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Industrialisation d'un logiciel pour la prédiction de structures secondaires d'ARN non codants

Master Génie Biologique et Informatique, première année. Industrialisation d'un logiciel pour la prédiction de structures secondaires d'ARN non codants. Maitre de stage : Fariza TAHI Tuteur universitaire : Valérie CHAUDRU. Gabriel CHANDESRIS.

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Industrialisation d'un logiciel pour la prédiction de structures secondaires d'ARN non codants

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Presentation Transcript

  1. Master Génie Biologique et Informatique, première année Industrialisation d'un logiciel pour la prédiction de structures secondaires d'ARN non codants • Maitre de stage : Fariza TAHI • Tuteur universitaire : Valérie CHAUDRU Gabriel CHANDESRIS

  2. Qu’est ce que l’industrialisation d’un logiciel ? • Mise à disposition (ici via le web). • Utilisable sur des jeux de données importants. • Examinable : documentation, tests. • Extensible, modifiable : architecture du logiciel.

  3. Contexte Biologique Structure secondaire Structure tertiaire Structure => Fonction

  4. Prédiction des structures secondaires d’ARN • Connaître les structures • Techniques expérimentales lourdes (RMN, cristallographie…). • Méthodes informatiques : plus rapides, moins chères. • Méthodes in silico complètent méthodes expérimentales. • Différentes approches : • Approche thermodynamique. • Approche comparative. • Nombreux algorithmes existants : • complexité élevée et/ou manque d’efficacité

  5. TFold / P-DCFold

  6. Mon travail sur le logiciel • Etude et formalisation de l'existant : • TFold et P-DCFold • Diagrammes UML (classes et cas d'utilisation)‏ • Modifications de P-DCFold. • Documentation, tests. • Développement de l’interface.

  7. Formalisation de TFold(cas d’utilisation UML) *

  8. Etude et modification du code de P-DCFold • Formalisation • Modification • Documentation et tests

  9. Interface graphique : existant

  10. Interface graphique : web SSCA : Sequence Selection for the Comparative Approach

  11. Interface graphique : web Pseudoknots, Divide and Conquer Fold

  12. Conclusion • Compétence en biologie • Comprendre le modèle utilisé, contexte biologique. • Adapter le modèle : contraintes. • Compétence informatique • Conceptualisation et formalisation objet (UML, classes, cas d’utilisations…). • Programmation java : modèle, interface, contrôle. • Tests de développement et de fonctionnement (JUnit) .

  13. Perspectives • Export de l'application / importation des données (soucis de confidentialité). • Amélioration de l’ergonomie de l’interface, • Documentation technique (à destination des utilisateurs). • Tester massivement avec des données publiques (et résultats connus). • Extension de TFold pour la recherche des petits ARN.

  14. Intérêt de TFold / P-DCFold • Prédiction de structure secondaire des ARN • Construit sur l'approche comparative. • Utilisation de critères thermodynamiques. • But du stage : améliorer et rendre accessible • Interface web • Documentation • ----- • -----

  15. De l'ARN à la structure secondaire • Que fait le logiciel TFold / P-DCFold ? Structure secondaire Structure tertiaire

  16. Comment cela fonctionne (++)

  17. Les algorithmes (++) • « Valeur Ajoutée » : fonctionnement logiciel, • Adaptation des abstractions : Vecteurs (non typés) et Listes / Ensembles d'instances, • Correction des représentations (simplification), • Résultat : interface, systèmes de tests, recherche de dysfonctionnements • Documentation et tests : extension à venir.

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