AMİNOASİTLER VE PROTEİNLER

1. AMİNOASİTLERVEPROTEİNLER

2. AMİNOASİTLER • Proteinler aminoasit polimerleridir. Çok sayıda aminoasit değişik dizilimlerle bir araya gelerek Polipeptit zincirlerini oluşturur. • 20 çeşit aminoasit bulunur. • Aminoasitler birbirlerine,spesifik bir kovalent bağ tipi olan “Peptid bağı” ile bağlanır. • İlk bulunan Aminoasit 1806 da Asparajin, son keşfedilen 1938 yılında Treonin dir.

4. Aminoasitlerin Genel Yapısal Özelliği • Karbon atomuna bağlı; • Karboksil • Amino • H • R (yan zincir)grubundan ibarettir. Aminoasitler 3 harf ile simgelenebilirler. Gly—Glisin ve Leu—Lösin gibi. Veya tek harfte kullanılabilir. Sistein = Cys = C, Alanin = Ala = A

6. Amino asitlerdeki C atomları karboksil grubundan başlayarak numaralandırılır veya karboksil grubunun bağlı olduğu C atomundan başlayarak yunan harfleri kullanılır.

7. Glisin hariç bütün aminoasitler asimetrik C atomuna (Şiral merkez) sahiptir. Glisin aminoasitinin D ve L izomeri bulunmaz.

8. Polarize ışığın yönünü monosakkaritler gibi sağa yada sola çevirebilirler. • Asimetrik C atomuna bağlı gruplara göre D ve L sterioizomerleri bulunur. Işığı sağa çeviriyorsa D, sola çeviriyorsa L sterioizomeridir. • Canlı sistemlerde L formu bulunur

10. Aminoasitler yan gruplarına göre sınıflandırılabilir

12. Alifatik nonpolar R grubu içeren aminoasitlerAlanin, Valin, Lösin ve İzolösinbir araya gelerek hidrofobik interaksiyonile proteini stabil halde tutar.Glisinen basit aminoasittir.Metioninsülfür grubu içeren iki aminoasitten birisidir. Yan zincirinde nonpolar tioester grubu içerir.Prolinalifatik halkasal yan zincir içerir.

13. Aromatik R gruplu aminoasitler • Fenilalanin, Tirozin ve Triptofan nonpolar (hidrofobik) yan zincir içeren aminoasitlerdir. Hepsi hidrofobik interaksiyonlara katılır. • Tirozin hidroksil grubu H bağı kurar ki bu bazı enzimlerde önemli bir fonksiyonel gruptur. • Tirozin (hidroksil grubu) ve Triptofan (İndol halkası azotu) , Fenilalanin’den daha polar bir yapıya sahiptir. • 280 nm dalga boyunda kuvvetli ışık absorblama özelliği protein miktar tayin yöntemlerinde kullanılan özelliklerden birisidir.

15. Polar yüksüz R gruplu aminoasitler • Suda diğerlerine nazaran daha fazla çözünürler veya daha hidrofiliktirler. Çünkü fonksiyonel grupları su ile H bağı oluşturur. • Serin ve Treonin polarlığı hidroksil grubundan, Sisteinin süfidril grubundan, Asparajin ve Glutaminin amid grubundan kaynaklanmakta.

16. İki sistein, sistin oluşturmak üzere disülfit bağı ile birleşebilir. Bu bağ aynı polipeptit zincirinde yada komşu polipeptit zincirlerinde gerçekleşebilir ve proteinlerin kararlılığını sağlar.

17. Pozitif yüklü (Bazik) R gruplu aminoasitler • En hidrofilik a.asitler, (-) yada (+) yüklü a.asitlerdir. • pH 7.0 da pozitif yüklü olan Lizin alifatik zincirinde ikincil bir amino grubu içerir. • Arjinin (+) yüklü guanido grubu, Histidinimidazol grubu içerir. • Histidin birçok enzimatik reaksiyonda iyonize olabilen yan zinciri sayesinde proton alıcı veya verici görevi üstlenir

18. Negatif yüklü (Asidik) R gruplu aminoasitler • pH 7.0 da negatif yüklü iki a.asit ikinci bir karboksil içerir. Aspartat ve Glutamat.

19. Aminoasit Türevleri • Proteinler yaygın bulunan 20 a.asitin yanında aminoasit türevlerinide içerebilir. • 4-hidroksiprolin--- Prolin türevi • 5-hidroksilizin --- Lizin türevi • 6-N-metillizin, miyozin yapısında g-carboxyglutamate, protrombin yapısında • Desmozin, Lizin türevidir ve Elastin yapısında bulunur Bu a.asitler protein sentezi sonrası değişime uğrar • Selenocysteine (selenosistein) yukarıdaki a.asitlerden faklı olarak nadir ve özel bir a.asittir. Protein sentezi sırasında protein yapısına katılır. Sisteindeki sülfür yerine selenyum içerir. Serin a.asitinden türer. 22. a.asit olarak da kabul edilir.

20. Aminoasitler asit yada baz gibi davranabilirler A.asitler suda çözündüklerinde asit yada baz gibi davranabilirler yani zwitter iyon olarak bulunabilirler. BAZ ASİT

21. Bu tip yapıya sahip moleküllere Amfoterik yada Amfolit adı verilir.

22. pK = molekülün yarı yarıya iyonlaştığı pH değeridir • pI = Molekülün net yükünün “0” olduğu pH değeridir. İzoelektrik nokta olarak tanımlanır ve elektriksel alanda molekül hareketsizdir.

23. A.asitler özel titrasyon eğrisine sahiptir.

26. Peptitler ve Proteinler • Aminoasit polimerleri peptitler ve proteinlerdir. • Polipeptitler binlerce aminoasitten oluşabilir. • A.asitler peptit bağları ile bağlanarak polipeptitleri oluşturur. • İki a.asit bir su çıkışı ile dipeptit, üç a.asit 2 su çıkışı ile tripeptit oluşturur. • Peptit bağı birinci a.asitin a-karboksil grubu ile ikinci a.asitin a-amino grubu arasında oluşur. • Birkaç a.asitin oluşturduğu yapı oligopeptit, çok sayıda a.asitin oluşturduğu yapı polipeptit olarak tanımlanır. • Serbest amino grubunun bulunduğu uca amino (N)terminali, serbest karboksil grubunun bulunduğu uca karboksil (C) terminali adı verilir. • Proteinler de serbest a.asitler gibi pI değerine sahiptir ve bu pH da elektriksel alanda hareketsiz kalır.