Slicer 3 チュートリアル SPL における腹部アトラス

1. Slicer 3 チュートリアルSPLにおける腹部アトラス Ion-Florin Talos, M.D.

2. 謝辞 NIH P41RR013218 (Neuroimage Analysis Center) NIH U54EB005149 (NA-MIC)

3. 免責条項 • 使用者は添付ライセンス内の内容と関連法に遵守してslicerを使用すること

4. 使用するソフトウェア,データセット • Slicer 3(このチュートリアルではslicer3-3.0を使用) →http://www.slicer.org/pages/Special:SlicerDownloads • アトラスデータ →http://www.spl.harvard.edu/publications/item/view/1266 • CT画像 • ラベルマップ • 3Dモデル

5. 学習目標 • アトラスデータの読み込み • 　体内の独自の3Dviewの製作と表示

6. チュートリアルにおける必要条件 Slicer Training データの読み込みと表示のチュートリアルを行うこと →http://wiki.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer:Workshops:User_Training_101

7. 要旨 Part 1: 腹部アトラスデータの読み込み Part 2:体内の独自の3Dviewの製作と表示

8. 腹部アトラスデータの読み込み • 　解剖学的な濃淡値データ(CTやMRI等の画像データ) …………………. • MRMLシーン …………………………. • 3Dモデル……………………………… • 　ラベルマップ……………………………

9. アトラスデータの読み込み Fileメニューより,Load Sceneを選択. ポップウィンドウにおいて, Abdominal_Atlas2008.mrmlを選択し, Openをクリック.

10. アトラスデータの読み込み 3Dモデル ラベルマップでオーバーレイされたCT画像

11. 要旨 • Part 1: 腹部アトラスデータの読み込み • Part 2:体内の独自の3Dviewの製作と表示

12. 独自の3Dviewの製作 Modelsモジュールのvisibilityより,3Dモデルが各構造毎に表示するかどうかを選択できることから,独自の体内の3Dviewを製作することが可能.

13. 独自の3Dview

14. 独自の3Dviewの製作(1) Modulesより,Modelsモジュールを選択. Hierarchy & Displayタブを開く Model Display欄より,Select Model or Hierarchyにおいて,モデルを選択し,そのモデルを3DViewer内で表示したいならば,Visibilityのチェック欄にチェックを入れる.(チェックを入れなければ,表示されない)

15. 独自の3Dviewの製作(2) Modulesより,Dataモジュールを選択. Create Scene Snapshotをクリックし,ポップアップウィンドウにおいて,独自の3Dviewの名前を記入. (例：Portal Circulation)

16. 独自の3Dviewの製作(3) • Scene Snapshotの右側の欄をクリックすると,これまでに作成したスナップショットのデータファイル名も出てくるので,そこから選ぶことも可能である. • 保存ファイル名が決定すれば,Restoreをクリック.

17. 補足(1) • スライド14~16に関しては,slicer3-3.0バージョンにおけるスナップショット方法である. • Slicer3-3.0以降のもの(3.2や3.4等)では上記のスナップショット方法と異なる. • 3.2,3.4バージョンにおけるスナップショット方法を説明する.

18. 補足(2)

19. 補足(3)

20. 補足(4)

21. 翻訳 スライド翻訳：木西　基 ** 　　　　 　 監守：波多　伸彦 ** Surgical Plannninng Laboratory, Harvard Medical School ** 知的画像処理研究室, 立命館大学