Klinik Mikrobiyoloji Temel Bilgiler ve Uygulamalar 1-2

1. Klinik MikrobiyolojiTemel Bilgiler ve Uygulamalar 1-2 Uzm. Dr. Firuzan İDEMEN Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji BALIKLIGÖL DEVLET HASTANESİ

2. Enfeksiyon etkenlerinin sınıflandırılması Tek hücreliler Prokaryotikler • Bakteriler • Klamidyalar • Mikoplazmalar • Riketsiyalar Ökaryotikler • Mantarlar • Protozoonlar Asellüler • Prionlar • Viroidler • Viruslar Çok hücreliler • Mantarlar • Helmintler • Artropotlar

3. Bakteriler • Büyüklüğü 0.5-1.00 mikrometre arasındadır • Kok, basil ya da sarmal yapısında olabilir. • Yapısında çekirdek, sitoplazma, hücre zarı, hücre duvarı, kapsül, kirpik, fimbriya / pili, spor yapılarını içerir • Hücre duvar yapısı Gram boyanma özelliğinden sorumludur • Gram pozitif hücre duvarı daha kalındır, yapısında teikoik asit bulundurur

4. Bakteri hücre duvar yapısı

5. Bakteri (Gram-pozitifler) Basiller • Bacillus • Clostridium • Lactobacillus • Actinomyces • Nocardia • Rhodococcus • Mycobacterium • Corynebacterium Koklar • Staphylococcus • Streptococcus • Peptostreptococcus • Enterococcus • Lactococcus

6. Bakteri (Gram-negatifler) Basiller • Escherichia, Citrobacter • Salmonella, Shigella • Klebsiella, Enterobacter • Proteus, Providencia • Aeromonas, • Pseudomonas • Acinetobacter(Değişken) • Stenotrophomonas • Brucella • Legionella • Vibrio Koklar • Neisseria • Moraxella

7. Viruslar • DNA ya da RNA içerirler • Nükleik asit protein bir kılıf ile çevrilidir • Bazı viruslar zarfa da sahiptir • Zarf lipid tabakası ve virusa özgü proteinlerden oluşur • Canlı hücrelerde çoğalabilirler • Replikasyon yoluyla çoğalırlar • Antibiyotiklere duyarlı değildirler • Interferonaduyarlıdırlar

8. Mikrobiyolojide laboratuvar yöntemleri • Mikroskopik inceleme • Kültür • Antijen saptanması • Antikor veya hücresel immün yanıtın saptanması • Moleküler yöntemler

9. Mikroskopi • Işık mikroskobu • Direkt mikroskopi • Gram boyası • Metilen mavisi • Ziehl-Neelsen asit fast boya • Floresan mikroskobu • Karanlık saha mikroskobu

10. Dışkı-direkt mikroskopi Giardiaintestinalistrofozoid ve kistleri

11. BOS-çini mürekkebi ile mikroskopi Cryptococcus neoformans

12. Kültürden Gram boyama Gram negatif basil

13. Kültürden Gram boyama Tomurcuklanan maya hücreleri

14. Püy-Gram boyama Hücre içi gram pozitif kok

15. Vücudun normal floraları

16. Vücudun normal mikrobiyal florası • Sağlıklı kişilerin cilt ve mukozalarında yerleşen mikroorganizmalar topluluğu 'normal mikrobiyal flora' olarak isimlendirilir • Flora kalıcı ya da geçiciolabilir • Kalıcı flora belli bölgede, belirli yaşta genellikle değişmeyen, çeşitli etkilerle ortadan kalksa bile yeniden oluşabilen mikroorganizmalar topluluğudur

17. Vücudun normal mikrobiyal florası • Geçici flora belli bölgede çoğunlukla hastalık etkeni olmaksızın birkaç saat ya da gün yerleşen mikroorganizmalar topluluğudur • İnsan vücudunda florası olan bölgeler ağız, orofarenks, nazofarenks, mide, ince ve kalın bağırsaklar, cilt, anteriorüretra, vajen, dış kulak yolu ve gözdür

