1 / 29

Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver)

Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver). Csernetics Árpád. Bioinformatika SZIT 2005. ápr. 18. A Genome2D-t bemutató publikáció. Mi a Genome2D és miért fontos?. rengeteg adat. Bakteriális genom szekvenálás.

penda
Download Presentation

Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT 2005. ápr. 18.

  2. A Genome2D-t bemutató publikáció

  3. Mi a Genome2D és miért fontos? rengeteg adat • Bakteriális genom szekvenálás új technológiák, bioinformatika fejlődése. • Windows-alapú szoftver (bakteriális transzkriptóma • megjelenítése, lineáris kromoszóma térkép adatok, • regulátor elemek, operonok). • Grafikus adat megjelenítés (pl. metabolikus útvonalak, • génszabályzás, transzkriptóma adatok analízise).

  4. Genome2D-vizualizáció

  5. Genome2D előnyei • Könnyű és gyors adatfeldolgozás: lineáris bakteriális • genomok (holland kutatócsoport Gram-pozitív baktériumok), • valamint az új adatok számára (terminátor, regulátor • kötő helyek). Transzkripciós egységek (operonok) • vizsgálata (koexpresszálódó gének, szomszédos gének), • statisztikai adatok. • Kapcsolat más programokkal. GenVision (DNAStar, Madison, WI), GeneSpring (SiliconGenetics, Redwood City, CA), Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes (KEGG), EcoCyc és TM4 Genome2D

  6. Genome2D, mint szoftver • A szoftvert Borland Delphi 6-ban (fejl.környezet, • prog. nyelv Pascal) írták. • Microsoft Windows 9x/NT/2000/XP használathoz (egyszerű • felhasználás, alacsony igények). • Fejleszthető (saját célokra, újabb elemzésekhez • pl. proteóma analízishez). • CADSys 4 könyvtár 4.2-es verziója: 2 D-os genom • vizualizáció. • Részletes bakteriális genom térkép rajzolása (specifikus • genetikai elemekkel, mint pl. transzkripciós terminátor • és regulátor kötő helyekkel).

  7. Genome2D-használat • Adatbevitel (DNS microarray): tabbal elválasztva • 1.oszlop: gén neve • 2.oszlop: szín kód (fekete, fehér, vörös, sárga, fukszia (lila), • zöld, limezöld, kék, ciánkék). • Vagy értékekkel (pl. gén-expressziós hányados). • Különféle adathalmazok (pl. időközönkénti mérések a • transzkriptóma analízis során) különálló fájlokként tölthetők be, • majd az adatok megjeleníthetők.

  8. Genome2D-adatok analízise • Bakteriális genom szekvenciákhoz. • Holland csoport: • -B. cereus • - B. subtilis • - L. lactis • - L. plantarum • - S. pneumoniae.

  9. Genome2D-példák vizualizációra • B. subtilis groES (ComK regulált) gén, groEL is mutatott • aktivitást-egy operon részei. • Hasonlóan ComK aktiváció függő yvrP, yvrN, yvrM és • yvrO gének egy operon részei. • ComK indukció szintjei • Orientáció (antiszensz RNS).

  10. Adat nyerés és analízis • Hamoen és mtsi. azonosítottak minden K-boxot (ComK • kötő hely) B. subtilisben, valamint minden gén és operon • upstream boxot. • RNS polimeráz kötő helyek vizsgálata, genom szerveződés.

  11. Egyéb lehetőségek • A L. lactis ssp. lactis IL1403 génjeinek vizsgálata • (funció felderítése-fehérje vizsgálatok, közvetlen • gén vizsgálat). • CcpA szabályzás vizsgálata (cukor metabolizmus • szabályzás)-CcpA kötő helyek, promóter elemek vizsgálata. • Cre-box szekvenciák (több Gram-pozitív baktériumban) • vizsgálata mátrix konszenzus szekvencia generálás: ATGWAARCGTTTWCA (ahol W=A v. T és R=A v. G) • Eredmény: azonosítottak 1807 (vélhetően) cre-boxot az • említett törzs genomjában.

  12. A cre-boxok vizsgálatának további eredményei • A cre-boxok 43%-a intergénikus régiókban lokalizált. • 13 L. lactis génhez és 116 CcpA szabályzás alatt álló génhez • hasonló gént azonosítottak B.subtilisben (fehérje szekvencia • egyezés alapján BLASTP segítségével, ahol e<10-49). Mind • a 13 gén a CcpA szabályzása alatt áll, ahogy ezt korábban • feltételezték.

  13. Genome2D-fontosabb elérhetőségek http://molgen.biol.rug.nl/molgen/research/molgensoftware.php

  14. Genome2D-fontosabb elérhetőségek http://molgen.biol.rug.nl/genome2d

  15. Genome2D-a program rövid bemutatása

  16. Genome2D-a program rövid bemutatása

  17. Genome2D-a program rövid bemutatása

  18. Genome2D-a program rövid bemutatása

  19. Genome2D-a program rövid bemutatása

  20. Genome2D-a program rövid bemutatása

  21. Genome2D-a program rövid bemutatása

  22. Genome2D-a program rövid bemutatása

  23. Genome2D-a program rövid bemutatása

  24. Genome2D-a program rövid bemutatása

  25. Genome2D-a program rövid bemutatása

  26. Genome2D-a program rövid bemutatása

  27. Genome2D-a program rövid bemutatása

  28. Összefoglaló • A Genome2D egy egyszerűen használható szoftver, nem • igényel komolyabb technikai felszereltséget, sem komolyabb • számítógépes ismereteket. • Gyors adatfeldolgozást tesz lehetővé. • Szoros kapcsolat adatbankokkal, más programokkal. • Széleskörű felhasználhatóság. • Fejleszthető.

  29. Köszönöm a figyelmet!

More Related