1 / 10

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli .

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli. Работа выполнена Пыловой Натальей Кафедра генетики. Введение. Цель данного моделирования – описать кинетику белковых комплексов SOS- системы, участвующих в реализации механизма TLS.

newman
Download Presentation

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli .

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS-системы бактерий E.coli. Работа выполнена Пыловой Натальей Кафедра генетики

  2. Введение. Цель данного моделирования – описать кинетику белковых комплексов SOS-системы, участвующих в реализации механизма TLS.

  3. LexA– репрессор генов, входящих в SOS-регулон. • RecA*- обладает протеазной активностью. • UmuD2C– позволяет осуществить процесс TSL. • UmuD’DC– ингибирует мутагенез. • UmuD2C– снижает корректорские функции ДНК-полимеразы III.

  4. Этап 1. Моделирование кинетики образования димеров. Дифференциальное уравнение, описывающее изменение концентрации димера:d[димер]/dt=V(димер+)-V(димер-), V(димер+) и V(димер-) – скорости прироста и убывания концентрации соответственно. Система, описывающая кинетику димеров: d[UmuD2]/dt=ε− υ[UmuD2][Lon-протеаза] d[UmuD2’]/dt=η− φ[UmuD2][UmuD] d[UmuDD’]/dt= μ φ[UmuD2’][UmuD] −ω[ClpXP][UmuDD’]

  5. Решения UmuD2 UmuD’2 UmuDD’ 8 • Параметры системы: ε,υ, η, μ,, φ, ω, [UmuD], [Lon-протеаза], [ClpXP], [RecA*] • Переменные: [UmuD2],[UmuD2’], [UmuDD’]. Начальные условия: • [UmuD2 ](0) = 1, • [UmuD’2] (0) = 0, • [UmuDD’] (0) = 0. 6 4 2 Время,мин 20 30 50

  6. Этап 2. Моделирование кинетики комплексов SOS-системы. • Дифференциальное уравнение, описывающее изменение концентрации комплекса: d[комплекс]/dt=V(комплекс+)-V(комплекс-), V(комплекс+) и V(комплекс-) – скорости прироста и убывания концентрации соответственно. Тогда система будет иметь вид: d[UmuD2C]/dt=α1[UmuD2][UmuC] − β1[UmuD2C][Lon-протеаза] d[UmuD2’C]/dt= α2[UmuD2’][UmuC] − β2[UmuD2’C][UmuD] d[UmuDD’C]/dt= α3[UmuDD’][UmuC]+ β2[UmuD2’C][UmuD]− − β3[UmuDD’C][ClpXP-протеаза]

  7. Решения UmuD2C UmuD2’C UmuDD’C 8 • Параметры:α1, α2, α3, β1, β2, β3, [UmuD] [Lon-протеаза]. • Переменные: [UmuD2C], [UmuD2’C], [UmuDD’C] [UmuD2], [UmuD2’], [UmuDD’]. • Начальные условия: [UmuD2C](0)=0 [UmuD2’C](0)=0 [UmuDD’C](0)=0 4 2 20 40 Время,мин 120

  8. Выводы. • Моделирование кинетики белковых комплексов позволяет проследить, как изменится их концентрация при изменении индуцирующего фактора. (Например, при изменении концентрации действующего вещества или его замене другим). • Кроме того, механизм SOS-репарации лежит в основе возникновения устойчивости болезнетворных бактерий к антибиотикам. И поэтому очень важно знать, с какой скоростью меняются концентрации белков SOS-регулона и к каким последствиям это приведёт, чтобы создать лекарство, которое бы замедляло процесс возникновения устойчивости и было безопасным для человека.

  9. Список использованной литературы: • О. В. Белов: «Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS-системы бактерии E.coli, осуществляющих процесс TLS». • В. Ю. Ушаков: «SOS-система репарации ДНК у бактерий»(обзорная статья)

  10. Спасибо за внимание!

More Related