18. Cilt normal florası • Koagulaz negatif stafilokoklar (KNS) • Staphylococcusaureus (az sayıda) • Micrococcus • Patojen olmayan Neisseria türleri • Alfa-hemolitik ve non-hemolitik streptokoklar • Propionibacterium türleri • Peptococcus türleri • Diğerleri (az sayıda olmak üzere Candida türleri, Acinetobacter türleri)

19. Normal floralar Göz • Koagulaz negatif stafilokoklar • Haemophilus türleri Dış kulak yolu • Koagulaz negatif stafilokoklar • Enterik bakteriler

20. Ağız, nazofarenks, orofarenks normal florası • Difteroidler • Patojen olmayan Neisseria türleri • Alfa-hemolitik ve non-hemolitik streptokoklar • Anaeroblar (Bacteriodes türleri, anaerop koklar, Fusobacterium türleri) • Mayalar • Haemophilus türleri • Pnömokoklar • S.aureus • Gram negatif çomaklar • Neisseriameningitidis

21. Barsak normal florası • Enterik bakteriler (Salmonella, Shigella, Yersinia, Vibrio ve Campylobacter hariç) • Non-fermenter gram negatif çomaklar • Enterokoklar • S.epidermidis • Alfa-hemolitik ve non-hemolitik streptokoklar • Anaeroblar (çok sayıda) • S.aureus (az sayıda) • Mayalar (az sayıda)

22. Genital bölge (Anteriorüretra ve vajen)normal florası • Enterik bakteriler (az sayıda) • S.epidermidis (az sayıda) • Candida albicans ve diğer mayalar (az sayıda) • Anaeroblar (predominant olduğunda önemlidir) • Mycoplasma • Ureaplasma • Corynebacterium türleri • Lactobacillus türleri • Patojen olmayan Neisseria türleri • Alfa-hemolitik ve non-hemolitik streptokoklar • Enterokoklar (az sayıda)

23. Örnek alımı

24. ÖRNEK ALIMI VE TRANSPORTU • Mikrobiyolojik analizler için alınan muayene maddesi canlı organizmalar içermektedir. • Hızlı ve profesyonel davranmak zorundasınız. • Örneğin kalitesi; hastanın tanısı, iyileşmesi ve prognozu için son derece önemlidir. • Tam ve doğru bir laboratuvar tanısı için, klinik tanı ile uyumlu örneklerin uygun zamanda ve uygun yerden alınarak uygun koşullarda laboratuvara hemen ulaştırılması gerekir.

25. 1.    İnfeksiyon bölgesini doğru temsil edecek anatomik bölgeden örnek almalısınız • 2.    Uygun teknik ve saklama koşulları kullanmalısınız • 3.    Etken mikroorganizmanın canlı kalmasını sağlayacak , aynı zamanda akmayı ve çevreye bulaştırmayı önleyecek kap içine koymalısınız • 4.    Mümkün olan en kısa sürede laboratuvara ulaştırmalısınız. Laboratuvara ulaşım gecikecekse, etken mikrooorganizmaya zarar vermeyecek ısıda, transport ortamı içinde saklanmalıdır.

26. Laboratuvar Çalışmaları Tedaviyi Yönlendirici Veriler Sağlar Uygun olmayan yöntemlerle alınan örnekler:

27. Örnekler

28. Dikkat edilmesi gereken hususlar-1 • Hastalık etkeni bakterinin izole edilebilmesi için uygun şekilde örnek alınması, taşınması ve uygun besiyerlerine ekim yapılması önemlidir • Steril bölgelerden alınan örnekler, etken olma olasılığı olan bir bakterinin üretilmesini sağlamak amacıyla zengin nitelikte besiyerlerineekilir • Normalde bir florası bulunan bölgelerden alınan örnekler zengin besiyerlerinin yanı sıra seçici (selektif)ve ayırt edici (diferansiyel) nitelikte besiyerlerineekilir

