1 / 17

Anàlisi del metabolisme central del Carboni Fluxos Metabòlics

Anàlisi del metabolisme central del Carboni Fluxos Metabòlics. Marc Carnicer Heras Genòmica i Proteòmica Juny 2008. Uwe Sauer. 2006. INTRODUCCIÓ. Integració: Genòmica Proteòmica Interacció de metabòlits Biologia de sistema. Metabolòmica Fluxomica. METODOLOGIA. Uwe Sauer . 2006.

tan
Download Presentation

Anàlisi del metabolisme central del Carboni Fluxos Metabòlics

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Anàlisi del metabolisme central del Carboni Fluxos Metabòlics Marc Carnicer Heras Genòmica i Proteòmica Juny 2008

  2. Uwe Sauer. 2006 INTRODUCCIÓ • Integració: • Genòmica • Proteòmica • Interacció de metabòlits • Biologia de sistema. • Metabolòmica • Fluxomica

  3. METODOLOGIA UweSauer. 2006 • Cultiu cel·lular. • Flux ratios • NMR • MS • Model matemàtic • Fluxos absoluts

  4. CULTIU CEL·LULAR • Continus  Steady state • Font de carboni 13C  Flux ràtios O2, CO2, biomassa, sub-productes,… O2, CO2, 1 font de 12C i 13C,.. Reconciliació de les dades

  5. FLUX RÀTIOS. ANÀLISIS 13C- NMR Thomas Szyperky 1996 Resultats gel 2D [13C,1H]-COSY (FCAL)

  6. FLUX RÀTIOS. ANÀLISIS 13C- NMR Thomas Szyperky 1996

  7. FLUX RÀTIOS. ANÀLISIS MS m+0 m+1 m+2 m+3 m/z No informació posicional Podem mesurar valors absoluts de metabòlits Espectre MS per isoptòmers:

  8. FLUX RÀTIOS. Aina Solà. 2004

  9. FLUX RÀTIOS. • Comparació entre NMR i MS • NMR  Només anàlisis aa. • MS  Aa i metabòlits. • Monitorització de fluxos que no poden ser inferits a partir dels aa. • Seguiment de fenòmens transitoris degut al ràpid intercanvi d’aquest en comparació a la síntesi aa. • Anàlisi de cèl·lules en cultius amb aa en el medi (medis rics). • S. Vaidyanathan, 2005

  10. FLUX RÀTIOS. Aina Solà. 2004 Flux anapleròtic : cit-PEP  mit-OAA Metabolisme central del C. Fluxos ràtios utilitzats.

  11. FLUX RÀTIOS. CÀLCUL Aina Solà. 2004 Càlcul del flux anapleròtic : cit-PEP  mit-OAA

  12. FLUX RÀTIOS. • Potencial de l’estudi dels Flux ràtios: • Nova via metabòlic de degradació de la glucosa en E. coli (Fisher and Sauer, 2003b). • Funció anapleròtica d’enzims gluconeogènics en Bacillus subtilis (Zamboni et al., 2004). • Identifiació de la topologia de la xarxa metabòlica en microorganismes poc caracteritzats (Fuhrer et al.,2006) • S. Vaidyanathan, 2005

  13. S. Vaidyanathan, 2005 MODEL MATEMÀTIC • Model derivat del genoma • Topologia de la xarxa metabòlica mitjançant iteracions. • Predicció del comportament cel·lular. • Predicció de possibles efectes de la manipulació gènica en el fenotip. • Models de vies metabòliques específiques

  14. Nutrient transport/catabolism Common intermediates Central (core) metabolism Precursors cofactors Walls DNA Protein Membranes RNA MODEL MATEMÀTIC • Model cinètic: • Permeten metabolisme dinàmic. • Complicats • Falta de paràmetres cinètics. • Model estequiomètric: • Metabolisme en steady-state. • Menys complicats. • Uwe Sauer. 2006

  15. MODEL MATEMÀTIC Dades fisiologiques de cultiu Flux ràtios Fluxes Absoluts Model estequiomètric Optimització del model

  16. EXEMPLE: Pichiaanomala Thomas Szyperky 1996 • Ascomicet interès industrial. • Metabolisme en condicions aeròbiques i hipòxiques.

  17. BIBLIOGRAFIA • Uwe Sauer. Metabolic networks in motion: 13C-based flux analysis. 2004. ed: Molecular System Biology. • Elisabeth Fredlund. Oxygen- and Glucose-Dependent Regulltion of Central Carbon Metanolism in Pichia anomala. 2004. Applied and Enviromental Microbiology. • Hannu Maaheimo. Central carbon metabolism os Saccharomyces cerevisae explored by biosynthetic fractional 13C labeling of common amino acids. 2001. FEBS. • Roelco J. Kleijn. Metabolic flux analysis of glycerol overproducing Saccharomyces cerevisae strain on GC-MS, LC-MS and NMR derived 13C labelling data. 2006. FEMS. • Marilyn G. Wiebe. Central carbon metabolism of Saccharomyces cerevisae in anaerobic, oxygen limited and fully aerobic steady state conditions and following a shift to anaerobic conditions. 2007. FEMS. • Uwe Sauer. High throught phenomics: experimental methods for mapping fluxomes. 2004. Elsevier. • S. Vaidyanathan. Metabolisme Analyses. 2005. Springer.

More Related