1 / 17

Wykorzystanie makromacierzy DNA w wielogenowej analizie ekspresji

Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Wykorzystanie makromacierzy DNA w wielogenowej analizie ekspresji. GENOMIKA – jak jest zbudowany i jak funkcjonuje genom.

jenaya
Download Presentation

Wykorzystanie makromacierzy DNA w wielogenowej analizie ekspresji

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu Wykorzystanie makromacierzy DNA w wielogenowej analizie ekspresji

  2. GENOMIKA – jak jest zbudowany i jak funkcjonuje genom

  3. O1 O2 O3 O4 O5 O6 O7 1 4 11 16 23 31 31 158 173 184 193 202 217 255 272 275 293 295 305 317 340 345 351 366 379 390 395 A1 A2 1 17 18 34 12 34 41 1 CTR1d 36 33 NAP-1b IDH2f PRX7b TUB8c SSPb PSAE1a TUB4c BoACS3b RH3 MYB4c ROC3b SUMOb Ac7c 21 65 70 75 91 113 125 131 138 RBCS-1Aa ERTb SEC61f L18Ac VAMP722d RBCS-1Ae ATPase ABH1b RD21Ab 64 84 97 135 152 170 176 196 209 212 232 241 255 265 272 282 286 306 319 333 PEPb ARF1c AHK3b MSD1c MSD1b GDH1d CTR1b ERTa CSD1a VAMP722b S15a ARA-5a L23b GRF3d RBCS1-Ab ETR1 ADH1a UBQa tAPXa tAPXe RBCS-1Ad SUMOd RBCS-1Ac PP2A PFD1.2c Rasa NAP-1c CTR1c 10 18 26 34 52 83 130 151 152 185 262 278 283 300 304 327 332 347 372 393 A2 7 15 24 34 38 44 56 MYB4a NAPRTb S25f DAGKd X14a FSD1b SUMOe A4 A5 90 71 33 33 97 83 76 75 71 75 L5a PAA2a ERT2d CKI1a L36a ERTe CSD2c SAM1 L18h EIN3c MKK5a CTR1a L5b SAHHb RD21Aa ACO2a A5 37 80 93 96 118 165 177 193 213 218 256 387 33 9 A4 A3 48 48 65 ARF1c UQCRXa SEC14a PER72a BAGb ERTd AS2c ADK1b PER72c CLAc LSC2a SSPa PER72b G5p FKBP12a S20b RH3b NAP-1c ERTe 86 75 72 BoACS3a TUB8a Cf-5a L5d GTa TUB4a L5c PRX7a A5 A2 115 83 79 77 82 88 97 105 183 206 77 67 67 63 ACO2b CSD1b BoACS1b MYB4d AHK3c FSD1a tAPXc ERF7a MKK5b L18a A3 72 78 A1 A4 A5 11 4 3 3 3 75 76 A2 31 28 117 122 132 83 90 A3 A5 A2 20 26 28 38 36 36 35 A5 132 131 125 116 A1 104 117 120 118 A1 34 42 A3 Efe GDH1i ATa RH15 HSP70c EIN2 A5 A5 363 374 398 413 436 441 33 33 30 25 7 4 94 112 112 26 28 20

  4. O8 O9 A1 1 17 27 39 46 11 11 13 34 41 SRP30b IMPA4a ATXICa ASK10a PEPa TPRc AHK3a A3 Ox1 EDS1a BoACS2a ATTPS11a MMSDHa MMSDHb SUMOc Pkine tAPXb BoACS1a 51 57 60 68 83 98 129 147 159 177 216 225 230 243 267 ERF7b EAT1 Rana 27 26 17 EIN3a EIN3b MSD1a ERT2d X9c GRF3d HSP70a ARF1a SUMOa Akin11c GTb PHT1a VHA-Aa PFD1.2a A1 7 8 106 124 134 144 154 185 192 194 199 A4 65 76 A2 35 29 A5 7 30 A4 28 27 31 A3 50 52 A5 96 92 94

  5. TYPY MACIERZY DNA

  6. OD MAKROMACIERZY DO CHIPÓW DNA 1999 1997 2000-2001 96 / 50 cm2 10-18 000 / cm2 1998

  7. Number of public entries in dbEST: 24,257,305 (October 29, 2004)

  8. Etapy przygotowania makromacierzy do badania ekspresji genów specyficznie indukowanych podczas stresu ozonowego • Wybór ponad 250 genów A. thaliana do skonstruowania makromacierzy DNA • geny markerowe • geny uczestniczące w transdukcji sygnałów, w tym kinazy białkowe (m. in. kinazy MAP, kinazy zależne od wapnia, fosfatazy 2C) • geny związane z detoksykacją aktywnych form tlenu (AOS) - stres oksydacyjny (dysmutazy, katalazy, peroksydazy) • geny kodujące czynniki transkrypcyjne (WRKY, MYB, DREB, bZip, EREBP) • geny obronne (zaangażowane w procesy patogenezy) • Wybór EST-ów z A. thaliana dla w/w genów • sekwencje unikalne w genomie A. thaliana

  9. At4g26200 - syntaza ACC7 (7 EST-ów)

  10. At1g64065 - disease resistance protein, putative

  11. Etapy przygotowania makromacierzy do badania ekspresji genów specyficznie indukowanych podczas stresu ozonowego • Izolacja plazmidowego DNA • Reakcja PCR – uzyskanie produktów o końcowym stężeniu 50ng/ul • Nadrukowanie zestawu ESTów na membranę nylonową przy pomocy manualnego Pin Tool (384-igłowy; V&P Scientific) – CIRAD w Montpellier we Francji

  12. Etapy przygotowania makromacierzy do badania ekspresji genów specyficznie indukowanych podczas stresu ozonowego • Izolacja całkowitego RNA • Odwrotna transkrypcja i bezpośrednie znakowanie biotynylowanym dUTP • Hybrydyzacja (65°C) • Detekcja: chemiluminescencja (streptawidyna- alkaliczna fosfataza; CDP-STAR)

  13. Zastosowanie makromacierzy w badaniach ekspresji genów • zmiany ekspresji genów w odpowiedzi organizmów na czynniki stresowe (susza, zasolenie, działanie promieniowania UV-B, niskie temperatury, ozon) • Rozróżnianie wzorów ekspresji specyficznych dla różnych stresów, monitorowanie ich zakresu działąnia, intensywności, diagnozowanie • Identyfikacja nowych powiązań pomiędzy szlakami metabolicznymi i ich podłożem genetycznym

More Related