STRATEGIE PER AUMENTARE LA RESA DI PROTEINA RICOMBINANTE IN E. coli

1. STRATEGIE PER AUMENTARE LA RESA DI PROTEINA RICOMBINANTE IN E. coli COESPRESSIONE CON CHAPERON MOLECOLARI AUTOINDUZIONE MARLEY DOPPIA SELEZIONE mazF Coespressione di piu’ proteine target

5. CHAPERONINE BATTERICHE TRIGGER FACTOR DnaK/DnaJ CHAPERONI BATTERICI GroEL/GroES Si legano ai peptidi nascenti Si occupa del 30-50% delle proteine solubili di E. coli

6. TRIGGER FACTOR: peptidil-prolil cis/trans isomerasi stabilmente associata ai ribosomi coopera con DnaK/DnaJ nel folding di polipeptidi nascenti

7. DnaK (Hsp70): il dominio C-terminale lega peptidi idrofobici il dominio N-terminale ha attività ATPasica DnaJ (Hsp40): co-chaperone di DnaK, attiva l’idrolisi di ATP e facilita lo scambio ADP/ATP Il sistema DnaJ/DnaK è molto importante per le proteine il cui C-terminale è necessario per il folding corretto

11. GroEL: 2 anelli di 7 subunità da 58 kDa ciascuno che formano una cavità centrale GroES: eptamero di subunità da 10 kDa ognuna, interagisce con GroEL formando la cavità che ospita la proteina non foldata

12. R. J. Ellis Current Biology Volume 13, Issue 22, 11 November 2003, Pages R881–R883

13. COESPRESSIONE CON CHAPERONINE A. Trasformazione con plasmidi contenenti i geni per le chaperonine Preparazione di cellule competenti contenenti il plasmide con i geni delle chaperonine Trasformazione con plasmide per l’espressione della proteina ricombinante

14. COESPRESSIONE CON CHAPERONINE

15. AUTOINDUZIONE • Metodo descritto da Studier FW et al. (2005) Protein Expr. Purif. 41(1): 207-234. • Basato sulla capacità di alcuni terreni di indurre l’espressione di proteina in E. coli • Risultato di differenti stati metabolici dei batteri • Studio dei componenti del terreno che sono necessari per l’autoinduzione

16. IN ASSENZA DI GLUCOSIO

18. Operone Lac • L’operone di Lac contiene tre ORF: lacZ: b-galattosidasi, lacY: permeasi del lattosio, lacA: trigalattoside transacetilasi. • L’operone lac è regolato dal repressore Lac: lacI • Anche CAP (Catabolite Activator Protein) regola l’operone. È un recettore di cAMP. • Il repressore Lac lega il DNA solo in assenza di lattosio. • CAP è un attivatore, e lega il DNA solo in assenza di glucosio, quando cAMP è alto.

20. Il repressore lac si lega ai due operatori come tetramero • L’ansa si forma tra il repressore legato all'operatore principale e quello a monte, ausiliario a 90 bp. Un'ansa del tutto simile si può formare in alternativa con un operatore a valle, a 400 bp

21. I tre geni lacZ, LacY e lacA sono trascritti come un unico mRNA. L'operatore si trova sul promotore nella regione legata dalla RNA polimerasi e il sito CAP si trova proprio a monte del promotore. L'operone Lac

25. La regione di controllo dell'operone lac. Sono mostrate le sequenze nucleotidiche e l'organizzazione della regione di controllo dell'operone lac. Le barre colorate sotto e sopra indicano le regioni coperte dalla RNA polimerasi e dalle proteine regolatrici. Si noti che il repressore lac copre più DNA della sequenza definita come il minimo sito di legame dell'operatore, e la RNA polimerasi copre più DNA di quello definito dalle sequenze che formano il promotore.

26. L'espressione dei geni lac. La presenza o l'assenza degli zuccheri lattosio e di glucosio controlla il livello di espressione dei geni lac. Livelli elevati di espressione necessitano la presenza del lattosio (quindi la assenza di un repressore lac funzionale) e l'assenza della preferenziale forma di energia, il glucosio (e quindi la presenza dell'attivatore CAP). Quando è legato all'operatore il repressore Lac esclude la polimerasi, indipendentemente dalla presenza di CAP attivo. CAP porta la polimerasi sul promotore sul promotore lac dove va incontro ad una isomerizzazione spontanea a compresso aperto.

31. L'attivazione del promotore lac da parte di CAP. Il legame dell’RNA polimerasi al promotore lac con l'aiuto di CAP. Il CAP è riconosciuto dalla CTD della subunità alfa.

