TD DCEM1 MARS 2011 Coprocultures Prélèvements génitaux et materno-fœtaux Hémocultures

1. TD DCEM1 MARS 2011 Coprocultures Prélèvements génitaux et materno-fœtaux Hémocultures

2. EXAMEN DES MATIERES FECALES : LA COPROCULTURE → Coproculture = analyse bactériologique des selles ≠ coprologie →Diarrhée quand selles liquides ou molles (non moulées), glaireuses ou hémorragiques → La diarrhée peut être aiguë ou chronique, fébrile ou non → Ts les épisodes diarrhéiques ne st pas infectieux → Ttes les diarrhées infectieuses ne st pas bactériennes (parasites, virus, levures ) → Plusieurs types de diarrhée d’origine bactérienne : toxinique, invasif et mixte (les 2)

3. PHYSIOPATHOLOGIE 1- Infection par un germe toxinogène  le micro-organisme se fixe à la S de l’ épithélium digestif sans le détruire  la toxine entraîne 1 sécrétion active d’ électrolytes et d’ eau par les CE du grêle, sans lésion anatomique (action de la toxine surtt au niv du grêle proximal)

4. → de la conc. intracellulaire de l’ AMP cyclique par stimulation de l’adénylcyclase : *entérotoxine de V. cholerae * toxine thermolabile (LT) des E. coli entérotoxinogènes (ETEC) * toxine de certains Staphylocoques entéropathogènes  GMP cyclique ds l’entérocyte : toxine thermostable d’ E. coli entérotoxinogènes (ETEC) tableau du syndrome cholérique

5. 2- Infection par un germe entéro-invasif  le germe (type Shigella) envahit les CE et s’ y  jusqu’ à leur destruction  lésions de la muqueuse s’ étendent de proche en proche et  réaction inflammatoire intense présence de sang et de glaires ds les selles  les lésions siègent d’ abord sur le grêle puis sur le colon tableau du syndrome dysentérique

6. 3- Infection par un germe à la fois toxinogène et entéro-invasif  le germe ( type Salmonella) envahit l’ entérocyte puis traverse la muqueuse sans la détruire et pénètre ds le tissu sous-muqueux où il se  en  1 réaction inflammatoire  atteinte principale : niv grêle  risque : diffusion systémique des germes tableau = diarrhée banale ( comme au cours des gastro-entérites aiguës)

7. LES PRELEVEMENTS les selles : * recueillies dès l’ émission ds 1 récipient très propre *qq grammes  pot stérile *si fragment purulent muqueux ou sanglant : le choisir l’écouvillonnage rectal : (nourrissons, grabataires) doit dépasser le canal anal  si épisode aigu de diarrhée, 2 ou 3prélèvements peuvent être nécessaires

8. pr recherche d’ 1 portage : ( ex : MP, BLSE) 1 seul pt est admis les biopsies de muqueuses rectales ou coliques faites sous endoscopie st déposées ds 1 flacon contenant du sérum  stérile →transport rapide ; sinon +4°C 1 nuit maximum renseignements cliniques : * âge du patient * notion de voyage récent * antibiothérapie en cours * toxi infection alimentaire suspectée

9.  il est indispensable que les recherches faisant appel à des techniquesparticulières telles la recherche de C. difficile, d’ EHEC ou d’ ETEC , de Vibrio choleraesoient précisées

10. E. C. B. DES SELLES – EXAMEN STANDARD Flore N des selles: 109 à 1010 bies / gramme * aérobies 1% E. coli ……………….80% Entérocoque………...15% Staphylocoque……… 5% Proteus ………………..5% K. pneumoniae ……….5% Ps. Aeruginosa……….5% *anaérobies 99% * levures et champignons ( en faible quantité)

11. Objectif: - étude de la flore intestinale aérobie - recherche de bactéries pathogènes spécifiques (BPS) et de bactéries pathogènes opportunistes (BPO) responsables de diarrhées aiguës ou chroniques