29. Dikkat edilmesi gereken hususlar-2 • Örnekantimikrobiyaltedavininbaşlanmasındanöncealınmalıdır • Laboratuvarabukonudabilgiverilmelidir • Örnek, patojenmikroorganizmanınbulunmaolasılığı en yüksekolanyerdenalınmalıdır • Bellibiryerdebulunmaolasılığının en yüksekolduğuzamanörnekalınmalıdır • Kankültürüalınacağızamancilt %70’lik alkollesilinip, kurumasıbeklenmeliveardından %2’lik iyotsolüsyonuiletemizlenlenmelidir

30. Dikkat edilmesi gereken hususlar-3 • Üretilenmikroorganizmanın belli miktarörnektekisayısınınsaptanmasıönemlidir • Örn: idrarkültürlerinde belli birkolonisayısınınüstüanlamlıkabuledilir • Florasıolanörneklerdeetkenolmaolasılığıolanbakterininmiktarınınbelirtilmesiönemlidir • Örneklerinlaboratuvara en kısazamandaulaştırılmasıönemlidir • İdrar, dışkıvebalgambirkaçsaatbuzdolabındabekleyebilir, BOS bekleyecekise 37˚C’de bekletilmelidir

31. Dikkat edilmesi gereken hususlar-4 • Normaldesterilolan, vücudunkapalıderinbölgeleri(kan, plevral, perikardiyal, peritoneal sıvı, eklemsıvısı, transtrakealaspirat, derinyaralar)veyakapalıalanlarınaçıkcerrahisisırasındaalınanörneklerinanaerobkoşullarda da kültürleriyapılmalıdır • Vücutyüzeyinden, yanideri, ağız, burun, boğaz, üretravevajinadanalınanörneklerinveya normal flora ilekolaycakontamineolabilen (idrar, balgamgibi) örneklerinanaerobkoşullardakültürününyapılmasınagerekyoktur

32. Dikkat edilmesi gereken hususlar-5 • Anaerobkoşullardakültürüyapılacakörneğintoplanmasıvetaşınmasındaözeltekniklerkullanılır • Anerobekimiçin en iyiörnekaspirasyonörneğidir • Enjektörilealındığındaiğnedekibütünhavaçıkarılmalıdır • Örneğineküvyonlaalınmasıanaerobekimleriçinuygundeğildir

33. Kan kültürü-1 • Kankültürleriantimikrobiyaltedavibaşlanmadanöncealınmalıdır • Kankültürüsonuçlarınınyalancıpozitifçıkmasınıengelleyecekkoşullarauyulmalıdır • Örneğinalınacağıbölgeninseçimi, aseptiktekniğeuyulması, yeterlimiktardakanörneğialınmasıveyeterlisayıdakültüryollanması • Bakteremiya da fungemiyenedenolanetkenlerinsaptanmasıiçinbirersaataraylaalınan 2 veya 3 kültüryeterliolmaktadır. 24 saatiçinde 2’den fazlakankültürünegerekyoktur

34. Kan kültürü-2 • Kanörneğinialacakolansağlıkpersonelieldivenkullanmalıdır • Santralvenözkateterdenkanörneğialındığında, periferdenalınanbirkanörneği de ayrıcagereklidir • Erişkindekanörneği en az 10 ml olmalıdır. Kültürşişesindekan/sıvıbesiyerioranının 1/5 veya 1/10 olması optimal orandır

35. Kan kültürü-3 • Çocuklarda 1-5 ml’likkanörneğikültüriçinyeterlidir • Yenidoğandasepsis tanısıkoymakiçingenellikleikikankültürüyeterliolmaktadır • Kankültüründe 4 gündenitibarenüremelerbeklenir • Bartonella, Legionella, Brucella, bazımantarlarve HACEK grububakterileriçinbusüredahauzunolabilir • Mikobakterileriçin 4 haftasüregerekir