32. Quando interagisce con il CAP l'alfa-CTD contatta anche il DNA adiacente al sito CAP. struttura del complesso CAP-alfa CTD-DNA. CAP è mostrato legato al suo sito sotto forma di dimero. Inoltre viene mostrato l‘alfa-CTD della RNA polimerasi legata ad un pezzo di DNA adiacente e mentre interagisce con il CAP. Il sito di interazione su ciascuna proteina coinvolge residui identificati geneticamente. CAP è in turchese, alfa-CTD in viola. Ad ogni molecola di CAP è legata una molecola di ATP

33. L’attività di Lac repressor e CAP sono regolate allostericamente • Il lattosio si trasforma in allolattosio e si lega al lac repressor. • In assenza di allolattosio il repressore è attivo, e si lega al DNA • Il legame con allolattosio ne fa cambiare la conformazione, che non è più competente a legare il DNA. Il sito di legame è diverso da quello del DNA. • La presenza di glucosio mantiene bassa la concentrazione di cAMP. • In basso glucosio cAMP aumenta, si lega a CAP e lo rende competente a legare il DNA, e ad agire da attivatore. • CAP regola vari altri geni, tra cui cui quelli dell’operone Galattosio. CAP à una molecola che in tutti gli organismi funge da segnale di carenza energetica

34. Duplice controllo dell’operon di lac

35. Repressione glucosio-dipendente Glucose is known to repress a large number of inducible enzymes in many different bacteria. Glucose represses the induction of inducible operons by inhibiting the synthesis of cyclic AMP (cAMP), a nucleotide that is required for the initiation of transcription of a large number of inducible enzyme systems including the lac operon. cAMP is required to activate an allosteric protein called CAP (catabolite activator protein) which binds to the promoter CAP site and stimulates the binding of RNA polymerase to the promoter for the initiation of transcription. Thus, to efficiently promote gene transcription of the lac operon, not only must lactose be present to inactivate the lac repressor, but cAMP must be available to bind to CAP which binds to DNA to facilitate transcription. In the presence of glucose, adenylate cyclase (AC) activity is blocked. AC is required to synthesize cAMP from ATP. Therefore, if cAMP levels are low, CAP is inactive and transcription does not occur. In the absence of glucose, cAMP levels are high, CAP is activated by cAMP, and transcription occurs (in the presence of lactose).

36. AUTOINDUZIONE Glucosio: » Fonte di energia primaria » Repressione Glicerolo: » Fonte di energia tardiva Lattosio: » Induzione

38. AUTOINDUZIONE Vantaggi rispetto all’induzione con IPTG: • Non è necessario monitorare OD600 • Possono essere eseguite numerose colture in parallelo • OD600 finale è più alto che con l’induzione con IPTG (LB/IPTG ~ 1.8, Auto-induzione ~ 5) • Maggiore resa di proteina

39. MARLEY • La velocità di crescita di E. coli in terreni minimi è generalmente più bassa rispetto ai terreni ricchi • Un metabolismo più lento può ridurre i livelli di overespressione della proteina ricombinate a causa di: • Instabilità plasmidica • Accumulo di metaboliti tossici e proteasi • La velocità di produzione della proteina è direttamente correlata alla velocità di crescita del batterio: Cambiando il tempo di duplicazione di E. coli da 100 a 24 minuti si ottiene un aumento di 10 volte del numero di ribosomi per cellula

40. MARLEY OD600 = 0.7 - 0.9 (1X – 2X – 4X – 8X) 1 h The cell pellets were resuspended in 250 ml of either 13C labeled minimal media at cell concentrations 1×, 2×, 4×, and 8× greater relative to the originating LB cell growths (e.g. 1× results in an OD600≈0.7 and 8× results in OD600≈5.6 suspended in 250 ml of minimal media)

41. DOPPIA SELEZIONE • Non tutte le colonie di una piastra sono identiche in termini di livelli di espressione • La doppia selezione delle colonie permette di selezionare la colonia con il migliore livello di overespressione della proteina ricombinante • Gli stock in glicerolo fatti da colonie selezionate mantengono un alto livello di overespressione  non è necessaria una trasformazione fresca.

42. Steps fondamentali: Scegliere alcune colonie da una piastra di cellule trasformate e crescerle singolarmente in LB fino a OD600=0.6-0.9 ed eseguire un test di espressione inducendo l’espressione di proteina con IPTG Piastrare in una nuova piastra 5ul della coltura non indotta (diluita a OD600= 0.05) che dal test di espressione ha espresso la quantità di proteina maggiore Selezionare alcune colonie dalla piastra e ripetere il test di espressione Piastrare o preparare uno stock in glicerolo dalla coltura migliore • DOPPIA SELEZIONE

43. DOPPIA SELEZIONE

44. Tre metodi di espressione a confronto: Marley High cell density. IPTG induction Standard IPTG induction with medium switch Auto-induction

45. Induzione con IPTG tradizionale VS espressione ad alte densità cellulari

47. Maz-F is a sequence specific endoribonuclease that cleaves ssRNA* at ACA sequence. Maz-F efficiently and selectively degrades all mRNAs in vivo. • mazF: single protein production (SPP) system Other types of ssRNAs seems to be protected from cleavage: • tRNAs have a very extended secondary structure • rRNAs are tightly associated to ribosomal proteins

48. The pACYCmazF MazF has been succesful clone in a plasmid T7-controlled, IPTG inducible. MazF induction effect: Severe reduction of protein synthesis Growth arrest, i.e. MazF induction in E. coli causes a novel physiological state called ‘quasi-dormancy,’ under which cells are fully metabolically active and capable of synthesizing protein even in the total absence of cell growth • mazF Only the ACA-less mRNAs coming from an engineered sequence will be successfull expressed

49. Sequence optimization (ACA-less RNA) • mazF Remove ACA sequence in the whole gene without considering the reading frame !!

50. Altered codons are optimized for usage in Escherichia coli. Altered bases are in red. X is an unspecified nucleotide, which is variable according to the amino acid code for the amino acid listed. X should not be changed when ACA sequences are altered. • mazF Sequence optimization (ACA-less RNA)