Teme diplomskih nalog za študente 1. diplomske stopnje

1. Teme diplomskih nalog za študente 1. diplomske stopnje področje Biokemija

2. Predstavljena so tiste teme oziroma podpodročja, za katere so profesorji poslali podatke. • Diplomo lahko opravljate pod mentorstvom kateregakoli habilitiranega učitelja, ki sodeluje pri izvedbi programa Biokemija (za študente Kemije: programa Kemija) na 1. ali 2. stopnji študija. • Vsak mentor ima lahko največ tri diplomante 1. stopnje na leto. • Ob vpisu se odločite za področje. Sočasno bomo za študente Biokemije izvedli anketo, ki nam bo olajšala usklajevanje in razpored po mentorjih. • Kdor bi diplomo opravljal na drugih katedrah FKKT, kot področje navede katedro, za katero se je odločil. Ne glede na izbor področja/katedre boste po zaključku študija imeli diplomo študija, na katerega ste vpisani.

3. Katedra za biokemijo

4. Proteinska biokemija/Encimatika/Bioinformatika Mol. biologija / DNA-tehnologija / Strukturna biologija Celična biologija/Molekularna evolucija Struktura in funkcija modularnih proteinov zunajceličnega matriksa, Regulacija encimske aktivnostiprof. dr. Brigita Lenarčič, Katedra za biokemijo FKKTbrigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si metode standardne proteinske biokemije, strukturne biologije, celične biologije, encimska kinetika, proteinske interakcije, molekularna evolucija v povezavi s funkcijo proteinov

5. Mol. biologija / DNA-tehnologija / Mol. biotehnologija Molekulsko kloniranje, Priprava rekombinantnih proteinov, Optimizacija vektorjev, Biogoriva, Biološka varnost doc. dr. Marko Dolinar, Katedra za biokemijo FKKTmarko.dolinar@fkkt.uni-lj.si sintezna biologija, mikrobiološke tehnike, alternativni ekspresijskisistemi, določanje moči promotorjev

6. Strukturna biologija/ Nanobiotehnologija/ Imunologija/ Bioinformatika Molekulsko kloniranje, Priprava in kristalizacija rekombinantnih proteinov, Kristalne strukture proteinov in kompleksov, Bionanosenzorji, Optična pinceta doc. dr. Gregor Gunčar, Katedra za biokemijo FKKTgregor.gunčar@fkkt.uni-lj.si proteinska kristalografija, biokemijske in molekularno-biološke tehnike, sintezna biologija, bioinformatska analiza, ...

7. Ostali možni mentorici: Metka Renko (v pokoju) Kristina Djinović Carugo (na Dunaju)

8. Predavatelji zunaj FKKT

9. Mikrobiologija Mikologija prof. dr. Nina Gunde - Cimerman, BF UL, Oddelek za biologijo, večna pot 111, Ljubljananina.gunde-cimerman@bf.uni-lj.si izolacija gliv na selekcijskih gojiščih, fermentacija v stresani kulturi, izolacija DNA, PCR, določanje nukleotidnega zaporedja

10. Mikrobiologija Biotransformacijeorganskih spojin, Biokemija steroidov, Interakcija med glivami in steroidi prof. dr. Marija Žakelj-Mavrič, Institut za biokemijo MF, Vrazov trg 2 gojenje mikroorganizmov, mikrobna biotransformacija steroidov, analiza steroidnih produktov (TLC,GC-MS), testiranje steroidne inhibicije rasti gliv, uporaba gensko spremenjenih sevov S. cerevisiae za ugotavljanje vloge detoksifikacijskih proteinov/encimov

11. Fiziologija / Celična biologija Celičnafiziologija, Nevroendokrinologija, Patofiziologija, Znanosti o celici, Napredniceličniizdelki prof. dr. Robert Zorec, MF UL http://lnmcp.mf.uni-lj.si/Neuroendo/index.html neuroendo@mf.uni-lj.si, robert.zorec@mf.uni-lj.si priprava in vzdrževanje evkariontskih celičnih kultur, mikroskopija in kvantitativna analiza slike, napredna mikroskopija visoke ločljivosti, elektrofiziološke meritve prevodnosti ionskih kanalov in kapacitivnost membrane, imunocitokemija, molekulska biologija in biokemija