12. Méthodologie *aspect macroscopique - selle solide ou semi solide : rechercher la présence de pus, de glaires, de sang - selle liquide ( diarrhéique) peut avoir 1 aspect évocateur : *fécale avec glaires sanglantes = selles dysentériformes *afécale, eau de riz = selles cholériformes

13. * examen microscopique à réaliser sur tte selle diarrhéique 2 lames  1 Gram  1 Bleu de méthylène

14. * ensemencement * Milieu non sélectif pour diagnostiquer les dysmicrobismes (autre que C. difficile) = gélose BCP * Milieux sélectifs de Gram négatif : Mac Conkey, Drigalski, Hektoën, SS, DCL… * Bouillon d’enrichissement pour les salmonelles : Sélénite, Müller Kauffmann … (1 noisette) * si diarrhée, recherche de Campylo systématique

15. le lendemain : sélénite  SM ID 24 heures à 37°C *si écouvillonage rectal : idem * si biopsies : broyage ds sérum  puis idem +(Campylo) * personnel de restauration : - Staphylococcus aureus - Salmonella spp.

16. * Interprétation *Examen direct * Recherche de polynucléaires, d’ hématies * Aspect de la flore : monomorphe, polymorphe, prédominance de …. * Recherche de levures en quantité anormale (> 10% de la flore totale) * Signaler les éléments évoquant les parasites

17. * Culture * BCP  équilibre de la flore *SM ID  permet de repérer les col roses : Salmonella * Chapman Staphylococcus aureus ( col jaunes fermentant le mannitol)

18. * Agents étiologiques 1 - BPS - pr tt patient, quel que soit son âge Salmonella Shigella Yersinia Campylobacter Aeromonas

19. - enfant de moins de 2 ans - E. coli entéropathogènes ( EPEC) 2 - BPO -St. aureus - K. oxytoca - K. pneumoniae - Ps. aeruginosa - Enterobacter spp - Proteus….

20. * Résultats - apprécier l’ équilibre de la flore sur BCP - si BPS : antibiogramme, prévenir le clinicien - si BPO : antibiogramme en fonction de la clinique et de l’ importance du déséquilibre

21. RECHERCHES PARTICULIERES 1 - Recherche de Campylobacter  sur tte diarrhée et sur demande du clinicien  ensemencer 1 gélose Karmali ou Campylosel ; incuber 48 heures à 42°C en microaérophilie  en général : leucocytes et hématies +++  caractère invasif de la bactérie  morphologie caractéristique

23. 2 - Recherche d’ E . coli entéro hémorragiques (EHEC) responsables de SHU  recherche d’ E. coli O157 B7 ds les selles  ET : soit recherche de Vérotoxine ds les selles soit recherche d’ anticorps anti LPS ds le sérum  ts les sérotypes entéropathogènes pvt  SHU

24. 3 - Recherche de Clostridium difficile  recherche des toxines A et B ± recherche de la bactérie C. difficile : responsables de diarrhées …….. CPM  recherche du germe : gélose C. difficile ; 48h à 37°C en anaérobiose  recherche de la toxine A et B = test immunologique rapide (30mn)

25. 4 - Recherche du Vibrion cholérique  objet : mise en évidence des souches de V. cholerae O :1 et O :139 seules responsables du choléra  recherche faite en fonction du contexte clinique ou épidémiologique sur demande explicite du clinicien  il s’ agit d’1 urgence bactériologique

26. Toxi-infection alimentaire collective TIAC *Définition d’une TIAC : - apparition au même moment de troubles digestifs ou neurologiques similaires chez au moins 2 personnes ayant consommé un repas en commun. * Les TIAC sont fréquentes - 662 foyers en 2008, 9200 personnes. * En général bénignes - 11% d’hospitalisation et 0,1% de décès. * A déclaration obligatoire aux autorités sanitaires départementales et centralisation à l’InVS (sous-déclaration importante)

