Prescie Sheilla Sapa Gabriel Doutre M1 BEM 2010-2011

1. Global phylogenetic community structure and β-diversity patterns in surface bacterioplanktonmetacommunities Albert Barberán, Emilio O. Casamayor, 2010 PrescieSheilla Sapa Gabriel Doutre M1 BEM 2010-2011 http://www.ird.nc/images/cyanobacteries.jpg

2. Définitions Metacommunauté: ensemble de communautés liées par le potentiel de dispersion des individus Diversité β: mesure de la biodiversité qui consiste à comparer la diversité des espèces entre écosystèmes http://img.over-blog.com/223x165/0/34/92/22//coli.jpg Biogéographie: étude de la distribution des organismes visant à expliquer les raisons de leur répartition biologique Thalassohaline/ athalassohaline Introduction Objectifs Résultats Discussion Critiques

3. Actuellement, manque de données génétiques sur les procaryotes • Les différents modèles connus: -Modèle neutre (NM) • Classement d’espèce (SS) • Patch dynamique (PD) • Effets de masse (ME) Bactéries étudiées (arbre modifié) d’après Wolfe-Simon et al. (2005) Comparaison des résultats obtenus avec ces modèles Introduction Objectifs Résultats Discussion Critiques

4. Existence ou non des communautés phylogénétiques pour les bactéries planctoniques les plus abondantes au niveau des lacs et mers du monde Diversité β et l’effet de la salinité qualitative (thalassohaline ou non) et quantitative (douce, salée ou hypersaline) Etude des microorganismes autrefois négligée jusqu’à récemment http://www.sourcemolecular.com/newsite/_images/ bacteroidetes.jpg La vision traditionnelle des micro-organismes était: « Tout est partout, mais l’environnement sélectionne. » (Baas-Becking. 1934) Résultats Discussion Critiques Introduction Objectifs

5. Matériel & Méthodes 34 sites étudiés 7154 séquences obtenues, seulement 4495 étudiées Analyse des séquences du gène 16S rRNA avec NAST Analyse des communautés phylogénétiques NRI : « Indice d’affinité nette » NTI : « Indice du taxon le plus proche » Indice de Shannon Analyses statistiques www.freebase.com/view/en/gracilicutes Résultats Discussion Critiques Introduction Objectifs

6. Abondance relative des groupes bactériens présents dans les lacs et habitats marins Séquence 16S rRNA (%) 45 30 15 Lacs Marin 0 Gamma- Proteo- bactéries Beta- Proteo- bactéries Actino-bactéries Sphingo- bactéries Alpha- Proteo-bactéries Flavo- bactéries Autres Taxons Firmicutes Protéobactéries Bactériodetes D’après Logue (2008): Betaproteobactéries particulièrement abondantes en eau douce, et trouvées rarement en eaux salées Discussion Critiques Objectifs Résultats Introduction

7. D’après Van der Gucht (2007): Le facteur environnemental local aurait un impact important sur les communautés bactériennes, alors que le facteur spatial aurait un impact réduit résultats obtenus avec le matrice UniFrac contre la composante environnementale et la composante spatiale (tableau modifié) D’après Logue (2008): Cyanobactéries présentes en eaux douces Correlation significative positive Correlation négative ou non significative Discussion Critiques Objectifs Résultats Introduction

8. Stress: déformation des distances provoquée par la projection A B Toutes les bactéries Bacteroidetes Thalassohaline – eau de mer Athalassohaline - Eau douce Thalassohaline - hypersaline Athalassohaline - hypersaline C a D a Stress = 0.020 Stress = 0.015 Alphaprotéobactéries Gammaprotéobactéries D’après Logue (2010): pH, ultraviolets, quantité de matière dissoute jouent aussi un rôle important a a Stress = 0.027 Stress = 0.021 Diversité obtenue projetée sur un plan. Discussion Critiques Objectifs Résultats Introduction

