1 / 32

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis. Jaak Truu Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Riikliku programmi poolt toetatavad kogud. *WDCM kood on kogu registreerimisnumber WFCC andmebaasis (World Data Centre for Microorganisms).

shubha
Download Presentation

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis Jaak Truu Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut

  2. Riikliku programmi poolt toetatavad kogud *WDCM kood on kogu registreerimisnumber WFCC andmebaasis (World Data Centre for Microorganisms)

  3. Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon (WDCM821) • Asutati 1970. aastal seente süstemaatika ja varieeruvuse uurimiseks. • Kogus hoitakse püsivalt ligikaudu 2700 seenetüve, millest põhiosa moodustavad puitu lagundavad kandseened ja seente viljakehadel parasiteerivad kottseened, lisaks mükoriisat moodustavad ja eri liudseente liigid. • Esindatud 390 liiki Fistulina hepatica Phellinus ssp.

  4. Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon • Kultuure säilitatakse temperatuuril 5–6 °C kahes korduses ning ümberkülve tehakse kord aastas. • 2008 a. alustati kandseente kultuuride külvamist pikemaajalisemaks säilitamiseks krüoviaalides steriilses vees Hypomyces sp. Fotod: Anu Kollom

  5. Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud • Asutati 1980. aastal • Kogu koosneb eri tüüpi bioloogilisest materjalist – • geenmodifitseeritud bakteriaalsed raskemetalli sensorid ja toksilisuse mehhanismi põhiselt geen-vaigistatatud tüved, • plasmiidikollektsioon • (geno)toksikoloogilistes uuringutes kasutatavd bakterid • pärmikollektsioon, • looma- ja inimrakkude kultuurid • toksikoloogias in vitro kasutatavad mikrovetikate, algloomade ja kirpvähiliste kogu. • Mikrobioloogilisi kogusid säilitatakse sügavkülmikutes ja vedelas lämmastikus. • Säilitatavate kultuuride arv on 700. • Kogu veebipõhine andmebaas on väljatöötamisel ja kogude andmebaasid olemas Exceli tabelite kujul.

  6. Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM926) • Asutatud 1990. aastal • Kogus esindatud mikroobid on kogutud Eesti eri piirkondade vee- ja pinnaseproovidest • Suure osa koguga seotud tööst hõlmab mikroobitüvede iseloomustamine nende täpse identifitseerimise aluseks olevate klassikaliste ja molekulaarbioloogiliste meetoditega. Mikroobitüvede kasutamine õppetöös. TÜ MRI mikrobioloogia praktikum 2008.

  7. Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM926) • Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (–80 °C) ja eluskultuuridena • 2008. aastal käivitus veebipõhine andmebaas (http://www.miccol.ut.ee) • Alates 2008 aastast on kogu Euroopa Kultuurikogude Organisatsiooni (ECCO) liige.

  8. Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon • Asutatud 1996. aastal • Mitmesuguse päritoluga (eelkõige imetajate) rakukultuurid • Pärmid S. cerevisiae, S. pombe, H. polymorpha, P. pastoris ja K. lactis ja C. albicans tüved. • Säilikute arv on 700. • Kogu kasutatakse õppe ja teadustööks eelkõige teadus-arendusasutustes.

  9. Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon • Esimesed 227 laktobatsillide tüve isoleeriti Eesti ja Rootsi laste roojaproovidest allergiauuringu raames 1994-1995. aastal • 1998–2004 lisati kollektsiooni veel 1300 laktobatsilli tüve • 2005. a täienes kultuurikollektsioon EL-i 5. raamprojekti käigus läbiviidud sünbiootikumi katsetuses 53 Eesti vabatahtlikult pärinevate laktobatsillide tüvedega (u 500 tüve) • Samuti hoitakse kultuurikollektsioonis Tervislike Piimatoodete Biotehnoloogia teadus-arenduskeskusele litsenseeritud laktobatsillide 11 tüve. • Kogus säilitatakse ka H. pylori DNA näidiseid

  10. Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioonUus nimi: Eestis levinumate patogeensete bakterite ja nende suhtes antagonistlike inimpäritolu laktobatsillide tüved Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (–80 °C) ja/või lüofiliseeritult ampullides.

