1 / 13

Escherichia coli

Escherichia coli. Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna. Escherichia coli rendszertani besorolása. PROKARIÓTA BAKTÉRIUMOK TÖRZSE GRAM-NEGATÍV BAKTÉRIUM ENTEROBACTER FAKULTATÍV AEROB. Jellemzés:. a legjobban tanulmányozott mikroorganizmus

hosea
Download Presentation

Escherichia coli

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Escherichia coli Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna

  2. Escherichia coli rendszertani besorolása PROKARIÓTA BAKTÉRIUMOK TÖRZSE GRAM-NEGATÍV BAKTÉRIUM ENTEROBACTER FAKULTATÍV AEROB

  3. Jellemzés: • a legjobban tanulmányozott mikroorganizmus • peritrich flagellumokkal mozog • szabályos, egyenes pálca alakú • melegvérű állatok béltraktusában élnek (visszaszorítják más kórokozó baktériumok szaporodását, vitaminnal látják el a szervezetet) • humánpatogén törzseik különböző, hasmenéssel járó tüneteket okoznak

  4. E. Coli képek Csészefotó Elektronmikroszkópos fotó

  5. E. coli kromoszómatérképe Az E. coli kromoszómatérképe egy 90 perces körön ábrázolva Az E. coli klasszikus genetikai térképének utolsó kiadása - amely a szekvenálási eredményeket még nem foglalta magába - 2220 gént és 40 egyébtérképezhető markert tartalmazott. A genomszekvencia teljes ismeretében jelenleg több mint 4000 génmeglétét feltételezik. Ha 4700 kb  90 perc, akkor 1 perc durván 50 kb.

  6. E. coli kromoszómatérképe 2. Az E. coli kromoszómatérkép egy 5 perc távolságnyi részletének markersorrendje

  7. Kotranszdukciós térkép Az ábra egy P1 kotranszdukcióval készült részletes genetikai térkép egy szakasza. A számok a kotranszdukciós gyakoriságok. A DNS-szekvencia meghatározás és a teljes genomszekvenálás előtti időkben a legnagyobb felbontást E. coli esetében a P1 fággal végzett kotranszdukciós térképezés(általános transzdukció) szolgáltatta. A szekvenciaadatok alapján pl. az ábrán látható hemA - narCrégió valójában 17621 bp hosszúságú  A perctérképen apurBa 23 perc, a cysBa 25,3 perc értéknél helyezkedik el, tehát ez a régió nem egészen 2,5 perc nagyságú és durván 100 kb méretűre becsülhető.

  8. Nukleotid Adatbázis A D90757 regisztrációs számú Nukleotid Adatbázis rekord (a hemA - narC régió szekvenciát tartalmazza) A rekordon jól látszik, hogy számos feltételezett ismeretlen funkciójú fehérjét kódoló nyitott leolvasási keret is található a szekvenciában A rekord megadja a gének koordinátáit az adott szekvencián belül

  9. Nukleotid Adatbázis 2. Az első kódoló szekvencia az 1218. bázisnál kezdődik (az ATG startkodon első betűje), és a 2051. bázisnál,  a stopkodon  utolsó betűjénét fejeződik be. A gén a hemKnevet viseli, és a "protoporphyrinogenoxidase" enzimet kódolja. A második feltüntetett gén funkciója ismeretlen. A nyitott leolvasási keret koordinátái: 2048. .2440. A feljegyzésben csak annyi szerepel, hogy egy ismert fehérjéhez hasonló fehérjét kódol (similarto PIR I83571, ami egy fehérjeszekvencia kódja), és hogy  feltételezetten a megadott aminosavszekvenciájú fehérjét kódolja

  10. A baktériumgenetika haszna • Kezdetben alapvető kérdések megválaszolása volt a cél: • Vannak-e szexuális folyamatok? • Van-e rekombináció? • Lehet-e térképezni a géneket? • Később mutánsok létrehozásával genetikai, biokémiai folyamatokat vizsgáltak: • Milyen génekkel kell rendelkeznie egy egysejtű szervezetnek? • Mi a genetikai háttere a különböző anyagcsere folyamatoknak? • Milyen genetikai szabályozási módok lehetségesek? • A baktérium- és fággenetika fejlődése vezetett el a plazmidok és restrikciós modifikációs rendszerek megismeréséhez, így a molekuláris klónozás technikájának kifejlődéséhez. • Ma is fontos kutatási cél a különböző baktériumok génjeinek megismerése, de most a speciális tulajdonságokat hordozó gének kerültek előtérbe. Patogén, szimbionta vagy extrém körülmények között élő fajoknál szeretnénk azokat a géneket megismerni, amelyek a különleges környezethez való alkalmazkodásban játszanak szerepet.

  11. Internetes adatbázisok Az E. coli K12 törzsről jelenleg fellelhető ismeretek az interneten keresztül is elérhetők. CGSC: E.coli Genetic Stock Center : http://cgsc.biology.yale.edu/ A szekvencián alapuló publikált térkép (1998) pedig a http://mmbr.asm.org/cgi/content/full/62/3/814/F1címen tekinthető meg. Azoknak a mikroorganizmusoknak a listája, amelyeknek teljes genomszekvenciáját már meghatározták:  http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html A folyamatban lévő genomprojektek listája: http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbinprogress.html

  12. Felhasznált irodalom: • http://www.ttk.pte.hu/biologia/genetika/atg/chap10/ch10f.htm • http://www.ttk.pte.hu/quercus/mikrobiologia_felmondas.pdf

  13. Köszönöm a figyelmet!

More Related