1 / 29

MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE Zkouška

MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE Zkouška. Součásti zkoušky: Písemná část (5 příkladů) – maximální zisk 10 bodů - k ruce m ůžete mít jakékoli materiály - kalkulačka sebou Ústní část – maximální zisk 10 bodů Nepovinný esej (2-3 strany) a jeho prezentace (10 min.) – 4 body Hodnocení:

udell
Download Presentation

MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE Zkouška

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE Zkouška Součásti zkoušky: Písemná část (5 příkladů) – maximální zisk 10 bodů - k ruce můžete mít jakékoli materiály - kalkulačka sebou Ústní část – maximální zisk 10 bodů Nepovinný esej (2-3 strany) a jeho prezentace (10 min.) – 4 body Hodnocení: 11-13 bodů – dobře 14 – 17 bodů – velmi dobře 18 a více - výborně

  2. Vnitrodruhové vztahy

  3. IZOENZYMOVá analýza Princip Detekce elektroforetickou mobilitou se lišících forem enzymů kódovaných různými alelami určitého genu. Jednotlivé enzymy se detekují prostřednictvím jejich specifické aktivity, většinou pomocí spřažené enzymatické reakce s barevným produktem.

  4. Mikrosatelity

  5. STRUKTURA POPULACÍ • V panmiktické populaci platí Hardy- Weinbergova rovnováha AA Aa aa p2 2pq q2

  6. Možné příčiny odchylek od H-W rovnováhy • Wahlundův efekt • kryptické druhy • parthenogeneze • strukturovanost populace • asortativní rozmnožování • Selekce

  7. Způsob testování odchylek od H-W rovnováhy • CHI2 test (slabý test, nevhodný pro kombinovaná data z více lokusů) Σ(Fpozorovaná-Fočekávaná)2/Fočekávaná • Smithova H statistika (mnohem lepší)

  8. Příklad testování odchylek od H-W rovnováhy AA Aa aa n Pozorováno 40 35 25 100 Frekvence alely A (p) p= [(2 × 40) + 35]/ (2 × 100) = 0,575 Frekvence alely a (q) q = 1 – p = 0,425 AA Aa aa n OčekávánO 100 × p2200 × pq 100 × q2100 33,048,9 18,1 100 χ2 = (40 – 33,0)2+ (35 – 48,9)2 + (25 – 18,1)2= 8,1 33,0 48,9 18,1 Df: 3 – 1= 2, P < 0,01

  9. Příznaky klonality • Fixovaná heterozygozita • Signifikantní nepřítomnost některých genotypů • Rozšíření identických genotypů • Korelace mezi nezávislými genetickými markery • Vazebná nerovnováha -„Gametic phase disequilibrium“, „linkage disequilibrium“

  10. VAZEBNÁ NEROVNOVÁHA

  11. VAZEBNÁ NEROVNOVÁHA Výpočet z frekvencí diploidních genotypů:

  12. VAZEBNÁ NEROVNOVÁHA Příklad:

  13. VAZEBNÁ NEROVNOVÁHA Dmax = menšímu z p1q2 nebo p2q1

  14. Příznaky klonality Fixovaná heterozygozita Signifikantní nepřítomnost některých genotypů Rozšíření identických genotypů Korelace mezi nezávislými genetickými markery Vazebná nerovnováha -„Gametic phase disequilibrium“, „linkage disequilibrium“

  15. VNITRODRUHOVÁ FYLOGENEZE KLONÁLNÍCH DRUHŮ Postupujeme podobně jako u mezidruhové fylogeneze. Můžeme použít libovolný marker, protože všechny odráží fylogenetické vztahy mezi jedinci druhu. RAPD analýza kmenů Trichomonas vaginalis

  16. VNITRODRUHOVÁ FYLOGENEZE SEXUÁLNÍCH DRUHŮ • Jedinec má dva rodiče • Díky segregaci a rekombinaci dochází k míchání alel • Každý lokus prochází jedinečnou historií

  17. Příbuznost u pohlavního druhu - r Sourozenci, rodiče s dětmi ….…….r=0,5 Nevlastní sourozenci, jedinec a jeho prarodiče, vnoučata, tety a strýcové…………..r=0,25 Bratranci a sestřenice……………….r=0,125 Nepříbuzní jedinci…………………….r=0,00 Příbuznost mezi dvěma jedinci – program Kinship

  18. Příbuznost v rámci SUBpopulace Hexp …Očekávaná frekvence heterozygotů v celkové populaci podle HW Hobs …Pozorovaná frekvence heterozygotů v celkové populaci druhu hexp …Očekávaná frekvence heterozygotů v subpopulaci hobs … Pozorovaná frekvence heterozygotů v subpopulaci N…… Počet jedinců v subpopulaci c…….Počet subpopulací Program Relatedness(Queller a Goodnight 1989) H

  19. Určování genetické vzdálenosti populací Rogersova vzdálenost R= (0,5Σ(xi - yi)2)0,5 (1 lokus) Pro víc lokusů -aritm. průměr (xi,yi–frekvence i-té alely v jedné a druhé populaci) Neiovská vzdálenost Mortonův příbuzenský koeficient

  20. Genetický tok mezi populacemi

  21. Genetický tok mezi populacemi FST = (hT-hS)/hT hT……Očekávaná frekvence heterozygotů v subpopulaci hS…… průměr očekávané frekvence heterozygotů pro všechny subpopulace FST= 0-0,05 …..malá diferenciace subpopulací (velký genetický tok) FST= 0,05-0,15 …..střední FST= 0,15-0,25 …..velká FST= 0,25-1,00 …..velmi velká

  22. Genetický tok mezi populacemi

  23. Genetický tok mezi populacemi Nm≈ (1-FST)/4FST FST …F statistika Nm …počet migrantů mezi populacemi za jednu generaci

  24. KOALESCENČNÍ BOD MRCA – most recent common ancestor Jedinec v minulosti, který nesl společného předka zkoumaných alel lokusu. Každý nerekombinující lokus má takový bod na různých místech v historii populace.

  25. MT DNA, KONTROLNÍ OBLAST Kontrolní oblast (D-loop) nejpolymorfnější objast mtDNA HAPLOTYP: polymorfismy na jediné chromatidě, které jsou statisticky sdruženy (kombinace alel ve vazbě).

  26. ADAM A EVA

  27. EVINY „DCERY“

  28. EVINY „DCERY“ V EVROPĚ

More Related