1 / 27

Bioinformatika

Bioinformatika. Dr. Miskei Márton Tudományos munkatárs. Mi az a bioinformatika?. A bioinformatika a számítógépes módszerek kidolgozása és alkalmazása a biológiai információ kezelésére és elemzésére. Bioinformatika célja.

yehuda
Download Presentation

Bioinformatika

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatika Dr. Miskei Márton Tudományos munkatárs

  2. Mi az a bioinformatika? A bioinformatika a számítógépes módszerek kidolgozása és alkalmazása a biológiai információ kezelésére és elemzésére Bioinformatika célja Ezen eszközök, módszerek alkalmazása, az eredmények értelmezése biológiai vizsgálatokban Adatbázisok létrehozása Módszerek kifejlesztése az adatok elemzésére

  3. Genomok Genomi adatbázisok a „genome project”-ek erdményei • Emberi genom • További főemlősök (pl.: gorilla, csimpánz, orángután) • Egyéb emlősök (pl.: patkány, egér, nyúl, disznó) • Egyébb gerincesek (pl.: zebrahal, béka, tyúk) • Gerinctelenek (pl.: laposféreg) • Növények (pl.: lúdfű) • Gombák (pl.: élesztők) • Baktériumok • Vírusok és bakteriofágok

  4. Adatbázisok létrehozása • Genom szekvenálása • ORF meghatározás • CDS meghatározás alapján a fehérje szekvencia meghatározása • Fehérjék doménszerkezetének meghatározása • Fehérjék alapján homológia keresés • Fehérje doménszerkezete, homológia keresés és kisérlettes munka alapján a fehérjék annotálása megfelelő referenciákkal

  5. BAC klón BAC klón Szekvenálás Hagyományos Shotgun

  6. Szekvenálás

  7. ORF és CDS meghatározás ORF: „Open Reading Frame” TATGTTAGGTTAGAC TATGTTAGGTTAGAC TATGTTAGGTTAGAC M L G * C * V R V R L D TATGTTAGGTTAGAC

  8. Exon 2 Exon 3 Exon 1 ORF, CDS, protein szekvencia meghatározás • START hely (ATG) • STOP hely (TAA, TAG) • Intron felismerő szekvenciák alapján az intronok megtalálása ORF Exon 2 Intron 2 Exon 1 Intron 1 Exon 3 STOP START CDS (feltételezett) fehérje elsődleges és másodlagos szerkezet http://linux1.softberry.com/berry.phtml

  9. Fehérjék doménszerkezetének meghatározása Doménadatbázisok alapján, szekvencia hasonlósággal doménkeresés >RLK (receptor lectin kinase) Arabidopsis thaliana MFLKLLTIFFFFFFNLIFQSSSQSLNFAYNNGFNPPTDLSIQGITTVTPNGLLKLTNTTVQKTGHAFYTKPIRFKDSPNGTVSSFSTSFVFAIHSQIAILSGHGIAFVVAPNASLPYGNPSQYIGLFNLANNGNETNHVFAVELDTILSTEFNDTNDNHVGIDINSLKSVQSSPAGYWDEKGQFKNLTLISRKPMQVWVDYDGRTNKIDVTMAPFNEDKPTRPLVTAVRDLSSVLLQDMYVGFSSATGSVLSEHYILGWSFGLNEKAPPLALSRLPKLPRFEPKRISEFYKIGMPLISLFLIFSFIFLVCYIVRRRRKFAEELEEWEKEFGKNRFRFKDLYYATKGFKEKGLLGTGGFGSVYKGVMPGTKLEIAVKRVSHESRQGMKEFVAEIVSIGRMSHRNLVPLLGYCRRRGELLLVYDYMPNGSLDKYLYNTPEVTLNWKQRIKVILGVASGLFYLHEEWEQVVIHRDVKASNVLLDGELNGRLGDFGLARLYDHGSDPQTTHVVGTLGYLAPEHTRTGRATMATDVFAFGAFLLEVACGRRPIEFQQETDETFLLVDWVFGLWNKGDILAAKDPNMGSECDEKEVEMVLKLGLLCSHSDPRARPSMRQVLHYLRGDAKLPELSPLDLSGSGMMFGVHDGFSELGMSYSSSVFKGFTGGSSIADSQLSGGR Katalitikus domén Szignál peptid Transzmembrán domén http://smart.embl-heidelberg.de/

  10. Homológia keresés nukleinsav blastn nukleinsav blastx, tblastn, tblastx protein blastp protein Hasonlóságokat állapít meg Hasonlósági mátrixok (BLOSUM 62) Jutalom és büntető pontok http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

  11. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Cikkek keresése és letöltése • Leghasznosabb az NCBI honlap • Szerző, cím vagy kulcsszó alapján kereshető • A cikkek egy réssze letölthető (pdf) • Absztrakt megtalálható

  12. Annotálás és funkcionális csoportokba sorolás Ismeretlen fehérjét kódoló ORF Homológia keresés Amennyiben találunk funkcionálisan leírt ortológot, feltételezhetjük, hogy azonos funkciót végez az ORF által kódolt fehérje Kísérletesen igazolható a funkciók azonossága Funkcionális csoportosítás (GO szám)

  13. Filogenetika Az összevetendő szekvenciák kigyüjtése A szekvenciákat FASTA formátumú átalakítása ClustalW multiple alignment Dendogram rajzolása

  14. Programok pDRAW32 Alkalmas a DNS szekvenciák manipulálásának tervezésére (génebészet)

  15. Programok pDRAW32

  16. Programok pDRAW32

  17. Programok pDRAW32

  18. Programok Oligo Explorer Primer tervezés PCR munkára

  19. Oligo Explorer Programok

  20. Programok Oligo Analyser Primer ellenőrzés

  21. Programok BioEdit

  22. Programok BioEdit ClustalW többszörös szekvencia összerendezés

  23. Programok BioEdit

  24. Programok MEGA 4

  25. Programok MEGA 4 ClustalW többszörös szekvencia összerendezés

  26. MEGA 4 Programok Filogenetikai fa rajzolás és ellenőrzés

  27. Köszönöm

More Related