36. Kan kültürü-4 • Kan kültürüsonuçlarınındeğerlendirilmesinde S.aureus, S.pneumoniae, E.coli vediğerEnterobacteriaceae, P.aeruginosa, C.albicanshemen her zaman (>%90) doğruinfeksiyonugösterir • CorynebacteriumtürlerivePropionibacterium acnes nadiren (<%5) etkendir • Enterokok %78, Streptococcus viridans %38, KNS %15 doğruluktaetkenkabuledilebilir

37. Kan kültürü-5 • Birkaçkültürünsadecebirtanesinde Bacillus, Corynebacterium spp., Propionibacterium acnes vekoagulaznegatifstafilokokürediğinde; alınanbirkaçkültürünbirtanesindepolimikrobiyalüremeolduğundaya da klinikbulgularsepsisleuyumluolmadığındaüreyenbakterininkontaminantolduğudüşünülmelidir

38. Nasıl Alınır

39. Alkol veya İyotlu bileşikler

45. Beyin omurilik sıvısı-1 • Hücresayımı, kimyasalincelemeiçinsterilbirtüpe, kültüriçinayrıbirtüpeörnekalınır • Çokkısazamandalaboratuvaraulaştırılıpkültüryapılmalıdır • İdealiyatakbaşıekimyapılmasıdır • BOS’unboyalıyaymaörneğininincelemesihızlıbiryöntemolmaklabirliktekültüregöreduyarlılığıdüşüktür

46. Beyin omurilik sıvısı-2 • Lateksaglütinasyonyöntemi • BOS örneğindeCryptoccoccusneoformansveyaidrarve BOS örneklerindeHistoplasmacapsulatumaramakaçısındanoldukçayararlıdır • Pnömokok, meningokokveyaH.influenzaearamakaçısındanyeterliolmayabilir

47. Beyin omurilik sıvısı-3 • BakteriyelmenenjitinlaboratuvartanısındaBOS’unGram boyalıpreparatınındeğerlendirilmesi, BOS vekankültürlerirutinolarakyapılmalıdır • AntibiyotikkullanımıöyküsüyoksaGram boyamanınduyarlılığı %75-90’dır, eğerantibiyotikkullananbir hasta iseduyarlılık %40-60’a düşmektedir

48. Beyin omurilik sıvısı-4 • Tüberkulozmenenjitidurumundaasit-fast boyama, kültürve PCR yöntemlerirutindekullanılır • Asit-fast boyamasonucu (+) olanbirpreparatınözgüllüğüçokyüksektir, ancakduyarlılık %10 civarındadır • Kültürsüresini 3 haftadandahakısasüreleredüşürenyöntemlerticariolarakmevcuttur • PCR yöntemininözgüllüğüyüksek (%100) ikenduyarlılığıdüşük (%48) kalmaktadır

49. Beyin omurilik sıvısı-5 • Viral ensefalitlerintanısındamoleküleryöntemlertercihedilmektedir • Ancakolgularınancak %30-70’ında özgületkensaptanabilmektedir • HIV (+) hastalarınbüyükçoğunluğundanörolojikbulgularolmaksızın HIV RNA’sımevcuttur • HSV ensefalitinde PCR yüksekduyarlılıkveözgüllüğesahiptir • Fungal menenjittanısındakullanılan BOS örneğininmiktarıfazla olmalıdır

50. Boğaz kültürü • Tükürükve muközzarların normal flora ilekontaminasyonunuönlemekiçin, dilbasacağıyardımıiledilaşağıbastırıldıktansonraeküvyonağızasokulur • Tonsiller, farinksarkaduvarıvevarsapüyodaklarınasürülür • Ağıziçindedilvedudaklaradeğmedençıkarılmalıdır • Ek bir istek olmadığı durumlarda sadece A grubu beta hemolitik streptokok için kültür yapılır