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Bioinformática: Conceptos Generales

Bioinformática: Conceptos Generales. M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela Iglesias. NUEVOS CONOCIMIENTOS BIOLÓGICOS. DATOS BIOLÓGICOS. Generación de archivos. Transformación y análisis de la información. BASE DE DATOS. Manejo y presentación de la información (FORMATO).

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Bioinformática: Conceptos Generales

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Presentation Transcript

  1. Bioinformática: Conceptos Generales M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela Iglesias

  2. NUEVOS CONOCIMIENTOS BIOLÓGICOS DATOS BIOLÓGICOS Generación de archivos Transformación y análisis de la información BASE DE DATOS Manejo y presentación de la información (FORMATO)

  3. DATOS BIOLÓGICOS • Secuencias codificantes parciales o totales • Secuencias regulatorias • Genes Completos • Cadenas polipeptídicas • Estructura tridimensional proteica • Funcionalidad proteica NUCLEÓTIDOS PROTEÍNAS

  4. BASES de DATOS • US National Center for Biotechnology Information (NCBI) • http://www.ncbi.nlm.nih.gov • EMBL´s European Bioinformatics Institute (EBI) • http://www.ebi.ac.uk • DNA Database of Japan (DDBJ) • http://www.ddbj.nig.ac.jp

  5. Tipos de Bancos de Datos DNA Databases Genome Databases Protein Sequence Databases Protein Structure Databases Primary Structure:secuencia Secondary: patrones de -helices u hojas  Tertiary: arreglo de residuos en el espacio Quaternary: interacciones proteína-proteína Protein Function Prediction

  6. Bases de datos seleccionadas y servicios de información Secuencias de DNA Contenido URL y proteínas EMBL Secuencias de nucleótidos www.ebi.ac.uk GenBank Secuencias de nucleótidos y proteínas www.ncbi.nlm.nih.gov SwissProt Secuencias de proteínas expasy.hcuge.ch/sprot PIR Secuencias de proteínas www-nbrf.georgetown.edu/pir Genome sequencing Genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl Identificación genes GeneMark Identificación genes amber.biology.gatech.edu/ Grail Identificación genes compbio.ornl.gov/Grail-1.3/ Gene Finder Identificación genes dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331 Frame Detección de Frame-shift www.sander.ebi.ac.uk/frame

  7. Bases de datos seleccionadas y servicios de información Análisis funcional Contenido URL del genoma GeneQuiz Anotación automática de función de proteínas www.sander.ebi.ac.uk/genequiz Magpie Análisis genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/magpie Pedant Análisis automático de proteínas pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman Complete genome Análisis genómico y at NCBI comparación www.ncbi.nlm.nih.gov/Complete-Genomes Familias Proteicas y patrones de secuencias Prosite Sitios proteicos y patrones expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html Blocks Patrones proteicos www.blocks.fhcrc.org Pfam Familias proteicas y perfiles www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/

  8. Bases de datos seleccionadas y servicios de información Estructura tridimensional Contenido URL PDB Estructuras proteicas www.rcsb.org/pdb FSSP Plegamiento proteico croma.ebi.ac.uk/dali/fssp SCOP Plegamiento proteico scoop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop CATH Plegamiento proteico www.biochem.ecl.ac.uk/bsm/cath DSSP Estructura secundaria www.sander.ebi.ac.uk/dssp PDBselect Estructura proteica representativa www.sander.heidelberg.de/pdbsel HSSP Alineamientos proteicos www.sander.ebi.ac.uk/hssp PDBfinder Links a PDB,DSSP,HSSP www.sander.heidelberg.de/pdbfinder Swiss-model Modelos por homología expasy.hcuge.ch/cgi-bin/swmodel-search-de Whatif Modelos por 3D swift.embl- heidelberg.de/servers DALI Comparación de estructuras croma.ebi.ac.uk/dali Journal Abstracts MEDLINE Literatura bioquímica www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed

  9. Sitios útiles para trabajar con ADN y proteínas • http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_13.html • http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html • http://bioweb.pasteur.fr/#formats • http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html • http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/readseq-simple.html

  10. PubMed Entrez BLAST OMIM Books TaxBrowser Structure Search for USO Y APLICACIONES EN EL NCBI

  11. Herramientas de uso molecular: • Sitios de corte con enzimas de restricción:http://www.neb.com

  12. Selección de oligonucleotidos y otras utilidades:http://www.idtdna.com

  13. Manejo de secuencias: BioEditwww.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html www.cae.wisc.edu/software

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