SEMINÁRIO DE PESQUISA EM ONTOLOGIA NO BRASIL

1. SEMINÁRIO DE PESQUISA EM ONTOLOGIA NO BRASIL ESTRUTURANDO CONTEÚDOS DIGITAIS NA WEB Carlos Henrique Marcondes - Depto. de Ciência da Informação,UFF Marília Alvarenga Rocha Mendonça - Depto. de Ciência da Informação, UFF Luciana Reis Malheiros - Depto. de Fisiologia e Farmacologia, UFF Leonardo Cruz da Costa - Depto. de C. da Computação, UFF Eduardo Barçante - FIOCRUZ/ICICT Gabriela Veras de Moraes - bolsista IC marcon@vm.uff.br

2. O objetivo do Grupo de Pesquisa INFORMAÇÃO, CONHECIMENTO E TECNOLOGIAS DA INFORMAÇÃO. • desenvolver um modelo de conteúdo de publicações científicas digitais no qual estes conteúdos sejam estruturados como instâncias de uma ontologia, utilizando tecnologias da Web Semântica. • Palavras-chave: publicações eletrônicas, representação do conhecimento, estruturação de conteúdos, ontologias

3. PROBLEMA: • Quando se fala de publicações científicas digitais, um dos maiores obstáculos para o processamento em larga escala do conteúdo de artigos científicos é o fato de estarem em formato textual, não estruturado.

4. ALTERNATIVA • trabalhar no sentido de propor novos mecanismos de publicação e novos formatos de artigos digitais que garantam que conteúdos de artigos científicos possam ser publicados já diretamente de forma estruturada, utilizando ontologias como modelo de estruturação ou de comparação do conteúdo de artigos publicados.

5. OBJETIVO: Propor novos mecanismos de publicação e novos formatos de artigos digitais que garantam que conteúdos de artigos científicos possam ser publicados já diretamente de forma estruturada, utilizando ontologias como modelo de estruturação ou de comparação do conteúdo de artigos publicados.

6. PROPOSTA: • Modelo do conhecimento em artigos biomédicos como relações entre fenômenos ou entre um fenômeno e suas características • “Papiloma Vírus Humano (antecedente, um fenômeno) causa (tipo de relação) Câncer de Colo do Útero (conseqüente, outro fenômeno)”; • “Extremidade dos telômeros (antecedente, um fenômeno) tem como composição molecular (tipo de relação-característica) • ‘TTGGG’(conseqüente, a característica do fenômeno expresso pelo antecedente)”.

8. TRABALHOS EM ANDAMENTO: Usar o modelo de conteúdo como base para a construção de um sistema Web de autopublicação (COSTA, 2006) de artigos científicos em formato estruturado; Comparar o conteúdo de artigos científicos registrados segundo o modelo proposto com o conhecimento registrado em ontologias médicas com vistas a identificar novas descobertas científicas (MALHEIROS, 2005); Avaliar metodologias para estruturação de textos digitais (BARÇANTE, 2009).

9. 2009 • MARCONDES, Carlos Henrique ; MALHEIROS, Luciana Reis . Identifying traces scientific discoveries by comparing the content of articles in biomedical sciences with web ontologies. In: ISSI - International Conference on Informetrics and Scientometrics, 2009, Rio de Janeiro. 12, Proceedings. São Paulo : BIREME/PAHO/WHO, UFRJ, 2009. v. 1. p. 173-177. • MARCONDES, Carlos Henrique ; MENDONÇA, Marília Alvarenga Rocha ; MALHEIROS, Luciana Reis ; COSTA, Leonardo Cruz da ; MORAES, Gabriela Veras de . A publishing system to extract and represent the knowledge content of scientific articles on Health Science in machine-processable format. In: ELPUB 2009 - International Conference on Electronic Publishing, 2009, Milão, Itália. 13, Proceedings... Milão : Edizione Nuova Cultura. (CD-ROM). Disponível em <elpub.scix.net>. Acesso em 1 ago. 2009. • MARCONDES, Carlos Henrique . Acesso livre a informação científica e tecnológica. In: Seminário SUS 20 anos: desafios para a informação e a comunicação em saúde. Rio de Janeiro: FIOCRZ/ICICT, 2009. p. 88-105. • MARCONDES, Carlos Henrique; MENDONÇA, Marília Alvarenga Rocha; MALHEIROS, Luciana Reis; COSTA, Leonardo  Cruz da; SANTOS, Tatiana. Cristina Paredes. Bases ontológicas e conceituais para um modelo do conhecimento científico em artigos biomédicos.  RECIIS, v.3, n.1, 2009. p.19-30. Disponível dm <http://www.reciis.cict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/240/251>. 2008 • MARCONDES, Carlos Henrique; MENDONÇA, Marília Alvarenga Rocha; MALHEIROS, Luciana Reis; COSTA, Leonardo  Cruz da; SANTOS, Tatiana. Cristina Paredes. Ontologias como novas bases de conhecimento científico. Perspectivas em Ciência da Informação, v13, n. 3. 2008. p.20-39. Disponível em <http://www.eci.ufmg.br/pcionline/index.php/pci/article/viewFile/206/500>. Acesso em 14 abr. 2009. • COSTA, Leonardo Cruz da; MARCONDES, Carlos Henrique. Um ambiente para edição, extração e representação do conhecimento contido em artigos científicos publicados na Web. In: n: ENANCIB - ENCONTRO NACIONAL DE PESQUISA EM CIÊNCIA DA INFORMAÇÃO, São Paulo, set. 2008, 9. (Poster). • MARCONDES, Carlos Henrique; MENDONÇA, Marília Alvarenga Rocha; MALHEIROS, Luciana Reis; COSTA, Leonardo  Cruz da; SANTOS, Tatiana. Cristina Paredes. Um modelo para o conhecimento médico em artigos científicos. In: ENANCIB - ENCONTRO NACIONAL DE PESQUISA EM CIÊNCIA DA INFORMAÇÃO, São Paulo, set. 2008, 9. • COSTA, Leonardo Cruz da; MARCONDES, Carlos Hnerique. Um ambiente para edição, extração e representação do conhecimento contido em artigos científicos publicados na Web. In: CONGRESSO REGIONAL EM INFORMAÇÃO EM CIÊNCIAS DA SAÚDE, Rio de Janeiro, set. 2008, 8 ... . Rio de Janeiro, FIOCRUZ/Minitério da Saúde, BIREME/OPAS/OMS, 2008. 2007 • MARCONDES, C. H; MENDONÇA, M. A. R; MALHEIROS; COSTA, L. C. da; SANTOS, T. C. P.; PEREIRA, L. G. Representing and coding the knowledge embedded in texts of Health Science Web published articles. In: Chan, Leslie; Marten, Bob, ed. ICCC ElPub - INTERNATIONAL CONFERENCE ON ELECTRONIC PUBLISHING, Vienna, Austria, 2007, 11, Proceedings... Vienna, Áustria, 2007. Disponível em < http://elpub.scix.net/cgi-bin/works/Show?113_elpub2007>. 2006 • MALHEIROS, L, MARCONDES, C. H. A identificação de novas descobertas científicas através da análise do conhecimento contido em artigos científicos. In: ENANCIB – Encontro da Associação Nacional de Pesquisa e Pós-graduação em Ciência da Informação, 7, nov. 2006, Marília/SP, Anais. Marília, 2006. (Anais em CD-ROM). • MARCONDES, C. H; MENDONÇA, M. A. R; MALHEIROS, L. A proposed model of knowledge representation and coding of knowledge embedded in texts of Web published scientific articles. In: International Conference on Multidisciplinary Information Sciences and Technologies - InSciT2006, I, Proceedings… Mérida, Spain , University of Extremadura , Open Institute of Knowledge , 2006. vol.1, p. 323-327. • MARCONDES, C. H; MENDONÇA, M. A. R; MALHEIROS, L. R. Uma proposta de modelo de representação do conhecimento contido no texto de artigos científicos publicados na Web em formato legível por programas. DatagramaZero, 2006. Disponível em <http://www.dgz.org.br/out06/F_I_aut.htm>.