27. * Lieude survenue - restauration collective 60% (dont 28% en milieu scolaire) - restauration familiale 40% * Agents responsables - identifié dans les prélèvements humains ou alimentaires 57% - suspecté à partir des données cliniques ou épidémiologiques 33%

28. Détails des foyers de TIAC déclarés, France,2008. (InVS)

29. Principaux agents desTIAC

30. Cas clinique DCEM1 – Juin 2009 Parmi les 60 enfants âgés de 2 mois à 12 ans hébergés dans un foyer de la DDASS de Picardie, 7 ont présenté dans la même semaine une diarrhée d’apparition brutale avec émission de selles glairo-sanglantes accompagnées de crampes intestinales et d’une fièvre à 39°C. 1 - L’ examen direct des coprocultures met en évidence de nombreux polynucléaires altérés ainsi que quelques bacilles à Gram négatif, à bords droits, à coloration bipolaire. Quelle (s) bactérie(s) peut (peuvent) être responsable(s) de cette diarrhée ? A – Escherichia coli entéropathogène B – Shigella flexneri C – Campylobacter jejuni D –Clostridium difficile E – Yersinia enterocolitica

31. 2 - L’antibiogramme réalisé sur le germe pathogène a donné les résultats suivants : Ampicilline : R Ticarcilline : R Piperacilline : I Cefalotine : S Amoxicilline + acide clavulanique : S C3G : S Triméthoprime : R Ofloxacine : S Aminosides : S Le médecin prescrit de l’Amoxicilline + acide clavulanique (Augmentin R ) ; ce traitement vous parait-il adapté ? Justifiez votre réponse. Pourquoi n’a-t-il pas prescrit de l’ofloxacine ( OflocetR) ?

32. 3 - Yersinia enterocolitica A – appartient à la famille des Enterobacteriaceae B - sporule rapidement lorsque les conditions sont défavorables C – est une bactérie strictement humaine D – peut entrainer la survenue d'une arthrite réactionnelle ou d'un érythème noueux au décours d'une entérite E - est sensible aux ß-lactamines

33. 4 - Shigella flexneri A – est une bactérie pathogène opportuniste B – est responsable d’entérites infectieuses pouvant entrainer des complications digestives et/ou extradigestives C – est essentiellement isolée par coproculture D – provoque l’apparition d’agglutinines détectées par le sérodiagnostic de Widal et Félix E – reste assez sensible à la plupart des antibiotiques actifs sur les bacilles à Gram négatif

34. 5 - Clostridium difficile A – est un bacille à Gram positif anaérobie strict , non sporulé B – est responsable de 15-25% des diarrhées post-antibiotiques C - Les souches toxinogènes ou non sont virulentes. D – des tests immuno-enzymatiques permettent de rendre un résultat en moins de 30 minutes E - La prévention de la transmission repose sur l’isolement technique et géographique des patients symptomatiques.

35. EXAMEN DES SECRETIONS ET EXSUDATS ANO-GENITAUX I - PRELEVEMENTS 1- Pr les 2 sexes *ds les urétrites : *pt endo urétral à l’ écouvillon *si recherche de Chlamydia : grattage *ulcération ano-génitale : *recueil de la sérosité niveau base ou bords de l’ ulcère avec 1 vaccinostyle *biopsies possibles

36. *si pustules: seringue ou écouvillon * 1er jet des urines intéressant pr les urétrites surtt à Chlamydia par BM *si suspicion de MST : pt anal ou gorge peut être utile

37. 2- chez la femme sous spéculum * PV *Pt endocol ( gono ; Chlamydia) * Si bartholinite : aspiration à la seringue ou écouvillon * DIU : matériel  pus

38. 3 – chez l’ homme * ds épididymites et prostatites : écouvillonnage urétral, sperme ou urines 1er jet * si prostatites: sécrétions prostatiques après massage et/ou urine 1er jet * ds les orchites : pt à la seringue par le chirurgien ou sperme 4 – Transport Milieux de transport appropriés si pt non fait au labo