9. Composition différente entre le bactérioplancton des mers et lacs Concentrationdu sel : facteur environnemental déterminant pour les bacteroidetes Compositiondu sel importante dans la répartition des Alphaprotéobactréieset Gammaproteobactéries Habitats marins  diversité β faible alors que distribution inégale dans les lacs Surface de l'océan : environnement homogène pour les bactéries facilitant la dispersion Résultats Critiques Objectifs Discussion Introduction

10. Limitations méthodologiques dues aux manques de données Le clonage par PCR favorise les taxons abondants  information semi-quantitative L’identité à 97% peut être faussée rares mutations pertinentes changements dans les capacités environnementales Cas d’espèces différentes possédant une séquence du gène 16S rRNA identique Potentiel de dispersion des bactéries mal connu Résultats Critiques Objectifs Discussion Introduction

11. Les analyses renforcent l'explication de niche pour la distribution mondiale de l’assemblage du bactérioplancton de surface Observation des différences entre les groupes phylogénétiques méritent des études plus approfondies Avec les techniques moléculaires actuelles il est impossible de confirmer si «Tout est partout, mais l’environnement sélectionne. » (Baas-Becking. 1934) http://schtroumpfette007.files.wordpress.com/2010/10/cyano.jpg Résultats Critiques Objectifs Discussion Introduction

12. Travaux bibliographiques très importants Regroupement et analyses de données sur plusieurs années Comparaison d’abondance entre phylums et sous phylums Manque de données génétiques de bases des métadonnées associées aux informations de séquences Pas suffisamment des variables de l’environnement pour tous les sites Variables générales utilisées en limnologie et en océanographie Utilisation des paramètres physico-chimiques fournis ou estimés pour les sites marins Résultats Discussion Objectifs Introduction Critiques

13. Bactérioplancton marin L’image ne donne aucune information Pas d’échelle, lieu, profondeur, date Non mentionnée dans l’article Bactérioplancton d’eau douce Photos: Alonso L Résultats Discussion Objectifs Introduction Critiques

14. A B Toutes les bactéries Bacteroidetes Figure pas annotée L’auteur parle des figures 2 A, B,C et D Certaines données statistiques sont citées sans la référence C D Alphaprotéobactéries Gammaprotéobactéries Résultats Discussion Objectifs Introduction Critiques

15. Microbes = bactéries Bactéries (sens ancien) • Phytoplancton: terme schtroumpf Microorganismes vivants ou morts? http://fr.academic.ru/pictures/frwiki/50/250px-ARS_Campylobacter_jejuni.jpg Répétition dans la définition de certains termes Paramètres environnementaux covariants avec la salinité Article plus écologique que phylogénétique Résultats Discussion Objectifs Introduction Critiques

16. Références Barberán A, Casamayor EO (2010) Global phylogenetic community structure and β-diversity patterns in surface bacterioplanktonmetacommunities. AquatMicrobEcol Vol. 59: 1-10 Boudouresque CF (2010) Cours de diversité des organismes vivants. L’arbre du vivant. Logue JB, Bürgmann H, Robinson CT (2008) Progress in the ecologicalgenetics and biodiversity of freshwaterbacteria. American Institute of Biological Sciences 58(2):103-113. Logue JB (2010) Factorsinfluencing the biogeography of bacteria in freshwaters – a metacommunityapproach. Acta Universitatis. Digital ComprehensiveSummaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology 763. 52 pp. Uppsala. Van der Gucht K, Cottenie K , Muylaert K, Vloemans N, Cousin S, Declerck S, Jeppesen E, Conde-Porcuna JM, Schwenk K, Zwart G, Degans H, Vyverman W, De Meester L (2007) The power of species sorting: local factors drive bacterialcommunity composition over a wide range of spatial scales. PNAS vol.104 n°51. Wolfe-Simon F, Grzebyk D, Schofield O, Falkowski PG (2005) The role and evolution of superoxidedismutases in algae. Journal of Phycology Vol. 41 Issue 3. pages 453–465.