omgivelsene og mellom H2O molekylene i det omkringliggende miljø sikrer nativ konformasjon Ikke-kovalente bindinger er kvantitativt viktigere enn -S-S-broer

41. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon Maksimalt antall ikke-kovalente bindinger internt i proteinet, med H2O molekyler i omgivelsene og mellom H2O molekylene i det omkringliggende miljø sikrer nativ konformasjon Ikke-kovalente bindinger er kvantitativt viktigere enn -S-S-broer Hver aminosyresidekjedes kjemiske egneskaper bidrar til nativ konformasjon

42. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon Maksimalt antall ikke-kovalente bindinger internt i proteinet, med H2O molekyler i omgivelsene og mellom H2O molekylene i det omkringliggende miljø sikrer nativ konformasjon Ikke-kovalente bindinger er kvantitativt viktigere enn -S-S-broer Hver aminosyresidekjedes kjemiske egneskaper bidrar til nativ konformasjon Hydrofobe sidekjeder danner proteinets indre, mens hydrofile sidekjeder sitter på overflaten og danner hydrogenbindinger til H2O

43. Nativ konformasjon Den konformasjon hvor proteiner er biologisk aktive Her har proteiner korrekt foldete sekundær- og tertiærstrukturer Med nativ konformasjon har proteinet det laveste nivå av Gibbs fri energi og er dermed mest stabilt ut fra termodynamiske betraktninger Liten forskjell i Gibbs fri energi mellom nativ og denaturert konformasjon Maksimalt antall ikke-kovalente bindinger internt i proteinet, med H2O molekyler i omgivelsene og mellom H2O molekylene i det omkringliggende miljø sikrer nativ konformasjon Ikke-kovalente bindinger er kvantitativt viktigere enn -S-S-broer Hver aminosyresidekjedes kjemiske egneskaper bidrar til nativ konformasjon Hydrofobe sidekjeder danner proteinets indre, mens hydrofile sidekjeder sitter på overflaten og danner hydrogenbindinger til H2O Polare sidekjeder finnes både i proteinets indre og på overflaten

44. Denaturering Når et protein ikke er korrekt foldet er det denaturert Et denaturert protein er ikke biologisk aktivt Mange forhold kan føre til denaturering: • Ekstrem varme: ikke-kovalente bindingers bindingsenergi 30-4 kJ/mol (eks: speilegg) • Ekstrem pH: endrer nettoladninger (eks: sitronmarinert laks) • Visse løsningsmidler: etanol, acetone; ødelegger hydrofobe interaksjoner • Detergenter: ødelegger hydrofobe interaksjoner • Urea, guanidin hydroklorid; ødelegger hydrofobe interaksjoner • Reduksjonsmidler: b-mercatoetanol; ødelegger disulfidbroer (eks: permanentkrøllet hår)

45. Denaturering av ribonuklease A

46. Renaturering av ribonuklease A • Denaturerende forbindelser fjernes • Nativ konformasjon gjen-opprettes, også de fire disulfidbroene • Korrekte disulfidbroer avhenger av korrekt sekundær- og tertiærstruktur, basert på ikke-kovalente bindinger • RNase A har flere Cys enn de 8 som deltar i -S-S-broer