12. Celična biologija Vzpostavljanje celičnih stikov med regeneracijo epitelija, Pomen lipidov pri oblikovanju medceličnih nanocevk, Visoko holesterolna membranska področja kot tarče antitumorskih toksinov izr. prof. dr. Peter Veranič, Inštitut za biologijo celice, MF UL, Lipičeva 2, peter.veranic@mf.uni-lj.si mikroskopija (imunofluorescenca, elektronska mikroskopija, analiza živih celic), celične kulture

13. Molekularnabiologija/DNA-tehnologija / Bioinformatika Funkcijskagenomika,Uravnavanjeizražanjagenov prof. dr. Damjana Rozman,Center zafunkcijskogenomiko in bio-čipe, Inštitutzabiokemijo MF UL damjana.rozman@mf.uni-lj.si kvantitativni PCR, DNA-mikromreže, bakterijskokloniranje, transfekcijesesalskihcelic, analiza western

14. Proteinska biokemija Fiziološko in patološko delovanje sekretornihfosfolipaz A2 Karakterizacija medicinsko zanimivih spojin v živalskih strupih prof. dr. Igor Križaj, IJS igor.krizaj@ijs.si metode standardne proteinske biokemije, celične biologije, molekularne biologije/proteinskega inženirstva, določanje primarne strukture proteinov (Edman in masna spektroskopija), fluorescenčna in konfokalna mikroskopija

15. Proteinska biokemija / Encimatika / Nanobiotehnologija Programirana celična smrt, Razvoj dostavnih sistemov za zdravila, Regulacija delovanja proteaz, Vloga proteaz pri raku prof. dr. Boris Turk, IJS, Jamova 39boris.turk@ijs.si(0)1 477 3772 celična biologija, pretočna citometrija, testi aktivnosti (in vitro in celični), proteomika, molekularna biologija in biokemija

16. Molekularna biotehnologija Razvoj sevov industrijskih mikroorganizmov nove generacije doc. dr. Uroš Petrovič, Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti, Institut “Jožef Stefan” uros.petrovic@ijs.si metode klasične genetike , DNA mikromreže, sekvenciranje nove generacije, robotika

17. Molekularna biotehnologija / Imunologija Naravna imunostSintezna biologija, Nanobiotehnologija prof. dr. Roman Jerala, Kemijski inštitut roman.jerala@ki.si metode rekombinantne DNA, delo s sesalskimi celicami, fluorescenčna mikroskopija, pretočna citometrija; priprava in analiza proteinov, mikroskopija na atomsko silo

18. Molekularna evolucija / Genomska biologija Evolucijska in primerjalna genomika, Genomska biologija, Patogenomika doc. dr. Dušan Kordiš; Institut "Jožef Stefan", Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti B2; Jamova 39, 1000 Ljubljana (soba B404) dusan.kordis@ijs.si genomske in molekularnoevolucijske analize genov in proteinskih naddružin: filogenomska analiza proteinskih naddružin, analiza horizontalnega prenosa genov, evolucijska/komparativna genomika multigenskih družin in transpozicijskih elementov, genomska biologija in paleogenomika pri evkariontih, patogenomika in sistemska biologija virulenčnih faktorjev pri patogenih bakterijah

19. Strukturna biologija Struktura nukleinskih kislin, proteinov, majhnih molekul in njihovih interakcij prof. dr. Janez Plavec, KI, Hajdrihova 19, Ljubljana janez.plavec@ki.sijedrska magnetna resonanca (NMR), sinteza in čiščenje oligonukleotidov, UV-spektroskopija, cirkularni dikroizem (CD)