39. II- EXAMEN BACTERIOLOGIQUE Renseignements cliniques et épidémiologiques indispensables 1- Examen direct *Ulcérations - fond noir pr Treponema pallidum - MGG pr H ducreyi

40. * urétrites, cervicites et vaginites les 3 causes les + fréquentes des vaginites st : * Candida albicans * Trichomonas vaginalis * les bactéries des vaginoses + Neisseria gonorrhoeae + C trachomatis ds urétrites et cervicites

41. - état frais pr T vaginalis - MGG pr la cytologie - Gram : bactéries, clue cells …… - IF pour CT * autres localisations - recherche de gono, C albicans et CT

42. 2- Culture * impossible pr T pallidum * très difficile pr H ducreyi * ensemencer : GS aéro et ana Gsg cuit sous CO2 +/- gélose lactosée * sur prescription explicite : - CT - Mycoplasma hominis et Ureaplasma - Mycobacterium tuberculosis

43. 3-Biologie moléculaire *pr CT surtt à partir de pdts pathologiques ou des urines *en cours pr gono et Strepto B

44. 4- Antibiogramme * Systématique ds les infections endocervicales sur germes pathogènes * // sur gono ( recherche de lactamase) * pas d’ ATB pr le bas appareil génital surtt chez la femme sf si portage de Strepto B 3 e trimestre de G

45. 5- Conclusion En dehors des cas où agent pathogène spécifique, l’ interprétation des examens des pts génitaux est tjrs difficile, en particulier chez la femme, du fait de l’ abondance et de la variété de la flore bactérienne du bas appareil génital.

46. CAS CLINIQUE Mr R. 35 ans, jeune cadre dynamique, vivant en couple depuis 3 mois, se présente aux urgences pour un écoulement urétral clair et peu abondant survenant préférentiellement le matin. Il ne se plaint pas de douleurs particulières et ne présente pas d’antécédents particuliers hormis un léger épisode pseudo-grippal un mois auparavant. 1) D’après la clinique, quel diagnostic évoquez-vous ?

47. 1°) Urétrite à Chlamydia trachomatis sur la clinique (écoulement clair et peu abondant, absence de signes cliniques supplémentaires) et sur l’épidémiologie (Chlamydia trachomatis = germe le plus fréquemment isolé dans les Infections Sexuellement Transmissibles) 2) Quelles autres formes cliniques peuvent être dues à cet agent pathogène ?

48. 2°) Formes cliniques variables selon le sérotype :  sérotypes A, B, Ba et C : trachome (atteinte oculaire avec conjonctivite évoluant vers une cécité, dans les PVD surtout)  sérotypes D à K : IST de type urétrite, cervicite pouvant se compliquer en bartholinite, stérilité…  sérotypes L1, L2, L3 : lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Nicolas et Favre (petite lésion génitale accompagnée d’une adénopathie, évoluant en suppuration voire fistulation) 3) Quels types de prélèvements réalisez-vous pour isoler l’éventuel agent responsable ?

49. 3°) Prélèvement urétral (jusqu’à 3-4 cm) par grattage avec un écouvillon ou une curette. Nécessité de prélever des cellules en grattant car germe intra-cellulaire +++. On peut éventuellement recueillir également le 1er jet des urines du matin. 4) Quels sont les moyens de diagnostic biologique disponibles ?

50. 4°) La culture cellulaire reste la méthode de référence (mais difficile et long : labos spécialisés). On utilise l’ImmunoFluorescence Indirecte (IFI) avec des anticorps monoclonaux dirigés contre Chlamydia (Outer-Membran Protein). On utilise également beaucoup la PCR. Les méthodes sérologiques sont réservées au diagnostic des infections profondes. Rq : Chlamydia trachomatis ne pousse pas en culture et ne se colore pas !!! 5) Si vous envisagez un traitement, à quelle(s) classe(s) doit-il appartenir ? Pourquoi ?