  11. Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank • Kogus hoitakse Eestis loodud rakuliine ning Tartu Ülikoolis loodud monokloonseid antikehi tootvaid hübridoomide liine, millel on nii teaduslik kui ka müügiväärtus. • Lisaks sellele hoitakse kogus Tartu Ülikooli teadlaste poolt saadud, ostetud või muul viisil hangitud inimese ja loomade rakkude püsiliine. • Säilikute orienteeriv arv kogus on 16 000. • Kogu täiendamiseks on alustatud geneetilise või võimaliku geneetilise defektiga inimeste rakuliinide kogumist.

  12. Põllumajandusuuringute Keskusemikroorganismide kollektsioon • Asutatud 1949. aastal • Kogus on esindatud üle 300 seenekultuuri (peamiselt mullaseened) ja üle 200 bakteritüve (enamus mügarbakterid) • Kogu peamisi ülesandeid oli kunagi rakendusuuringuteks vajalike mikroorganismide kollektsiooni säilitamine ja täiendamine ning uute bakteritüvede selekteerimine ja katsetamine taimse materjali efektiivseks kasvatamiseks ja säilitamiseks. • Osasid mügarbakterite tüvesid kasutatakse liblikõieliste kultuuride rakendusuuringutes.(Eesti Maaviljelus Instituut) • Hetke on kollektsiooni peamine ülesanne mikroorgamismide säilitamine.

  13. Kogudes hoitava materjali päritolu

  14. Edasine areng • Eesti mikrobioloogiliste kogude edasine areng võiks lähtuda OECD soovitustest, mille eesmärgiks on tagada ühtsetest standarditest lähtudes kogudes hoitava materjali kvaliteet ja kättesaadavus • Ühtsete standardite tutvustamine ja sisseviimine võib toimuda riiklikul tasandil, kuid OECD soovitab ka kogudel endil juhendmaterjalis esitatud põhimõtteid oma töös aktiivselt rakendada. • Kindlasti tuleks rohkem panustada kogudes hoitava materjali kättesaadavuse parandamisele infotehnoloogiliste lahenduste kaudu, mis oleksid võimaluse korral seotud või ühilduksid rahvusvaheliste andmebaaside ning otsingusüsteemidega http://www.oecd.org/dataoecd/7/13/38777417.pdf

  15. Rahvusvahelised organisatsioonid • Igal aastal konverents • Ühiste taotluste ettevalmistamine • Ühtse lepingu, MTA (Material Transfer Agreement) loomine

  16. Rahvusvahelised andmebaasid:

  17. Rahvusvahelised andmebaasid:Straininfo.net

  18. Lähinaabrid • Microbial Strain Collection of Latvia (IDA) • VTT Culture Collection (Soome) • HAMBI Culture Collection (Soome) • Culture Collection, University of Göteborg

  19. Belgian Coordinated Collections of Micro-organisms • Loodud 1983 nelja kogu baasil (seened, pärmid, bakterid, plasmiidid) • 1992 saadi IDA staatus • Pikaajaline finantseerimine, iga 5 aasta järel hinnatakse tulemusi • Osaleb edukalt rahvus-vahelistes organisatsioonides ja projektides

  20. Tänud Tartu Ülikool: Prof. M. Mikelsaar Eesti Maaülikool: A. Kollom KBFI: Dr. A. Kahru Põllumajandusuuringute Keskus: M. Kauk

  21. Tänan tähelepanu eest!

  22. Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli TÜMRI bakterite kogu (Foto J. Truu)

  23. Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli TÜMRI bakterite kogu (Foto J. Truu)

  24. Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)

  25. Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)

  26. Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)

  27. Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu (Foto U. Kõljalg)

  28. Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu (Foto U. Kõljalg)

  29. Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu, (Foto K. Põldmaa)

  30. Mikrobioloogilised kogud

  31. Mikrobioloogilised kogud

More Related