20. Ostali možni mentorji: temeljni naravoslovni predmeti: Janez Bonča, PetarPavešićbiologijacelice: Jasna Štrus, Kristjan Jezernik imunologija: Vladka Čurin Šerbec genetika: Peter Dovč, Simon Horvat, Radovan Komel strukturna biokemija: Kristina DjinovićCarugo, Dušan Turk virologija: Tatjana Avšič Zupanc rastlinska biokemija: Kristina Gruden, Samo Kreft farmakologija: Tatjana Irman Florjanc, Lovro Stanovnik biokemija bolezni: Tamara Lah, Janez Sketelj … in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje

21. Predavatelji z drugih kateder FKKT

22. Molekularna biologija/DNA-tehnologija Zvitje in molekulsko prepoznavanje proteinov in nukleinskih kislin Moduli toksin-antitoksin kot regulatorji stresa pri bakterijah Nativno nestrukturirani proteini (intrinsicallydisorderedproteins) prof. dr. Jurij Lah (jurij.lah@fkkt.uni-lj.si; http://www.fkkt.uni-lj.si/si/?150), Katedra za fizikalno kemijo FKKT termodinamska analiza v povezavi s strukturo in funkcijo molekul, kalorimetrija (DSC, ITC), spektroskopija (CD, fluorescenca), gelska elektroforeza; glede metod in pristopov glejte tudi programa predmetov Biofizikalna kemija I in II na mag. študiju Biokemije

23. Encimatika Bioremediacija (Možnosti uporabe gliv bele trohnobe za razbarvanje nekaterih organskih barvil) prof. dr. Aleksander Pavko, FKKT saso.pavko@fkkt.uni-lj.si Gojenje mikroorganizmov v stresalniku pod sterilnimi pogojiSpektrofotometrična določitev encimskih aktivnosti Spektrofotometrična določitev koncentracije barvil

24. Strukturna biologija • Teoretične napovedi kemijskih struktur • prof. dr. Jože Koller, doc. dr. Tomaž Urbič, Katedra za fizikalno kemijo • joze.koller@fkkt.uni-lj.si in tomaz.urbic@fkkt.uni-lj.si • metode molekulske dinamike, kvantnokemijskiračuni, • metode MonteCarlo

25. Analizna kemija Analitika bioloških sistemov: določevanje kovin in organskih spojin v rastlinah, tkivih, bioloških tekočinah…. Okoljska problematika: določevanje anorganskih in organskih onesnaževal v okolju; voda, zrak, zemlja prof. Marjan Veber, Katedra za analizno kemijo atomska spektrometrija, kromatografija

26. Analizna kemija Določanje sestavin in onesnaževal v živilih; Določanje farmakološko aktivnih onesnaževal v okoljskih vzorcih; Raziskave potencialnih farmakološko aktivnih učinkovin v rastlinah prof. Helena Prosen, Katedra za analizno kemijo helena.prosen@fkkt.uni-lj.si plinska kromatografija, tekočinska kromatografija, masna spektrometrija; UV-Vis spektroskopija, ekstrakcijske metode (priprava vzorcev)

27. Analizna kemija Kemija in analiza živil (npr. določanje mikotoksina v vinih, aminokislin v moštu in vinu, vinske kisline v arheološki posodi,...) Organski materiali (npr. določanje hlapnih spojin v kartonu, papirju, pergamentu, karakterizacija pergamenta in drugih materialov kulturne dediščine, ...) prof. Irena Kralj Cigić, Katedra za analizno kemijo Irena.Kralj-Cigic@fkkt.uni-lj.si separacijske tehnike (plinska in tekočinska kromatografija) in masna spektrometrija

28. Ostali možni mentorji: organska kemija: Slovenko Polanc, Marijan Kočevar, Marko Zupan, Andrej Petrič, Bogdan Štefane fizikalna kemija: Ksenija Kogej , Barbara Hribar-Lee anorganska kemija: Nataša Bukovec, Peter Bukovec analizna kemija: … in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje