Bacterial luciferase Vibrio harveyi

1. Bacterial luciferaseVibrioharveyi Выполнила: Авсиевич Т. И. В рамках курса: Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях 1LUC

2. http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1LUC Данные о белковой структуре и последовательности с Protein data bank • Свойства: • Гетеродимер, 80 кДа • Субстраты: RCHОи FMNН2 • Катализирует биолюминесцентную реакцию свечения бактерий

3. Работа со слоями • Активный (т.е. доступным для манипуляций) или же неактивный. • Видимый (т.е., отображенным в графическом окне) или невидимый. • Подвижный или же неподвижный. Когда Вы вращаете или перемещаете изображение в графическом окне, ваши действия влияют лишь на подвижные слои.

4. Иконки для измерения расстояний и углов между атомами • Иконка со знаком вопроса и надписью LEU 41 – позволяет "идентифицировать" атом (определить название цепи, название остатка, название атома, его номер) и поставить метку у данного остатка или атома. • Иконка с глазом, кругом и надписью 1А – позволяет показать/скрыть атомы, которые находятся на определенном расстоянии от выбранного атома. • Иконка с глазом и стрелками сходящимися в одну точку – центрирование молекулы по определенному атому. • Иконка с точками красного и зеленого цвета и стрелкой – установка одной молекулы на другой (возможно только, если загружено более одной молекулы). • Mutation – замена остатков на другие • Torsion – изменение торсионных углов при моделировании

5. Управление отельными аминокислотными остатками • Control Panel • В столбцах – разные параметры визуализации • Галочками активизируются нужные параметры Заголовки столбцов: • Group - группами здесь называются цепи,а/к остатки,атомы воды,металлов, и т.д. • Show – видим/невидим данный остаток • Side - показывать боковые цепи • Labl – показывать ярлык остатка • :: - показывать Ван-дер-Ваальсовы сферы • Col - окраска • BS – окраска чего (BS=backbone+side, B=backbone, S=sidechain, R=ribbon, L=label, U=surface)

6. Цис-пептидная связь между Ala74 и Ala75 на альфа-субъединице формирует предполагаемый активный центр

7. Функция Slab (Сечение)

8. Данный участок принадлежит β-листу (Ala74,75принадлежит β тяжу)

10. Выделение цепи – щелчок мышкой по букве обозначающей цепь

11. Участок, образуемый этими аминокислотами равен 4 Å

12. Электростатический потенциал 1LUC белка (ε=4) в воде (ε=80)

13. Предполагаемый активный центр

14. Молекулярная поверхность

15. Поверхности и полости Площадь(Å2) Объем (Å3) .

16. Электростатический потенциал

17. Люцифераза и 1,8-ANS http://www.chembase.com/mol_1369.htm

18. 1,8-ANS (электростатический потенциал)

19. 3fgc (http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3FGC)

20. Сайт связывания FMN (2009) Предполагаемый сайт связывания (1996)

25. Анализ активного сайта люциферазы • " Compute H-bonds" вкладка "Tools” • В Control panel выбрать лиганд •  "Display Menu " => "Show Only H-bonds from selection"  • "Show only groups with visible H-bond"

26. Водородные связи между аминокислотами активного центра и FMN

27. Активный центр является самой большой из полостей

28. Bacterial luciferasePhotobacteriumleiognathi • Загрузкафайл в формате FASTA с Uniprothttp://www.uniprot.org/uniprot/P09140 • Открываем его как текстовый файл

29. Загрузка моделируемой последовательности (мишень)

30. Поиск гомологичной последовательности (шаблона) • Выделяем все молекулы мишени • Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи) Кликните на файл для загрузки

31. 3fgc A – шаблон Photobacteriumleiognathi(LUXA) – моделируемая последовательность

32. Fit>Fit Raw Sequenceмодель субъедницы А (Photobacteriumleiognathi)

33. Участки требующие дополнительной корректировки