1 / 16

Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace. Sekvenace se dělá ve dvou fázích Za použití DNA polymerázy a směsi normálních a modifikovaných deoxyribonukleotidů se syntetizuje vlákno DNA

rupert
Download Presentation

Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

  2. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

  3. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace • Sekvenace se dělá ve dvou fázích • Za použití DNA polymerázy a směsi normálních a modifikovaných deoxyribonukleotidů se syntetizuje vlákno DNA • Produkty polymerizace se v automatických strojích chromatograficky dělí podle velikosti a vypovídají o sekvenci • Jedna reakce podá informaci o 500-1000 bazích

  4. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

  5. Sekvenace hybridizací současná metoda sekvenace

  6. Sekvenace hybridizací CGTGATCGACGATGCATACGATGCAGTCGATGCGCATGC ACGATGCATA

  7. Sekvenace hybridizací ? TCTA CATG TGTC ACAT ATGT GTCT ACGTGGCTA ACGT CGTG GTGG TGGC GGCT GCTA

  8. Sekvenace hybridizací ACATGTCTA TCTA CATG TGTC ACAT ATGT GTCT

  9. Sekvenace hybridizací ? CGT ACG GAC TCG GCG CGG GTC CGC GGA

  10. Sekvenace hybridizací ACGTCGCGGAC ACG CGT GTC TCG CGC GCG CGG GGA GAC

  11. Sekvenace hybridizací ACA CAA AAA AAC ACG CGC GCA CAC ACT CTT TTA TAA AA CA AC TA CT CG GC TT ACACGCAACTTAAA ACAAACGCACTTAA

  12. Sekvenace hybridizací SBH – Sequencing by hybridization SBH – 1988 Bains and Smith, Lysov et al. SBH – 1989 Dramanac et al., Pevzner PSBH – Positional SBH SBH s univerzálními bázemi Interaktivní SBH Resekvenace SBH s nepřesnostmi

  13. Sekvenace hybridizací Univerzální báze 1. kombinace nukleotidů 2. sloučeniny na bázi inosinu, 5-nitroindol Preparata et al.: XXXX***X***X***X Použití mezer zvyšuje teoretickou sekvenovatelnost z délky 2**k téměř 4**k

  14. Sekvenace hybridizací

  15. Sekvenace hybridizací

  16. Sekvenace hybridizací Chyby znižují efektivnost už i tak poměrně nejisté procedury, pokud uvažujeme s možností chyb, musíme vyšetřit větší množstvo alternativních cest grafem oligonukleotidů Pevzner vyzkoušel SBH na 100 reálných sekvencích o délce 200. Při k=8 (65536 oligonukleotidů) úspěšně osekvenoval jenom 94 vzorků (potřeba oligonukleotidů na osekvenování sekvence délky n klasickou metodou je přibližně n**2)

More Related