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Biocomputación Licenciatura en Bioquímica

Biocomputación Licenciatura en Bioquímica. José L. Oliver (oliver@ugr.es) http:// bioinfo2.ugr.es/biocomp/. De ~nada a ~todo. Biología Molecular: ‘un gen una proteína’ ‘un gen un laboratorio’ ‘un gen una tesis’. Genómica : ‘un genoma una tesis’. Antes se estudiaba el efecto de un gen

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Presentation Transcript

  1. Biocomputación Licenciatura en Bioquímica José L. Oliver (oliver@ugr.es) http://bioinfo2.ugr.es/biocomp/ Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  2. De ~nada a ~todo Biología Molecular:‘un gen una proteína’ ‘un gen un laboratorio’ ‘un gen una tesis’ Genómica : ‘un genoma una tesis’ • Antes se estudiaba el efecto de un gen • …ignorando así al 99.99% restante • Ahora tenemos datos de todos los genes • ¿Qué hacer con ellos? • ¿Cómo derivar nuevo conocimiento? •  Es necesario un nuevo enfoque, un cambio de paradigma 2001 “If you can’t do Bioinformatics, you can’t do Biology”… J.D. Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, 2003 Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  3. ¿Qué es la Bioinformática? • Secuencias de genes y proteínas • Estructuras 3D • Expresión génica (microarrays) • Interacción entre proteínas (interactoma) • Secuenciación masiva • Genómica personalizada Biología Molecular Genómica Conocimiento biológico Bases de datos Programas Salud Biotecnología Medio ambiente Genómica comparada Evolución Computación Algorítmica Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  4. Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  5. bioinformática informática médica informática en salud pública algoritmos bases de datos infrastructura usuarios desarrolladores Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  6. Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  7. 454 Pyrosequencing (PS) Illumina Reversible Termination (RT) SOLID SequencingbyLigation (SBL) Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  8. Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  9. APLICACIONES Re-secuenciación Regulación Epigenómica • SNVs yCNVs • Inserciones y deleciones • Expresión génica • ARNs pequeños • Metilación del ADN • Histonas • TFBSs Genómica computacional y Bioinformática, UGR Imágenes extraídas de Schweiger, 2010.

  10. Los programas y bases de datos que utilizaremos funcionan en servidores web: • Bases de datos públicas en línea: EBI, NCBI • El software se ejecuta en servidores remotos de acceso público: • Formularios Web: Copiar/pegar datos  Resultados • Ventajas: • Datos actualizados on-line • Acceso a software profesional permanentemente actualizado por sus propios autores • No tendremos que instalar ningún programa ni base de datos en nuestra máquina local, todo lo haremos a través de un navegador web • Podremos acceder a las prácticas del curso desde cualquier ordenador (Windows, Linux, Mac…) con acceso a Internet Genómica computacional y Bioinformática, UGR

  11. Seminarios • A lo largo del curso, cada alumno desarrollará un seminario tomando como punto de partida la secuencia anónima que se le asigne. El objetivo que se persigue es iniciar al alumno en las técnicas de análisis de secuencias de ADN y proteínas, así como en el manejo de las correspondientes bases de datos. • Se valorará especialmente el grado de iniciativa a la hora de planear y desarrollar el trabajo y deberá exponerse oralmente. • Este tipo de actividad aúna una serie de tareas fundamentales en la formación universitaria (búsqueda de información, análisis, síntesis, expresión escrita y expresión oral) que son de todo punto imprescindibles en la universidad actual. Genómica computacional y Bioinformática, UGR

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