1 / 4

Løsning på ukeoppgave 3

Løsning på ukeoppgave 3. Fra BLOSUM62 ser vi at H sammenstilt med H gir 8 poeng, F sammenstilt med F gir 6 poeng og A sammenstilt med A gir 4 poeng. Score for HFA sammenstilt med seg selv er altså 18 poeng.

jackie
Download Presentation

Løsning på ukeoppgave 3

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Løsning på ukeoppgave 3 • Fra BLOSUM62 ser vi at H sammenstilt med H gir 8 poeng, F sammenstilt med F gir 6 poeng og A sammenstilt med A gir 4 poeng. Score for HFA sammenstilt med seg selv er altså 18 poeng. • Den aminosyren som gir høyest poeng sammenstilt med H (bortsett fra H selv) er Y med 2 poeng. Poengsummen for HFA sammenstilt med YFA blir 12 poeng • De aminosyrene som gir lavest poeng sammenstilt med H er C, I, L og V med –3 poeng. Poengsummen for (CILV)FA blir 7 poeng

  2. Delspørsmål D

  3. Det er 20 muligheter i hver posisjon, altså 20x20x20 = 8000 trebokstavers ord, hvorav BLAST bruker alle som gir over en viss poengsum, tilnærmet 50 nye tre-ord pr. utgangsord

  4. Delspørsmål F For en sekvens på 300 aminosyrer finnes det 298 trebokstavers ord. Dersom BLAST velger ut 50 nye ord over en terskelpoengsum for hvert av disse blir det totale antall ord BLAST leter etter i hver databasesekvens 298x50 = 14900

More Related