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Combien existe-t-il d’arbres ?

D. D. D. A. A. A. C. B. B. E. D. C. B. D. C. D. 4 espèces : 3 * 1 arbres. E. A. C. 5 espèces : 5 * 3 * 1 arbres. 7 (2*6-5) branches. B. D. E. 6 espèces : 7 * 5 * 3 * 1 arbres. Combien existe-t-il d’arbres ?. A. 3 espèces : 1 arbre. B. C.

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Combien existe-t-il d’arbres ?

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Presentation Transcript

  1. D D D A A A C B B E D C B D C D 4 espèces : 3 * 1 arbres E A C 5 espèces : 5 * 3 * 1 arbres 7 (2*6-5) branches B D E 6 espèces : 7 * 5 * 3 * 1 arbres Combien existe-t-il d’arbres ? A 3 espèces : 1 arbre B C Avec n espèces, il y a (2n – 5)(2n – 7)…(5)(3)(1) arbres non racinés

  2. Le nombre d’arbres possibles Augmentation exponentielle du nombre d’arbres possibles : problème NP-complet (Non-Polynomial)

  3. Plusieurs graphismes pour les phylogénies A B C A B C D D B A A D B C C D A A B B C C D D

  4. ARBRE NON RACINÉ etARBRE RACINÉ 1 4 Oiseaux Placentaires Monotrèmes Marsupiaux 5 3 2 Oiseaux Monotrèmes Monotrèmes Monotrèmes Oiseaux Oiseaux Marsupiaux Marsupiaux Marsupiaux 1 2 5 Placentaires Placentaires Placentaires Marsupiaux Placentaires Placentaires Marsupiaux Monotrèmes Monotrèmes 3 4 Oiseaux Oiseaux

  5. Racine et groupe extérieur 1 Oiseaux Placentaires Monotrèmes Marsupiaux Oiseaux Monotrèmes Marsupiaux 1 Placentaires Un groupe extérieur (outgroup) est presque toujours utilisé pour raciner les phylogénies moléculaires

  6. Species 1 Species 2 Species 3 Species 4 Species 1 and species 2 are sister-group B C A Species phylogeny can be only inferred from orthologous gene comparisons

  7. Orthologie versus Xénologie Phylogénie des espèces Histoire du gène Salmonella Salmonella HGT Escherichia Escherichia Streptomyces Streptomyces Bacillus Bacillus Staphylococcus Staphylococcus HGTs sont unidirectionels La phylogénie des espèces peut seulement être inférée à partir de la comparaison de gènes orthologues Phylogénie du gène Escherichia Salmonella Streptomyces Bacillus Staphylococcus

  8. Eucarya EF2 Archaea Bacteria Racine et duplication ancestrale Eucarya EF1-a Archaea Facteur d’élongation EF1-a et EF2 Bacteria Eucarya EF2 Archaea Bacteria Eucarya EF1-a Archaea Bacteria

  9. Eucarya EF2 Archaea Bacteria Racine et duplication ancestrale Eucarya EF1-a Archaea Facteur d’élongation EF1-a et EF2 Bacteria Eucarya EF2 Archaea Bacteria 1 duplication, 0 perte Eucarya Archaea Bacteria Eucarya Archaea 2 duplications, 2 pertes Bacteria

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